Glossaire

(voir aussi le glossaire, plus général, fourni par le site de Biologie de M.J. Farabee de Maricopa Education)

= Adaptation Radiative: L'adaptation radiative est l'évolution telle que l'a conçue Charles Darwin. Elle est une merveilleuse explication de l'espéciation dans un environnnement géographique donné. Elle est, en grande partie, conçue comme une évolution horizontale, tout comme l'évolution convergente, et peut ou peut ne pas conduire à une évolution phylogénique ou verticale. Dans le langage courant, elle est utilisée dans son sens le plus restreint et est, dès lors, encore, improprement appelée évolution horizontale (Dialectique du Dr Roger Qualo).
= ADN: L’acide désoxyribonucléique est le matériel de base de l’hérédité et celui sur lequel sont imprimées les principales informations, le code genetique, du fonctionnement de la cellule que porte son cerveau ou noyau (ang., "nucleus"); ce code est inscrit dans la succession de codons. L’ADN travaille de concert avec l’ARN, une autre molécule nucléaire, importante dans le fonctionnement de la cellule.
= Allèles: Chez la plupart des eucaryotes, les gènes existent en nombre pair, chaque pair étant constituée de deux formes ou deux copies du même gène, disons A, et A’ (comme une mesure de protection et pour faciliter la transmission des traits héréditaires). Souvent, cette pair est constituée d’une forme dominante A et d’une forme récessive a. À cause de la disjonction indépendante des caractères, la probabilité de chacun des allèles du parent de se retrouver dans les gamètes (pour les organismes qui se reproduisent sexuellement) est de 50%.
= Anatomie Comparée: La méthode d’anatomie comparée dans la science de l’évolution n’utilise plus seulement la comparaison anatomique des fossiles. Les méthodes de comparaison des molécules structurelles des organismes sont plus précises et sont les plus utilisées. Avec elles, la taxonomie (classification sur un arbre évolutif) des primates est plus aisée et permet de faire une nette distinction entre un hominidé (primate) qui n’est pas un hominoïdé (l’homme et ses proches--chimpanzé et gorille) et un autre qui appartient à la même clade (ont le même ancêtre).
= Barrières reproductrices: Lorsque les barrières reproductrices s’établissent entre deux populations provenant, initialement, d’un même ancêtre, les croisements entre deux individus tirés, chacun, d’une de ces populations différentes sont ou infertiles ou conduisent à des hybrides infertiles (tel, par exemple, le cas du mulet qui vient du croisement de deux espèces voisines, le cheval et l’âne).
= Biochimie: Elle est cette branche de la chimie qui va au delà de la chimie organique. La biochimie est l’étude des processus chimiques dans leurs relations avec les processus vitaux de l’organisme vivant. Elle prend encore les appelllations de chimie biologique ou de chimie physiologique.
= Biologie cellulaire: Elle est cettte branche de la biologie qui étudie les processus biologiques intracellulaires. Elle inclut la microbiologie (bactériologie, virologie et mycologie) cellulaire et la biologie moléculaire qui est une branche très spécialisée dans l’étude des macromolécules et qui a des domaines communs avec la biochimie. L’ingénieurie génétique (ang.,"genetic engineering") est cette branche très spécialisée de la biologie moléculaire qui va , un peu, à contrepied de la génétique classique, d’où son appellation de “génétique à l’envers” (ang., “reverse genetics”); en bref, elle est ces techniques qui cherchent à altérer l'ADN recombinant (d'une cellule donnée) pour des applications thérapeutiques ou pour la recherche scientifique.
= Biologie Médicale: La biologie médicale est ces chapitres de la biologie qui ont trait à la science médicale et dont les premières pages sont destinées à la préparation de ceux qui se destinent à la profession médicale. En ce qui concerne mon texte, Les Grandes Notions Contemporaines de Biologie, elle se réfère à ces chapitres sur la cellule, sur l'organisme et sur la population (chapitre I), sur l'hérédité (chapitre V), l'origine de la vie, les notions de microbes, d'anticorps et d'enzymes (chapittre VI), ces quelques lignes sur l'évolution humaine et la classification des primates (dans le chapitre IV) et les sous-titres 1, 2, 3, 4 et 5 (du chapitre VII). Les aspects de la biologie médicale qui ont trait à la paraclinique médicale est vue dans la page de biologie du professeur Laurent Delepine, de l'Université de Bordeaux, auquel j'y ai attaché un lien.
= Biologie Moléculaire: La biologie moléculaire est cette nouvelle branche de la chimie qui étudie les phénomènes biologiques à l’échelle des interactions et des transformations qui se produisent au niveau des molécules qui composent l’unité de matière vivante--la CELLULE. La biologie moléculaire se distingue de la chimie organique qui n’étudie que la structure moléculaire de la matière vivante, de la biochimie qui ne se restreint pas seulement à l’étude des phénomenes intramoléculaires et de la microbiologie qui étudie principalement les organismes procaryotes et leurs prédecesseurs. Les quatre se distinguent de la physiologie qui étudie les phénomènes biologiques à l’échelle macroscopique et de l’anatomie qui étudie les caractéristiques structurelles d’un organisme à l’échelle macroscopique.
= Caryocinèse: Dans L'Homme, Ce Primate Supérieur du Dr. Roger Qualo, la caryocinèse (du grec: Karyos: noyau et kinesis: mouvement) est définie comme la dernière phase de la division du noyau qui montre la formation de la membrane nucléaire et celle de deux noyaux qui se séparent entièrement et migrent aux deux pôles de la cellule qui se clive; elle est suivie de la cytodiérèse qui est la division du cytoplasme. Pour d'autres auteurs, la caryocinèse est synonyme de mitose (Petit Larousse Illustré), de division cellulaire (American Heritage Dictionary et Petit Larousse Illustré) et de division nucléaire (une source plus sure du professeur Laurent Delepine)  (Réservé à l’auteur).
= Centrioles: Ce sont de petits organelles qui se forment durant la division du noyau et qui servent à organiser, le long de fuseaux ou filaments mitotiques, la migration égale des chromosomes de chaque pair à chacun des deux pôles de la cellule, durant la caryocinèse.
= Chromatide: À un plus fort grossissement, au microscope, chacun des bras du chromosome paraît centré d’un filamnent, la chromatide, qui n’est autre que l’ADN nucléaire associé à des protéines cellulaires, sous la "forme" de chromatine ("un complexe nucléaire, formé dADN et de protéines qui est visible aux colorants basiques et qui se condense sous la forme de chromosomes durant la méiose"; American Heritage Dictionary).
