Apenas sete anos após a quinta cruzada, começava mais uma. Desta vez não houve pedido, ela ocorreria movida pela vontade de um homem, Frederico II da casa dos Hohenstaufens, o Sacro Imperador romano.

Na época da quinta cruzada, Frederico tentara participar dela, mas foi proibido pelo papa Inocêncio III, em 1220, após sua coroação pelo papa Honório III, ele retornou sua promessa de participar da cruzada e chegou a enviar uma pequena força.
Problemas internos fizeram com que Frederico, adiasse seus planos, mas em 1225 ele casa com Yolanda, filha do rei de Jerusalém. Com isso ele ganhou um motivo pra criar uma cruzada mesmo sem que o papa pedisse, algo que Frederico achava desnecessário. Como sacro imperador, Frederico se achava o vice-rei de Deus, e não precisava obedecer nenhum bispo, nem mesmo o de Roma. E o casamento o tornara rei de Jerusalém já que o velho rei abdicara do trono para se tornar regente do Império Latino em Constantinopla.

Em 1227, após a subida de Gregório IX como papa, Frederico armou um exército, e o pôs para navegar em direção a Síria, mas uma epidemia o obrigou a voltar para a Itália. Gregório o excomungou por quebrar seu voto de cruzado, (na verdade era só uma desculpa, Gregório queria enfraquecer o Imperador em suas disputas pelo poder na Itália). Após tentativas infrutíferas de chegar em um acordo com o papa, Frederico decidi ignorá-lo, e mesmo excomungado, parte com a cruzada em 1228. Mas a demora lhe custou muito, Yolanda falecera seis dias após dar a luz ao filho de Frederico Conrado, e com isso perdeu-se uma das razões da cruzada, Frederico não era mais o marido da rainha De Jerusalém, no máximo Regente em nome de seu filho, algo que os barões de Outremer poderiam impedir.

Em setembro de 1228, Frederico desembarca em Acre, a capital do reino, que havia se dividido entre os que o apoiavam (muitos dos nobres, e tropas alemães enviadas anteriormente), e os que eram contra, encabeçados pelo patriarca Geraldo de Lausanne e pelos cavaleiros templários e hospitalários, que se ressentiam da tentativa de Frederico de impor sua autoridade ao reino. Logo começou a luta (que muitas vezes deixava de ser política e virava batalhas campais) entre os partidários do papa (guelfos) e os que apoiavam o Império romano-germânico (os gibelins).

Só com muita habilidade é que Frederico conseguiu unir as duas facções, mas não contaria com a ajuda dos templários e hospitalários que se recusavam a marchar junto com um excomungado. Porém Frederico ainda contava com o apoio dos cavaleiros teutonicos cujo Grão-mestre, Hermann de Salza, era seu amigo, porém tinha apoio de poucos soldados, e parte do seu exército o abandonara, além disso, chegava noticias alarmantes da Itália, onde as tropas papais atacavam duramente. Por tudo isso e o fato de que nem com todas as tropas disponíveis em Outremer poderia dar um golpe decisivo no islã, ele decidiu-se por uma outra via: a cruzada seria diplomática.

Felizmente para o imperador o sultão al-Kamil tinha a mesma opinião, seu reino tinha sido dividido entre seus irmãos que lutavam entre si, e havia uma nova ameaça: o Império dos Khwarism, cavalheiros muçulmanos que se revoltaram contra seus lideres e criaram seu próprio império hostil tanto aos egípcios quanto aos francos, cujo senhor Jelal ad-din estava no auge do poder após rechaçar um ataque dos mongóis, apenas a ameaça destes o impedia de avançar sobre os francos e egípcios.

Começara assim uma série de negociações entre o Sultão e o imperador, dois homens que não acalantavam devoção fanática por suas religiões, que se interessavam pelo estilo de vida um do outro, que fariam de tudo para evitar uma guerra, mas que por uma questão de prestigio entre o povo, tinha que se impor ao máximo nas negociações.Frederico tinha como maior inimigo o tempo e falta de tropas, al-Kamil seus irmãos em Damasco e a ameaça dos Khwarismanos, e estava disposto a grandes concessões aos cristãos se estas o ajudassem.

Neste clima de tensão e admiração mútua, Frederico se revelou melhor negociador que o sultão e depois de longas negociações e algumas escaramuças entre suas tropas, eles chegaram a um acordo e, no dia 18 de fevereiro, assinaram um tratado de paz. Nele foi decidido uma trégua de dez anos pelo calendário cristão e dez anos e cinco meses pelo islâmico, além da devolução aos cristãos das cidades de Jerusalém, Belém e um corredor de terra as ligando até o mar.

Dessa forma sem desferir um único golpe, o imperador excomungado reconquistou à cristandade a Cidade Santa. Mas não houve comemoração, só desaprovação. Muitos se lamentaram por não terem conquistado a cidade pela espada, e muitos, principalmente os templários, se ressentiam com a presença muçulmana na cidade, e pelo fato de que ao área do templo com o Domo da rocha ainda pertenciam a eles pelo tratado. E o mundo islâmico também ficou ultrajado, em Damasco, an-Nasir (um dos rivais de al-Kamil) ordenou luto publico pela traição do islã.

E Frederico mesmo pelo grande serviços prestados à cristandades, não teve sua excomunhão anulada e ninguém advogou essa idéia, e o Patriarca Geraldo ameaçou colocar a cidade sobre interdição se esta recebesse o Imperador. Mesmo assim em 17 de março, Frederico fazia sua entrada cerimonial em Jerusalém, e no dia seguinte era coroado rei, embora legalmente ele era só um regente em nome de seu filho Conrado.

Mas problemas políticos na Alemanha e sua crescente impopularidade no reino o obrigaram a partir. Em maio ele retornou ao império. Ele demonstrou que uma cruzada poderia ser bem sucedida, sem luta e sem o apoio papal. A trégua foi respeitada por ambos os lados (mas nunca acabaram as escaramuças e saques), até seu fim em 1239. Em 1244 Jerusalém era capturada pelos Khwarismanos. O precedente estava criado e as próximas cruzadas ocorreriam sem o envolvimento do papa.