Toda a riqueza e poder dos Templários, contudo eram insuficientes para que eles, sozinhos, libertassem a Terra Santa, mesmo juntando-se a igualmente poderosa ordem dos Hospitalários e com os nobres de Outremer. Mais o espírito cruzado ainda prevalecia tanto na vitória contra s mouros na batalha de Las Navas de Tolosa, quanto no inicio da longa Cruzada Albigense contra os cátaros (cruzada esta que tanto o templo como o Hospital tiveram um papel ambíguo). E, portanto em 1213, o Papa expede uma bula conclamando uma nova cruzada. Disputas políticas e eclesiásticas adiam a cruzada, que só parte em 1217, para Palestina, onde os cruzados com o apoio das Ordens fazem uma série de excursões contra os árabes, mas sem nenhum sucesso, decide-se então atacar o Egito. O alvo escolhido é Damietta que é cercada. Durante o cerco, o sultão oferece Jerusalém, em troca da paz, mas a oferta é negada, em novembro de 1219, Damietta cai. Segue-se um ano de inatividade. Em julho de 1221 os cruzados avançam sobre o Cairo mais a cheia do Nilo os impede, e o exército egípcio os cerca. Os cruzados são obrigados a negociar a paz e abandonar Damietta. A Cruzada Termina em fiasco.

Em 1228 uma nova cruzada surge liderada pelo sacro-Imperador Frederico II. Mas, este sendo um excomungado, tendo pretensões políticas em Outremer não contava com o apoio de muitos nobres e nem dos templários e Hospitalários que se recusava. A única ordem que apoiou o Imperador foi a Ordem dos Cavaleiros Teutonicos. Por isso Frederico II decide resolver a cruzada por vias diplomáticas e após, negociações com o Sultão al-Kamil, firmou o tratado que devolvia à cristandade as cidades de Belém, Toron e Jerusalém. Mas, não houve agradecimentos por isso. Os Templários ficaram irritados com a presença árabe em Jerusalém, principalmente pelo fato de o monte do templo ainda ter permanecido com os muçulmanos.

Além da devolução das cidades, foi firmada uma trégua de dez anos e dez meses. Frederico fica pouco tempo na Palestina. Revoltas contra sua presença e problemas internos no Império o obrigam a abandonar a Terra Santa. Ao partir ele culpa os Templários por suas desventuras na cruzadas .

Apesar disso a paz é respeitada, graças também aos convênios comerciais entre o Templo e Damasco. Mas, em 1244, Jerusalém cai para os Khwarismanos (tribo de cavaleiros turcos que recentemente haviam se tornado um império). As Ordens se unem e tentam contra-atacar, mas são dizimados em Gaza. De 348 Templários apenas 36 sobrevivem, morrendo inclusive o Grão-Mestre. Jerusalém é perdida para sempre.   

Isto provoca a sétima cruzada liderada por Luis IX, futuro São Luis. Apesar de ter tomado a cruz em 1244, ele queria que a cruzada fosse bem preparada e que nada faltasse, portanto só em 1248 é que ele chega ao Oriente. Ali, ele decide atacar Damietta que cai rapidamente. Nesta batalha os Templários foram tão valorosos que foi lhes entregue a vanguarda das forças. E para evitar as cheias do Nilo, as tropas ficam em Damietta. Neste período o sultão tenta negociar com Luis, que se nega a isso.   Com a baixa do Nilo, o exército avança para Mansurá e ali eles descobrem um vau que levava a uma parte vulnerável do acampamento inimigo.A vanguarda marcha e seu comandante Roberto de Artois ignora o conselho do grão mestre templário em espera o resto das tropas e ataca, e é seguido pelos templários na tentativa de evitar um desastre. O que, apesar do sucesso inicial, acontece. No momento inicial de vitória, quando Roberto quis continuar avançando e o grão mestre templário aconselhou a não o fazer. Roberto diz que se quisessem os Templários teriam conquistado muito antes a Terra Santa, “mas que nem haviam querido e nem tampouco eram tão valentes como alguns creiam”, ao que o grão mestre respondeu: “que se tomam por medo o que é só prudência, meus irmãos e eu o acompanharemos, mas sabendo que não voltaremos”. Eles avançaram e caíram na armadilha dos Egípcios e foram massacrados. Cerca de 290 Templários morreram.   Em seguida o exercito principal dos Cruzados foi atacado e por pouco não é destruído. Luis tenta ainda manter o cerco, mas após dois meses, é obrigado a recuar. É atacado, capturado e só libertado depois de um vultuoso resgate. Ele ainda fica por dois anos na Palestina onde reconstrói fortalezas, mas em 1254 é obrigado a retornar.