= Chromosomes: Simplement, les chromosomes sont des segments ou des monceaux d’ADN nucléaire très condensés ou très enroulés qui deviennent visibles, au cours de la division cellulaire, et sur lesquels les gènes peuvent être, facilement, identifiés et catalogués. Précédant la division cellulaire et accompagnant la division nucléaire, chacun des deux brins de l’ADN nucléaire se divise, se réplique et se condense, puis se répartit (chacun) à deux pôles différents de la cellule de façon à ce que chaque nouvelle cellule ait une part égale et identique de matériel nucléaire; cette division égale et identique de l’ADN est la base de l’hérédité.
= Chromosomes homologues: Chez un organisme diploïde, les chromosomes existent en nombre pair et les deux chromosomes de la même pair sont dits chromosomes homologues.
= Cladogramme et clade: Dans The American Heritage Dictionary, la clade est définie comme "tout groupe d’organismes, telle une espèce, dont les membres présentent des traits homologues qui proviennent d’un ancêtre commun [du grec, klados: branche]" et le cladogramme en est la représentation graphique par un arbre évolutif. En général, la clade est, en biologie, toute subdivision des êtres vivants, tout taxon (des super-, ou même, hyper-règnes aux sous-sous-espèces, etc.), avec toutes les fines subdivisions imaginables (pensez à la flexibilité de Carl Linné, en matière de nomenclature), et le cladogramme est tout arbre évolutif, toute radiation évolutive.
= clone: dans le Dictionaire American Heritage, un clone est défini, largement, comme la copie (replicatiion) d'une séquence de DNA, tel un gène, et prend naissance habituuellement, de nos jours, dans le laboratoire d'ingéneurie génétique
= Codon: Le codon est le triplet de nucléotides constituant le code génétique qui spécifie l’insertion d’un acide aminé dans une position bien déterminée de la structure d’un polypeptide, durant la synthèse d’une protéine (American Heritage Dictionary). Bref, le codon est l’unité structurelle du gène - il est le code génétique - et le gène défini, fonctionellement ou non, est formé d’une succession de codons. Selon la façon dont ceux-ci sont arrangés dans le gène, le code génétique sera différent ou sera lu, différemment, par la cellule et l’organisme.
= Déisme: Le déisme est cette philosophie qui reconnaît un Dieu créateur de l’univers et des lois qui le gouvernent mais qui nie les interventions surnaturelles de ce dieu pour déterminer les particularités de celui-là qui obéit, somme toute, aux lois divines. Le déisme s’oppose au théisme qui est la croyance en un Dieu créateur et gouverneur de l’univers. Face à ces deux philosophies, se dressent l’athéisme qui nie l’existence de Dieu et surtout l’agnosticisme, un mot inventé par Thomas Huxley, ce défenseur acharné de Darwin ("Darwin’s bulldog"). L’agnoticisrne est cette philosophie qui nous dit qu’il nous est et qu’il nous sera impossible de savoir s’il existe un Dieu ou une finalité, i.e., une cause ultime à l'origine des phénomènes naturels observés; Stephen Hawking qui est en quête d’une théorie universelle du monde ne semblerait pas être du moins de cet avis. Cependant, Hawking, avec ses calculs quantiques, ne recherche pas une cause ultime mais des causes probables.
= Dérive génétique: Le terme réfère à l’instabilité du puits de gène, dans les petites populations d'une même espèce, par suite seulement de la chance- de la distribution aleatoire des alleles a la meiose et des mutations randomisees et mineures (ponctuelles) de l'acide nucleique, lors de sa synthese, de sa replication, i.e., en dehors de la selection naturelle dont l'accouplement selectif n'en est qu'une variante, en dehors du processus migratoire et en dehors des mutations induites; elle est un facteur de la variabilité spécifique et un mécanisme du processus d’espéciation pour des populations petites et isolées; la notion peut etre facilement comprise quand on imagine une population formee de deux familles, l'une ayant un descendant male qui a le gene variant et l'autre ayant un descendant femelle qui ne l'a pas; chez les descendants de la seconde generation, il y a plus de chance que le gene variant soit present et soit transmis aux generatuons consecutives a la place du gene normal.
= Dinosaures et classification des êtres vivants (ordre ou superfamille des dinosaures de la classe des reptiles de l’embranchement des vertébrés du règne animal): Tous les dinosaures étaient des reptiles, mais tous les dinosaures ne rampaient pas, quelques uns marchaient et d’autres s’envolaient ou nageaient. Cependant, les caractéristiques anatomiques et physiologiques des reptiles se rencontraient chez les dinosaures: particularités du squelette, et, en comparaison des mammifères, embryogenèse relativement livrée aux caprices de l’environnement, régulation relativement limitée de la température corporelle, revêtement cutané offrant une protection relativement modérée, métabolisme alimentaire probablement moins efficient, etc., bref, des particularités propres aux reptiles et à leurs groupes - relativement de grande taille, en moyenne, laissant entendre une période de développement relativement longue , par exemple. Disons, sans entrer dans les détails, que les dinosaures présentaient des particularités qui pourraient fournir des explications à leur extinction et qui ont pu les rendre vulnérables à des oscillations brutales des paramètres climatiques et environnementaux (température moyenne, flux moyen des rayons U.V., vegetation, etc.) et à des variations significatives des variables correspondantes, à une période donnée de leur évolution; ils auraient été aussi moins aptes compétitivement que les mammifères, leus nouveaux voisins.
= Distorsion ségrégationelle: A la différence de la non-disjonction où le déséquilibre dans le rapport des allèles est produit par la répartition inégale des allèles (ou des chromosomes qui les portent) dans les gamètes, dans la distorsion ségrégationelle, ce déséquilibre est obtenu par la dégénérescence de l’allèle normal sous l’action d’une substance sécrétée par le mutant “distorseur”. La distorsion s’arrête lorsque l’évolution vers l’homozygotie du nouveau organisme, pour le gène en question, a été complétée, mais ceci ne se produit pas chez la drosophile et la distorsion continue; alors, un mécanisme protecteur - la résistance naturelle par l'apparition d'un gène répresseur - intervient empêchant l’extinction de l’espèce.
