Los acontecimientos que empiezan a sucederse en el país a partir de 1808 van a dejar una imborrable huella en la obra de Goya. La Academia de Bellas Artes le encarga ese año un retrato del nuevo rey: Fernando VII, ecuestre. Poco después de los sucesos del mes de mayo en Madrid, viaja a Zaragoza llamado por el General Palafox para inmortalizar el sitio de la ciudad por los franceses. En este año jura, como el resto de los funcionarios, fidelidad al rey José I y realiza el Cuaderno E y obras relacionadas con la violencia que está viviendo el país.

Se dicta una real orden en 1809 para que forme parte de una comisión que elija cincuenta cuadros con destino el Museo Napoleón de París. El Ayuntamiento de Madrid encarga al artista un retrato de José I titulado Alegoría de la Villa de Madrid. Un año después inicia Los Desastres de la Guerra. Durante la Guerra de la Independencia pinta, sin mediar encargo, obras de gran libertad creativa entre las que destaca La aguadora que se adelanta a la pintura social del siglo XIX. En 1811 José I concede a Goya, la Orden Real de España mientras prepara una serie de bodegones.

Muere su esposa en 1812, un año en el que cambia el panorama político del país y en el que le ordenan sustituir el retrato José I, en la Alegoría de la Villa de Madrid, por la leyenda Constitución. En noviembre, los franceses vuelven a entrar en Madrid y él huye a Piedrahita en un intento frustrado de abandonar el país. Al año siguiente pinta, en la sierra de Tardienta, cuadros de temática bélica.

El Consejo de Regencia accede, en 1814, a una petición de Goya para pintar las acciones heroicas del pueblo frente a la invasión de Napoleón y empieza El Dos de Mayo y El Tres de Mayo. Con la llegada de Fernando VII, recibe varios encargos para realizar su retrato en obras como Fernando VII en un campamento y termina El general don José de Palafox, a caballo. En noviembre de este año pasa con su hijo y otros funcionarios, una investigación sobre su actitud durante la dominación francesa.

Compadece ante un tribunal de la Inquisición en 1815 para declarar sobre La maja desnuda, confiscada a Godoy y considerada obscena. Realiza ese año el retrato de su nieto Marianito Goya y La Junta de Filipinas. Un año después realiza La duquesa de Abrantes y El X Duque de Osuna, los últimos encargos de la nobleza española. Para compensar económicamente la falta de encargos vende estampas de La Tauromaquia, termina Los Desastres y realiza Los Disparates. Ese mismo año comienza los cuadernos C y F.

El último cuadro para Palacio es Santa Isabel de Hungría asistiendo a los enfermos, un encargo de Isabel de Braganza. En 1817 entrega Santa Justa y Santa Rufina para la Catedral de Sevilla. Los encargos han descendido hasta casi desaparecer y el artista se dedica a dibujar.

Al año siguiente se inaugura el Real Museo del Prado en el que figuran los retratos de Carlos IV a caballo y María Luisa a caballo. Compra, a las afueras de Madrid, una casa conocida como la Quita del Sordo. Ese año entrega La última comunión de San José de Calasanz a los escolapios de Madrid y les regala una tablilla. Tabiém regala a su médico, en agradecimiento por sus atenciones, un lienzo titulado Goya y su médico Arrieta y ese mismo año asiste por última vez a la Academia donde jura la Constitución. Durante el Trienio Liberal se dedica a pintar las Pinturas Negras.

En 1824 le conceden licencia para ir a tomar las aguas de Plombiéres. En Burdeos coincide con Moratín que escribe a su amigo Juan Melón informándole sobre la llegada. Tras una corta estancia en Madrid, regresa a Burdeos junto a la familia de su consuegro Miguel Martín de Goicoechea, huidos por temor a la persecución política. Leocadia Zorrilla llega a la ciudad xon sus hijos Guillermo y Rosario Weiss. Durante gran parte del año siguiente está enfermo, se dedica a pintar miniaturas y a realizar los cuadernos G y H. A final de año, el impresor Gaulon comienza la edición de Los Toros de Burdeos. Vuelve a España en 1826 para pedir su jubilación y el permiso definitivo para vivir en Francia, durante esta estancia, Vicente López le retrata.

En 1827 pinta el retrato de su amigo Don Juan Bautista de Muguiro y La lechera de Burdeos. En verano viaja por última vez a Madrid donde pinta un retrato de su nieto con la siguiente inscripción: "Goya, a su nieto, en 1827, a los 81 años de edad". En marzo de 1828, Mariano y Gumersinda emprenden viaje a Burdeos tal vez avisados por algún amigo de la enfermedad del pintor. A su llegada, Goya se siente indispuesto muriendo, lejos de su país, el 16 de abril.