Após a partida do rei Luis, o caos se instalou. As disputas entre os comerciantes italianos se transformaram em guerra aberta, na qual além de terem a participação de nobres, as Ordens também foram arrastadas e vergonhosamente Templários e Hospitalários lutaram entre si. Apenas a ameaça mongol fez com que os mamelucos (o novo poder entre os muçulmanos) não atacassem Outremer. Mas em 1260, na batalha de Ain Jalud os mongóis são derrotado e Baybars, o sultão mameluco, se volta contra Outremer. Ataca e saqueia Nazaré, ameaça Acre que só não ataca por causa de um ataque mongol a Síria. Mas, em 1265, volta novamente à Outremer e captura Cesárea, Haifa e Arsuf. Apenas a fortaleza Templária, o castelo Peregrino resiste. Porém em junho de 1266, a importante fortaleza de Safed, cai e todos os Templários são executados. Seguiu-se a queda de Toron, e em 14 de maio de 1268 Antióquia é arrasada.

Ao receber a notícia das quedas de Safed e em seguida de Antióquia, Luis IX parte em uma nova Cruzada, mas seu Irmão Carlos de Anjou o convence a atacar Tunis. Lá, em agosto de 1270, o rei morre, e a cruzada se desintrega. Com isto Baybars volta a atacar e ocupa em fevereiro, a fortaleza Templária de Chastel Blanch. Em abril, após uma feroz resistência, caí o magnífico Krak de Chaveliers e, em junho, a fortaleza teutônica de Montfort, o ultimo castelo franco no interior também é derrotado. Agora só restava as cidades de fortalezas costeiras.   Em maio de 1271, chega a Acre a ultima Cruzada, comandada pelo príncipe Inglês Eduardo, que tenta unificar as facções de Outremer para contra atacar. Mas falha. Só consegue ajuda mongol e com apoio dos Templários, lança pequenos ataques. Percebendo que tem forças insuficientes, negocia a paz com Baybars, que tendo que se preocupar com os mongóis e com Damasco aceita. Eles firmam uma trégua de dez anos.

Em 1288, os mamelucos voltam a atacar, tomando Trípoli. E, em 1291, atacam Acre com um exército de 220 mil homens, enquanto que as forças do rei de Jerusalém, dos templários e dos hospitalários eram de cerca de 800 cavaleiros e 12 mil infantes e uma população civil de 30 mil pessoas. Em 5 de abril, começa o cerco, no dia 15 o grão-mestre templário Guilherme de Beaujeu tenta incendiar as máquinas de cerco inimigas, mas falha. E no dia 18 de maio ocorre o assalto final à cidade. Os Templários e Hospitalários resistem bravamente, mas são derrotados e o grão-mestre do Hospital é morto. A última resistência é na casa do Templo, que resiste valentemente até o dia 28 quando teve sua muralha solapada e seus defensores massacrados. Logo as últimas cidades francas Tiro, Tortuosa e Beirute são abandonadas e a sede templária é mudada para Chipre. Os mamelucos devastam todo o litoral para evitar futuras excursões européias. A Terra Santa é perdida definitivamente, e os Templários caminham para o seu triste fim.