= Embryogenèse et ontogenèse: L’ embryogenèse (formation de l’embryon) est le stade qui va de la fécondation de l’oeuf à celui de l’organogenèse foetale. L’ontogenèse (formation du foetus) débute à l’organogenèse (formation des organes bien différenciés) qui correspond à la fin de la gastrulation.
= Enjambement ou "crossing-over": Il est un important mécanisme de translocation des gènes et de variabilité génétique. L’enjambement se produit au cours de la méiose (division réductionelle) et se fait (par échanges de segments) entre les bras des chromosomes homologues (chromosomes de la même pair, après la duplication de l’ADN) et intéresse des chromatides qui n’ont pas été des chromatides soeurs au cours de la mitose (division augmentationelle).
= Entrain méïotique: Bien que l’entrain méïotique ait été défini comme tout écart des lois mendéliennes de l’hérédité, consécutif à une méiose anormale qui conduit au déséquilibre dans le rapport des gènes et, dès lors, incluant la non-disjonction et la distorsion ségrégationelle, beaucoup d’auteurs ne considèrent que cette dernière.
= Éon: L’éon, mesuré en termes de billions d’années, est un intervalle de temps géologique plus grand que l’ère qui est elle-même plus grande que la période, laquelle est plus qrande que l’époque: eon>ere>période>époque. (§ Chapitre VII, Grandes Périodes Géoclimato-Biosphériques).
= Épissage de l’ADN: L’épissage de l’ADN est une coupure, ordinairement réalisée au laboratoire, de la molécule d’ADN, particulièrement au niveau des introns (parties non codantes pour une protéine) suivie du raccollement des extrons (parties codantes). Entre les mains, d’experts en génétique moléculaire, il peut devenir un mécanisme majeur de l’évolution. Un certain nombre de variétés de plantes (maïz, en particulier) ont été produites par la génétique moléculaire.
= Équilibre Ponctuel, Quid?: L’hypothèse de l’équilibre ponctuel, ou hypothèse saltatoire, avance que le processus évolutif procède par "saccades". Ce processus peut connaître des périodes relativement rapides intercalées entre des périodes relativerment lentes. Les explications probables sont données au chapitre consacré à l’Évolution, en dessous du texte sur l’Extinction.
= Espéciation: Elle est l’apparition d’une espèce distincte, i.e., de groupes d’individus se reproduisant séparément d’un autre groupe qui lui est phylogénétiquement voisin; elle donne naissance à des individus à phénotypes différents, mais proches génétiquement, dans un environnement donné. Dans les Carraïbes, l’espéciation a été documentée pour la passerine. À Cuba, par exemple, l’espèce dominante est P. prelsi, aux Bahamas P. zona, à la Jamaique P. nigricéphale, sur l’île d’Haïti P. dominicansìs, et à Porto-Rico, P. portoricensa. Les différences sont visibles pour la taille, la couleur du plumage et la forme du bec.
= Espèce: "a fundamental category of taxonomic group, ranking below a genus or subgenus and consisting of related organisms or populations that mate and produce offspring with one another, but do not breed with other populations." (En Carta et American Heritage). Tout groupe taxonomique en dessous du genre, représentant, donc, l'unité de base de la taxon et formé par des individus ou des populations qui peuvent se reproduire entre eux mais qui ne le peuvent pas avec ceux d'un autre groupe de la classification phylogénique des êtres vivants.
= Eucaryote: Le mot eucaryote qui veut dire cellule à noyau s'oppose à celui de procaryote qui signifie cellule sans noyau. La cellule eucaryote qui est beaucoup plus complexe que la cellule eucaryote est apparue après celle-ci au cours du processus évolutif
= Évolution et biodiversité: La probabilité de voir telle ou telle espèce ou tel organisme évoluer est vraiment rare (ang., “rare event”). Néammoins, parce qu’il existe un très grand nombre d’organismes vivants et un très grand nombre d’espèces, ce fait relativement rare peut être observé. L’évolution se réalise sur un grand intervalle de temps (disons des millions d’années pour les orgnismes les plus évolués). Ordinairement, les hommes ne constatent que les produits de l’évolution naturelle à moins de provoquer l’évolution expérimentalement et c’est la tout l’art du "genetic engíneering". Enfin, par suite, de l’extinction d’un grand nombre d’espèces, due aux actions des hommes, il est plus difficile à ceux-ci d’observer lévolution, sauf pour les virus et les bactéries, ces organismes inférieurs qui sont très nombreux et qui connaissent plusieurs générations sur un court laps de temps. Il serait possible d’avoir l’évolution à partir de l’espèce humaine qui n’est pas en danger d’extinction. Cependant les hommes se reproduisent plus lentement et leur molécule d’ADN est plus lente à se répliquer, étant plus grande et de loin plus complexe. Parce que plus la molécule organique est complexe et spécialísée, plus les chances d’erreur ou d’ABERRATIONS qui conduisent à des organismes NON APTES (“nonfitted”.) sont grands, l’espèce humaine peut ne pas pouvoir vivre assez de temps sur cette planète pour constater sa propre évolution. Enfin, bien que les phénotypes nouveaux, créés au cours de l’évolution de notre planete, n’aient pas été toujours viables, surtout avec les espèces supérieures, íls ont été suffisamment nombreux pour créer toute une série d’intermédiaires, cette grande biodiversité que nous constatons présentement.
= Évolution de la biosphère: L’évolution de la biosphère correspond àdes périodes géoclimatiques (quaternaire, jurassique, permienne, etc.) qui ont été définies dans le dernier chapitre (voir tableau).
= Évolution humaine: L’évolution humaine se caractérise de deux façons: (1) une évolution biologique, lente avec l’apparition des diverses formes humaines, de l’australopithèque à l’Homo sapiens sapiens, en passant par l’Homo habilis, l’Homo erectus, le néanderthale et l’Homo sapiens (homme de Cro-Magnon); (2) une évolution sociale rapide définie par les divers âges de l’évolution des civilisations humaines: âge de la pierre (paléolithique, mésolithique et néolithique) (2 millions BC), âge de l’apparition de l’agriculture (8000s BC), âge de l’apparition de la métallurgie (4000s BC) - âge du bronze, âge du fer - âge de l’invention de l’invention de l’écriture (3000s BC), révolution industrielle (1800s AD), âge atomique (début 1900s AD) et âge de l’explosion de l’informatique et de l’internet (fin 1900s).
