Esta división federativa de Alemania favoreció el movimiento de la reforma. Martín Lutero, monje agustino y
profesor de la Universidad de Wittenberg, denunció pretendidos abusos del clero romano y predicó la necesidad de una reforma radical de la Iglesia. La protección del elector de sajonia alentó la difusión de sus doctrinas. En el año 1521 fue llamado a capítulo ante la Dieta de Worms y condenado por el Imperio. Pronto de las cuestiones teológicas se convirtieron en un pretexto para dirimir cuestiones económicas o sociales. Muchos señores, ambiciosos de los bienes del clero, abrazaron la Reforma. No tardó Alemania en hallarse dividida en Estados católicos y Estados protestantes, predominando éstos en el Norte y los primeros en el Sur. Los protestantes formaron una confederación política que se llamó "Liga de Smalkalda".
En 1519 había sido elegido emperador Carlos V (I de España), hijo de Felipe el Hermoso y nieto de Maximiliano. En lucha con Francisco I de Francia por la corona imperial, acabó por firmar con su rival la "paz de Crépy", tratado por el cual ambos soberanos se comprometían a devolverse sus respectivas conquistas. Pero los protestantes, baho el mando visible de Juan Federico, elector de Sajonia, hicieron grandes progresos, y Carlos V, después de su fracaso en Metz, hubo de firmar la
"paz de Augsburgo", reconociendo (1555) la conversión de los príncipes laicos y la secularización de gran parte de los principados eclesiásticos.
Abrumado por la responsabilidad de estos hechos, abdicó en 1558, retirándose al monasterio de Yuste. Su hijo, Felipe II, le sucedió en el trono de España, y Fernando I fue elegido emperador de Alemania.
Fernando I trató de establecer la libertad religiosa. Permitió a los señores luteranos el ejercicio del nuevo culto en sus dominios, asegurando protección para el ejercicio de sus creencias a los protestantes que vivieran en los Estados de príncipes católicos.
Maximiliano II, que sucedió a Fernando y reinó de 1566 a 1576, continuó la guerra contra los turcos iniciada por su antecesor. Rodolfo II (1576-1612) trató de limitar el ejercicio del culto protestante, provocando con ello nuevas luchas religiosas y dinásticas. Perdió a Bohemia, Hungría y Silesia. Al morir su sucesor y hermano Matías, desencadenóse la guerra de los Treinta Años.
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