= Évolution: Qu’est l’Évolution?: L’évolution est la multiplication et la diversité de tous les êtres vivants à partir d’une origine commune qui fut vraisemblablemet la première cellule vivante, au cours des billions d’années de l’histoire de cette planète et à la suite de changements hérités dans la structure et dans la physiologie des organismes vivants; (texte de La Page Encyclopedique qui sera présenté ou édité en anglais à Wikipedia Encyclopedia)
= Évolution: mécanisme de l’évolution: Le processus de l’évolution débute par la mutation génétique, un changement se produisant dans la molécule d’ADN; il se poursuit par la création de nouveaux phénotypes qui subissent, enfin, la sélection naturelle. En ce qui concerne le matériel de l’évolution, l’acide désoxyribonucléique, les itérations se produisent au hazard, au cours de l’évolutìon, par l’addition successive de matériel nucléique et par l’élongation de l’ADN (l’ADN des eucaryotes est. plus long par exemple que celui des procaryotes; mais ce mécanisme est loin d’être le seul); d’autres, tels la polyploïdie (diploïdie, etc.), i.e. la multiplication des gènes, et l’activation de zones dormantes de l’ADN, exsitent également.
= Évolution par anagenèse et évolution par cladogenèse: L’évolution par anagenèse est lévolution (de novo) graduelle et linéaire. Elle est produite par l’effet de la sélection naturelle sur la variation aléatoire des gènes dans le puits de gènes des populations. Elle s’oppose à l’évolution par cladogenèse qui est l’expansion soudaine (non graduelle) de nouvelles clades (groupes taxonomiques - espèces, genres, familles, ordres - où les organismes présentent des traits homologues ou proches). Celle-ci est mieux expliquée par l’hypothèse de l’équilibre ponctuel et par le phénomène de l’extinction (qui permettent l’expansion brutale de populations préexistantes et l’expression accélérée de nouveaux ensembles de traits) que par le gradualisme de Darwin ou (même) par la génétique de Morgan. Néammoins, les deux mécanismes se complètent: l’évolution par cladogenèse doit être précédée de l’évolution par anagenèse et les produits de celui-ci trouvent une issue souvent grâce à celle-là.
= Évolution, grande stratégie de jeu ayant plusieurs matrices profitables comportant plusieurs entrées variables, tirées de l’hérédité et de l’environnement; l’extinction et l’espéciation en sont des sorties après un pari sur telle entrée: Cette définition de l’évolution que j’ai avancée pour expliquer, un peu, mathématiquement, le phénomène de l’évolution et rendre la notion plus scientifique et l’évolution plus prédictible peut être expliquée.
= Évolution verticale et évolution horizontale: Il existe une forme de l’ évolution divergente qui n’est pas entièrement en rayons de roue (adaptation radiative) dans laquelle des subpopulatíons, ayant entrepris le processus de l’espéciation peuvent continuer à évoluer linéairement, ou phylogénétiquement pour donner des espèces supérieures ou mieux adaptées à leur environnement (comme ceci se voit dans le cladogramme en échelle; cf., "cladogramme des hominoidés") ou, du moins, des organismes très différents, (cladogramme en arbre; cf., "cladogramme des êtres vivants") et contribuer à un regroupement taxonomique supérieur (espèce ->famille ->genre ->ordre ->classe ->embranchement ->règne). Les clades sont dès lors formés de populations initialement proches mais finalement très différentes entre elles, dans l’échelle taxonomique. C’est ainsi que d’une cellule initiale, un ancêtre eucaryotique commun, aurait pris naissance toutes les autres cellules eucaryotes et, par la suite, tous les organismes vivants eucaryotiques. La cellule eucaryote serait elle-même formée de la symbíose (qui est, dès lors, un mécanisme d’évolution) de deux cellules procaryotes dont l’Ève mitochondrìale (hypothèse de Lyn Margulis) (§Dr. Qualo R.; De la Molécule à la Cellule et Du Procaryote a l’Eucaryote.) D’une façon générale, l’évolution phylogénique est verticale et l’adaptation radiative est horizontale.
= Extinction ou Extinction en Masse (ang., Mass Extinction): Qu’est l’Extinction?: L’extinction, enore appelée "mass extinction" est, en évolution, la perte définitive, dans le patrimoine des organismes vivants, d’une espèce ou de tout autre groupe phylogénique de la classification hiérarchique des êtres vivants (phylum ou embranchement--> classe--> ordre--> famille--> genre--> espèce-->race). Elle est aussi la perte d’un patrimoine génétique. L’extinction n’est pas un phénomène rare. Elle est survenue, en maintes fois, au cours de l’évolution de la vie sur terre et a frappé des organisme vivants, même après des millions d’années de leur existence. Les causes de l’extinction sont multiples, de divers ordres de grandeur et peuvent être immédiats (à court terme, en tenant compte de l’échelle du temps de l’évolution) ou progresifs; même les activités actuelles des hommes causent l’extinction d’autres espèces.
= Flux de gènes: Des différentes subpopulations qui se partgent une niche écologique, quelques unes peuvent être de la même race (sous-espèce) ou de la même espèce, et l’échange de gènes peut, dès lors, se faire entre elles par le mécanisme de la reproduction sexuée. L’ensemb1e des gènes de ces différentes subpopulations où le flot de gènes se fait sans interruption, de part et d’ autre, constituent le puits de gènes de la population ainsi définie.
= Fuseau mitotique: c'est le système filamenteux de microtubules qui sert à véhiculer les chromosomes vers chacun des deux pôles du noyau durant la caryocinèse.
= Gaïa: L'hypothèse écologique de Gaïa, maintenant appelée et devenue la théorie de Gaïa, est celle qui explique le mieux l'existence de la vie sur terre, sans aucune intervention divine. Elle est cette théorie qui dit que le monde des êtres vivants (règnes, ordres, familles, genres, espèces, races ou sous-espèces, etc.) est un monde d'interdépendance et que ce sont les conditions de la matière non vivante sur terre (athmosphère, océan, volcanisme, ensoleillement, temperature, pression, etc.) qui expliquent et permettent la vie sur notre planète, ces conditions étant, elles-même, influencées par l'activité des êtres vivants, en particulier des humains, qui peut être maléfique ("Greenhouse effect", réchauffement global, acidité des océans, désertification, etc.) ou bénéfique (activité des arbres, des algues et des microrganismes, par exemple). Elle est cette théorie qui met, le mieux, à la disposition des hommes un plan de planification pour la sauvegarde des ressources écologiques de la planète.
= Gamétogenèse: La gamétogenèse est la division de la cellule - méiose (division réductionelle du noyau) + cytodiérèse (divison du cytoplasme) - pour la reproduction sexuée.
= Généalogie: La généalogie est la descente familiale, régulière ou classique, d’une personne ou d’un groupe de personnes à partir d’un ancêtre ou de quelques ancêtres communs. L’ étude des arbres généalogiques permet de détecter des maladies, chez un individu, qui peuvent avoir pris naissance d’un grand parent paternel ou d’un grand parent maternel.
= Gène: Le gène est défini, maintenant, fonctionellement par l’action d’un contingent de nucléotides ou par l’action de nucléotides (fragments d'ADN) contigus (un gène --> une protéine).
= Génétique classique et biologie moléculaire: La génétique classique, qu’elle étudie les pois, la drosophíle (mouche du vinaigre) ou l’homme, débute avec l’étude du phénotype pour remonter au génotype. C’est un travail d’analyse. Le biologíste moléculaire fait le travail inverse et débute avec de longs segments d’ADN (fragments du génome), en identifie le gène qu’il porte, puis en fabrique la protéine gue celui-ci code, enfin, démontre, expérimentalement, le rôle de cette protéine dans l’apparition du phénotype. Toutes deux emploient la méthode hypothético-déductive, la méthode de recherche utilisée par la science actuelle. Cependant, alors que la génétique classique se base principalement sur l’observation, la nouvelle génétique fait davantage de place à lexpérimentation.
= Génome: Le génome est le bagage génétique d’un organisme vivant et la génomique est la science des genomes.
= Génotype: Le génotype est l’écriture détaillée - la représentation des allèles - d’un ou de plusieurs gènes qui déterminent un phénotype, le trait ou la caracteristique observable qui est associe au genome.
= Glissement ou glissade génétique et "antigenic shift": Ils sont des termes équivalents; la dérive génétique ne doit pas etre confondue avec le glissement génétique qui se produit dans un germe à grand pouvoir de reproduction, comme le cas d'un virus, tel celui de l'influenza A, où les remaniements génétiques fréquents, facilités par la présence de gènes de différents hôtes infectés par le virus, conduisent à de nouveaux acides nucléiques (ADN ou ARN) viraux qui sont a la base de nouvelles souches du même virus, avec de nouvelles propriétés antigéniques et, souvent, plus résistantes à la défense naturelle de l'organisme infecté (porc ou homme) que la souche precedente; dans les deux cas - dérive génétique et glissement antigénique - le résultat est le même pour le puits de gènes, mais le mécanisme est différent, le premier étant plus doux et, plus souvent, intraspécifique, le deuxième plus brutal et, plus souvent, interspécifique; les deux sont des mécanismes évolutifs, mais, en fait, la glissade génétique n'est pas connue, du moins, dans la theorie de l'Evoluttion Graduelle de Charles Darwin (la pus acceptee), comme avoir contribué à l' évolution des êtres vivants, le virus n'étant pas connu comme tel (lisez, egalement, dans ce chapitre consacre a l'Evolution, l'hypothese alternative ou complementaire qui est l'Hypothese Saltatoire ou de l'Equilibre Ponctuel); enfin, la glissade genetique peut etre comparee a un enjambement ("crossing-over") qui permet des echanges de materiel genetique entre deux etres comme ceux qui surviennent au cours de la reproduction sexuee, chez les organismes superieurs que sont les etres vivants, la conjugaison chez les bacteries, mais, cette fois, entre des especes tres differentes; elle est un puissant mecanisme d'evolution chez le virus.
= Homologue: L'homologie est définie, en génétique, comme l'assemblage de chromosomes similaires; chez un organisme diploïde, l'homologie est l'assemblage de deux chromosomes similaires.
= Homozygote: Il est un organisme qui a des allèles similaires sur des chromosomes homologues, au niveau du même locus identifié pour un gène; pour l'hétérozygote, les allèles sont différents.
= Loci: Le locus (pluriel: loci) est défini, dans The American Heritage Dictionary comme étant l’emplacement d’un gène sur un chromosome. Parce que les gènes existent souvent en série sur la molécule d’ADN et parce qu’aussi l’expression d’un trait dépend souvent de plusieurs gènes--genes structuraux, le locus est aussi défini, par extension, comme l’emplacement de l’unité fonctionelle du gène qu’est son cistron.
= La Loi d’Hardy-Weinberg: C’est la loi qui exprime la stabilité phénotypique des populations (ou, d’une façon générale, la stabilité des espèces) et qui est un témoignage de leur bonne adaptation à leur environnement, après que le processus de sélection naturelle leur y ait assuré une place.
= Lutte pour l’existence: La lutte pour l’existence englobe les interactions des individus entre eux et avec leur environnement. Dans De l’Ascaris au Colimaçon ont été vues différentes ínteractions entre les organismes vivants: parasitisme, prédation, compétition, symbiose et commensalisme.
= Machine de gènes: Utilisant un synthétiseur à ADN/ARN encore appelé la machine de gènes qui fonctionne comme un séquenceur de protéines, le chercheur place une protéine dans celui-ci. Les acides aminés de cette protéine sont arrachés un à un de celle-ci et analysés par la chromatographie liquidienne. La composition entière d’une protéine est ainsi rapidement déterminée.
= Méïose et Mitose: La méïose (grec, meiõn; réduction) et la mitose (grec, mitosis: formationde filaments) sont les deux formes de la division du noyau de la cellule chez les eucaryotes et incluant la prophase (du grec: proteros: première phase), la métaphase (grec: meta-: après la prophase), l’anaphase (grec: ana-: phase de déplacement) et la télophase (grec: telos-: phase finale); au cours de la méiose, le matériel nucléaire, l'ADN cellulaire est réduit de moitié et chaque moitié sera distribuée dans une nouvelle cellule, le gamète qui est destiné à la reproduction sexuée.Par extension, la mitose et la méïose sont également synonymes de la division cellulaire.
= Méthode comparative: La méthode comparative est également utilisée très souvent en épidémiologie où elle fait appel à l’outillage statistique, quand on recherche l’importance relative des différents facteurs de risque (peser les facteurs de risque), comme, par exemple, dans la comparaison de la mortalité (une comparaison de pourcentages) et de la débilité infantiles (une comparaison de moyenne) chez les gestantes fumeuses et les gestantes non fumeuses. Quamd plusieurs facteurs sont en jeu, comme, par exemple, dans l’évolution d’un phénotype, la méthode comparative peut déboucher sur les plans factoriels.
= Microbiologie: Elle est l’étude des microorganismes - virus, bactéries et fongidés. La microbiologie médicale est cette branche importante de la microbiologie qui étudie le pouvoir pathogène des microbes et les mécansimes de résistance de l’organisme humain. De nos jours, la microbiologie médicale va au delà de l’étude des microrganismes avec l’étude des cellules de défense de l’organisme - lymphocytes et macrophages - de ces molécules de défense que sont les anticorps et des processus chimiques de défense, comme la complémentation; l’étude du prion anormal, le "germe" ou la molécule vectrice de la maladie de la vache folle s’y est ajoutée de nos jours.
= Microevolution vs. macroevolution: Personellement, je ne vois pas de différence entre la microévolution et la macroévolution. Le mécanisme de l’évolution débute toujours par une mutation, une altération vraiment microscopique. Selon le locus de la mutation, celle-ci peut conduire à des différences de phénotypes plus ou moins marquées, lorsque ceux-ci sont viables, l’effet de la sélection naturelle aidant. De même, l’accumulation de petites différences phénotypiques peut conduire à des phénotypes présentant des différences plus marquées. Bref, la microévolution concerne plutôt les variations intraspécifiques ou tout au plus interspécifiques; la macroévolution se rapporte aux variations supraspécifiques. Une autre signification de la macroévolution est l’évolution rapide ou brutale qui ne peut être comprise qu’à la lumiere de l’hypothese de l’équilibre ponctuel et du phénomène de l’extinction qui laisse une place vacante dans l’environnement pour l’expansion de nouvelles formes évolutives. La microévolution se rapporte davantage à l’adaptation radiative et à l’évolution par anagenèse, la macroévolution se rapporte davantage au processus de l’équilibre ponctuel, au phénomène de l’extinction et à l’évolution par cladogenèse.
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= Mutation: définition large: La mutation a été définie comme toute altération soudaine et randomisée (i,e., survenant au hazard) dans le génome d’un organisme vivant. Dans un sens plus restreint, la mutation n’est qu’une modification dans la structure du gène et est souvent désignée, mutation ponctuelle, Cependant, cette définition a été élargie pour inclure les aberrations chromosomiques qui provoquent des altérations du locus d’un gène, sans affecter, à prime abord, la séquence des nucléotides.
= Mutation: mutation ponctuelle: Nous avons eu toujours l’habitude de considérer la mutation comme étant le résultat d’un changement dans la séquence des nucléotides d’un gène, ou, plus simplement, comme un changement significatif dans la "composition" de la molécule, ordinairement un acide nucléique, qui code la synthèse d’une protéine donnée. Le texte sur le prion qui y est lié, tiré, en partie, du site de l’Université de Paris-Sud, au Quai d’Orsay, nous en laisse penser différemment
     À la lumière de ces nouveaux développements de l’épidémiologie et de la biologie moléculaire, une nouvelle définition de la mutation s’imposerait. En bref, et d’une manière générale, la mutation pourrait être définie, comme toute altération dans la structure d’une molécule codante - pas nécessairement d’un gène - qui déterminerait un phénotype, pas nécessairement héritable ou d'origine génétique, donné. Conçu ainsi, la mutation paraîtrait de loin plus facile à survenir qu’on avait l’habitude de le penser; (tel en est le cas pour la levure commune, Saccharomyces cerevisiae)(§ CYBERSCIENCES, La science et la technologie pour tous).
= Mutation: genres ou mécanisme: La mutation est un changement héritable dans le code génétique d'un organisme vivant. La plupart des mutations sont aléatoires, i.e., survenant au hazard, et ponctuelles, n'intéressant qu'un nucléotide du cistron, comme ceci arrive lorsque la mutation intéresse seulement la base du nucléotide et le code génétique est rompu ou modifié seulement en un point; la séquence normale des codons consécutifs au point de mutation n'est pas interrompue. Lorsque la mutation intéresse tout le nucléotide, comme lors de la délétion ou de l'addition d'un nucléotide, elle est dite mutation par changement de cadre et le code génétique sera différent dans plusieurs nucléotides consécutifs au point de mutation, la séquence des codons sera différente. Une mutation est dite non sensée quand elle conduit à l'arrêt de la traduction du code génétique, i.e., à un codon d'arrêt ("stop codon"), au point de mutation. Les mutations sont à la base du processus de l'évolution, la sélection naturelle faisant le reste. Parce que la plupart d'entre elles semble être survenues sans cause apparente, elles ont été qualifiées d'aléatoires; les mutations dont on connaît la cause ont été qualifiées d'induites. Actuellement, les variations génétiques aléatoires surviennent préférentiellement chez les organismes inférieurs, tels les virus et les bactéries et les mutations induites le sont comme résultats des activités des hommes (expérience (au labo, etc.) et pollution (déplétion de la couche d'ozone athmosphérique, fumée de cigarette, etc.)).
= Nomenclature de Carl Linnée vs. nomenclature basée sur le génome: Depuis l’époque de Carl Linné jusqu’en 1940 les différentes variétés de bananes comestibles ont été classées en utilisant la nomenclature binomiale de Linne, comme si elles avaient été des espèces différentes, le premier mot de la dénomination étant celui du genre et le deuxieme mot, celui de l’espèce ou de la sous-espèce, comme, par exemple, Homo sapiens sapiens pour designer les hommes actuels. En fait, les bananes comestibles ont une origine extrêmement complexe qui implique l'hybridation, la mutation et finalement la sélection non naturelle par les êtres humains. Ceci a mené à la confusion dans la botanique de la banane. Durant la décennie qui a été de 1940 à 1950, il est devenu clair que les bananes domestiques ou cultivées ne pouvaient être classées en utilisant la nomenclature de Linné. La solution qui a été d’abord trouvée est de leur assigner les noms ordinaires utilisés par les cultivateurs. Par la suite, un système alternatif basé sur le génome a été adopté (From Wikipedia, the free encyclopedia).
= Non disjonction: La non disjonction réalise une violation de la première loi de Mendel. Elle survient lors de la méiose, lorsque, des chromosomes s’étant appariés, ne peuvent plus se séparer pour réaliser la ségrégation indépendante.
= Néo-Darwinisme: Le Néo-Darwinisme explique mieux la grande biodiversité des êtres vivants que la théorie initiale de Charles Darwin. Des points non expliqués par la théorie initiale, comme des changements importants dans le dessin initial du corps des êtres vivants et et dans leur structure de base (l’acquisition de mitochondries , de chloroplastes, le développement d’un système circulatoire clos ou la présence de stomates chez la plante, par exemple) peuvent être expliqués. Pour cela, des domaines scientifiques divers sont interrogés, comme ceux de la paléontologie, de la géologie et de la biologie moléculaire.
= Nucléotides: De la même façon que le codon a été défini comme l’unité structurelle du gène et que le gène a été défini comme l’unité fonctionelle de l’hérédité, le nucléotide peut être défini comme l’unité structurelle du codon. Le nucléotide est donc cette molécule organique dont un triplet forme le codon; il est formé d’une molécule de sucre - ribose ou désoxyribose, d’une molécule de base aminée qui peut être l’adénine, la thymine, la guanine, la cytosine ou l’uracil, et d’une molécule (radical) de phosphate.
= Opéron: L’opéron est l’unité regulatrice d’un gène, formée de plusieurs gènes qui sont situés à proximité l’un de l’autre. À proximité de l’opéron, l’ensemble des gènes de structure forment le cistron. Dans l’opéron, se trouvent des gènes formant l’opérateur qui agissent synergiquement avec le cistron pour déterminer l’expression phénotypique de celui-ci. D’autres gènes constituant le régulateur et le promoteur, situés à proximité de l’opérateur, interviennent pour régulariser et promouvoir respectivement l’activité de l’opéron.
= Orthogenèse: L’orthogenèse est "The theory that the evolution of a species is influenced most strongly by internal factors and is not subject to the external forces of natural selection." (American Heritage Dictionary). Durant les années 1950, le concept d’orthogenèse a été, définitivement, mis au rancart. D’après l’orthogenèse, l’évolution a conduit, inexorablement, à cet être supérieur qu’est l’Homme. Le mécanisme de l’évolution inclut la mutation et le jeu de la sélection naturelle. Les mutations sont neutres, lorsqu’elles surviennent spontanément, et ne conduisent pas nécessairement à un meilleur phénotype, mais le jeu de la sélection naturelle ne l’est pas et conduit inévitablement au meilleur. Parce que le matériel de base de l’évolution est sujet au jeu du hazard, l’évolution n’a pas de prédestination, mais parce que le jeu de la sélection naturelle conduit, inévitablement, au meilleur, l’évolution, à la longue, a une directionalité. Le fait qu’elle ait conduit, sur terre, à cet être supérieur qu’est l’homme est, peut-être, plus que fortuit mais n’est, certes, pas inexorable.
= Phénétique: La phénétique est l'étude des phénotypes
= Plasmide et épisome: la conjugaison bactérienne: Le mécanisme d’évolution par transfert de gènes n’est pas strictement limité au plasmide, i.e., à un ADN extra-chromosomique. En effet, au niveau du transposon, une région labiLe de l’ADN chromosomique, se fait, parfois, l’insertion du facteur F (Fertility factor), provenant du plasmide. Ce deuxième mode est particulièrement important dans le transfert de la résistance aux antibiotiques chez les bactéries qui se propage plus rapidement qu’un simple gène de résistance normale R. En effet, le transposon, ainsi initié ou activé, peut devenir un épisome et qui peut se déplacer le long de l’ADN bactérien à la suite de dissociation et de recombinaison grace à des crossing-over ou enjambements. Ce mécanisme peut, ainsi, rendre, rapidement, plusieurs gènes résistants, et, dès lors, ceux de la bactérie, à un ou plusieurs antibiotiques. L’épisome, ainsi créé, est appelé Hfr (High frequency recombinant factor). Ce mécanisme est aussi utilisé en bioingénieurie.
= Puits de gènes: Le puits de gènes est la somme totale des différents gènes dans une population à laquelle contribue le génome de chacun des membres de cette population. Les individus de la population qui émigrent ou qui meurent avant de se reproduire ne contribuent pas au puits de gènes. D’un autre côté, les individus qui immigrent et qui se reprodusient dans la population y contribuent.
= Pyramide d’énergie: La pyramide d’énergie traduit, en proportions d’énergie disponible, la relation qui existe entre les différentes composantes biotiques d’un écosystème. À la base de la pyramide se trouve les producteurs accompagnant une plus grande quantité d’énergie disponible et au sommet, les grands consommateurs (ordinairement, les organismes les plus évolués tirant un profit maximal de leur environnement) avec un plus faible niveau d’énergie disponible. La pyramide d’énergie ressemble un peu à la pyramide de biomasse, mais l’approximation gaussienne est mieux réalisée avec la première qu’avec la seconde, parce que les rapports entre les diverses communautés sont mieux évalués par la première. On peut encore rapprocher la pyramide d’énergie de la pyramide alimentaire dans laquelle la consommation d’aliments végétaux en plus grande quantité (en particlulier, les céréales) est désirable.
= Réplicons et boucles de réplication: La réplication de l’ADN n’intéresse pas simultanément toute la molécule; en effet, celle-ci est une très grande molécule. II existe des zones de réplication ou, plus précisément des boucles de réplication (lorsqu’on considère les deux brins), et les unités de réplication, i.e., les fragments qui se répliquent, sont appelées des réplicons.
= Sélection - sélection naturelle et croisement sélectif: En dehors de la sélection - sélection naturelle et croisement sélectif - qui agissent pour les grandes et les petites populations, tous les autres mécanismes de l’évolution agissent pour de petites populations. Celles-ci peuvent, néammoins, provenir du fractionnement des grandes populations.
= Sélection naturelle: C’en est un des supermécanismes de l’évolution, en fait et, d’après moi, le deuxième, par ordre chronologique, après la mutation ou la variation du génotype, mais le premier par ordre de priorité;. La sélection natutrelle débute au niveau du génome dont la viabilté des gènes est éprouvée et s’étend jusqu’aux populations d’organismes vivants dont elle éprouve la viabilité et la compétence, dans un environnement donné. Entre la mutation et la sélection naturelle, les mécanismes de l’hérédité assurent le passage du gène du parent à sa progéniture ou d’une génération à une autre. Alors que la mutation semble, en grande partie et naturellement, obéir aux lois de la probabilité et du hazard, la sélection naturelle, quant à elle, y laisse peu de place.
= Sélection naturelle: compétition, adaptation, territorialité et espéciation: La sélection naturelle est l’action directrice de l’environnement sur les changements survenus dans une population. D’après Darwin, parce que la nature est éminemment diverse et changeante, elle a pu favoriser à un moment donné de son histoire, telle ou telle structure sur telle ou telle autre. Plus précisement, certains changements, survenus graduellement chez un organisme vivant à une époque donnée ou/et dans une région donnée, se sont prouvés convenables à leur environnement et ont été, dès lors, propices à l’éclosion de ces organismes. Les individus, ou la population, ayant ainsi pris naissance présentent un ensemble de traits, i.e. de caracteristiques morphologiques, physiologiques ou/et comportementaux qui leur permettent de répondre, au mieux, aux conditions de leur environnement et d’éviter leur exclusion par la compétition ; c’est le mécansime de l’adaptation. Darwin, par précaution, ne parla dans son livre que des changements mineurs qui sont plus faciles à observer et à comprendre. A une telle évolution a été donnée le nom d’"adaptation radiative" (évolution en rayons de roue). La territorialité est le confinement de cette population à l’environnement qui lui est propice. Les changement ainsi survenus et transmis, de façon consistante, d’une génération à une autre sont dit stables; c’est le mécansime de l’espéciation. Une telle évolution n’explique que partiellement la grande biodiversité des êtres vivants.
= Système Rhésus: En plus du système d’allèles du gène ABO, un autre système de gènes - le système Rhésus - est responsable de l’immunité humorale. Normalement, une personne Rh- ne produit pas d’anticorps contre l’antigène D sécrété par Une personne du groupe sanguin Rh+ mais peut être sensibilisé à le faire . C’est ainsi qu’on explique, par exemple, l’érythroblastose foetale chez les nouveaux nés des partutiantes multipares, Rh-.
= Taxon (pl., taxa): Un taxon est un groupe quelconque de la classification phylogénique ou phylogénétique
= Territorialité: Nous avons vu, plus haut, une définition de la territorialité Elle n'a pas été complète. Le dictionnaire American Heritage donne une définition complète de la territorialité, comme le comportement d'un animal qui, dans son environnement, défend un espace géographique donné. Ell est aussi un mécanisme de défense et assure la prévalence du plus fort ou du plus compétent. Elle est, de ce fait, liée à l'évolution.
= Théorie de L’Évolution: La théorie de l’évolution, telle qu’elle a été proposée par Charles Darwin, est essentiellement une théorie écologique avec des évidences venues directement de l’environnement, sans aucune référence à la génétique et à la biologie moléculaire En effet, à l’époque ou cette théorie prit naissance, les travaux de Mendel n’avaient pas encore été découverts et la génétique n’avait pas l’essor qu’elle a connu récemment.
= Théorie de L’Évolution, sa portée: La théorie de l’évolution donne davantage de cohésion à l’étude de la biologie et permet d’en unifier les différents champs; l’évolution est, maintenant, un thème central en biologie. Grâce à la théorie, on peut désormais suivre les êtres vivants du plus petit au plus grand et intégrer, dans cette étude, les diverses branches de la biologie.
= Transformations ou aberrations chromosomiques: Les transformation chromosomiques qui intéressent plusieurs gènes, quoiqu’elles soient soient léthales ou qu’ elles conduisent à des individus peu adaptés à leur environnement, produisent également des changements importants de la séquence dans laquelle le génome initial était normalement lu - des changements de codons, et, dès lors, ressemblent aux mutations par changement de cadre. Elles peuvent venir à créer, comme celles-ci, des variations marquées de phénotypes, lorsqu’elles produisent des individus viables.
= Variation Génétique Aléatoire: La sélection naturelle n’est qu’un des mécanismes de l’évolution. Sans les changements génétiques qui peuvent être spontanés (aléatoires) ou provoqués aucune évolution n’est possible. Ces changements génétiques représentent donc le substrat de l’évolution pour l’action de l’environnement et, donc, la condition sine qua non pour avoir de la sélection naturelle. La variabilité génétique due à la ségrégation indépendante des gènes, dans une population mendélienne peut conduire à l’espéciation dans des conditions de migration suivies d’isolement géographique. La variabilité génétique non mendélienne, est due à la translocation au cours de l’enjambement ("crossing-over"), à la distorsion ségrégationelle ("meiotic drive") au cours de la ségrégation indépendante des caractères durant la méiose, aux mutations survenant sur la molécule d’ADN, enfin aux aberrations chromosomiques et est plus, facilement, stable.
= Variété: La variété, en botanique, désigne la sous-espèce ou se réfère, seulement, à la phénétique et ne respecte pas la taxonomie évolutive.
= Vie: Le professeur Laurent Delepine, mentionné ci-dessus, a donné une définition idéale de la vie (cf., Laurent Delepine; http://webiologie.free.fr/introduction.htm). Cependant, même cette définition laisse à désirer, parce que l'organisme vivant n'est pas la seule structure, l'unique système dans l'univers qui va à l'encontre de la loi de la plus grande entropie; en effet, des mondes se forment en dépit de l'augmentation du désordre dans l'univers. Mais est-il nécessaire de définir la vie? Si oui, je définirais la vie de façon évolutive, comme le système le plus évolué, le plus complexe dans l'univers; c'est l'énergie universelle et naturelle dans sa forme la plus complexe. Il n'est donc pas étonnant, dès lors, que les êtres vivants furent les derniers "organismes", les dernières structures à apparaître dans l'univers; toute autre définition s'en rapporte. Cette définition n'est, néammoins, pas concrète.
= Zygote (grec: zugõtos: résultat d'un accouplage): Ici, je ferai la distinction entre l'ovule, l'oeuf non fécondé, qui représente un gamète, i.e., une cellule résultant de la gamétogenèse et donc au bagage nucléique de l'espèce réduit de moitié, et le zygote, l'oeuf fécondé, au bagage nucléique complet de l'espèce et qui sera la cellule primordiale ou cellule souche du nouvel organisme qui deviendra l'embryon après l'embryogenèse, lequel deviendra le foetus au cours de l'organogenèse qui peut être distingué ou non de la foetogenèse, le développement de la forme humaine.