Para se entender o porquê do interesse de Filipe pela unificação e controle das ordens, é preciso lembrar que é nele que se tem o ensaio para o absolutismo. Ele se confronta com nobres e com o clero pelo controle total da França e é parcialmente bem sucedido, mas isto e as guerras com a Inglaterra arruínam as finanças do reino. Inicialmente, ele se volta contra os judeus atacando e tomando seus bens e riquezas. Mas, não é o suficiente e ele tenta tomar empréstimos com banqueiros italianos. É por demais rude e os italianos se negam a negociar com ele.

Logo a Inquisição entra em cena: 138 cavaleiros são interrogados pelo grande inquisidor Guilherme de Paris. Trinta e seis deles não suportam as torturas e morrem. É de se compreender o porquê de apenas 3 dos 102 sobreviventes, se negaram a confessar os crimes de que eram acusados. Mas quais eram esses crimes? As atas de acusações registrava : “Apostasia, negação da divindade de Cristo e ultrajes a cruz, ritos obscenos, sodomia e idolatria. Em especial esses crimes são cometidos durante a cerimônia de recepção dos neófitos, a quem se obriga a renegar três vezes a Cristo, pisotear e cuspir na cruz; depois; desnudos, são beijados no ânus, no umbigo e na boca por quem os recebe; se lhes obrigam a prometer que praticarão sodomia se solicitados, e que, adorarão uma estátua que chamam de Baphomet, levando sempre sobre o corpo uma corda que antes estivera depositada sobre o ídolo (...)”.    

Já que querendo escapar da morte 99 templários confessaram, o Papa toma o partido de Filipe. E através da bula Pastoralis Praeminentiae , ordena a todos os príncipes da cristandade, que prendam todos os Templários em seus domínios. Com isso ataques similares foram feitos aos Templários através da Europa. Iriam ser todos levados a julgamento. Mas nem todos os reis apóiam o ataque. O rei de Aragão escreve-a Felipe contanto os serviços prestados pela Ordem à coroa, e dizendo acreditar em sua inocência, Eduardo II, da Inglaterra vai mais longe, e escreve aos reis de Portugal, Aragão, Castela e Sicília dizendo para que eles não façam caso das falsas acusações.     

Essa pressão e o uso de tortura nos interrogatórios fazem com que Clemente V suspenda todos os poderes da Inquisição na França e assuma o assunto dos Templários, o que irrita em muito Filipe. O caso se arrasta e em 1310, começa o julgamento, onde depois de mencionarem as terríveis torturas sofridas nos interrogatórios, os advogados da Ordem os comparam a mártires de cristo que sofrem em nome da Verdade, e que fora da França não houve nenhuma confissão. A opinião publica, a despeitos dos esforços de Felipe, fica a favor dos Templários. Parecia que o rei falhara, mas a subida ao arcebispado de Sens, de Felipe de Maurigny, extremamente fiel a Felipe, e o sumiço de documentos da defesa e de dois dos advogados da Ordem, precipitam o fim. Em 11 de maio de 1310 Maurygni condena 54 templários que voltaram atrás em sua Confissão de relapsos e são queimados no dia seguinte. Em 5 de junho, a investigação é dada como encerrada. Felipe consegue destruir a Ordem, mas não conseguiu seus bens que ficou com a ordem dos Hospitalários. Em 22 de março de 1312, Clemente V aboliu oficialmente a Ordem dos Cavaleiros Templários.   

O Grão Mestre, Jacques de Molay, foi um dos que confessaram. Mas, a 14 de Março de 1314, enquanto ele era exibido no exterior da catedral de Notre-Dame em Paris para ouvir a sua sentença de prisão perpétua, De Molay fez uma dramática declaração: "Penso verdadeiramente" — proferiu ele , "Que neste solene momento eu deva proferir toda a verdade. Ante o céu e a terra, e com todos vocês aqui como minha testemunha, eu admito que sou culpado da mais grotesca das iniqüidades. Mas essa iniqüidade foi eu ter mentido ao ter admitido as grotescas acusações emitidas contra a Ordem. Declaro que a Ordem está inocente. A sua pureza e santidade estão acima de qualquer suspeita. Eu admiti de fato que a Ordem era culpada. Mas unicamente assim agi para evitar contra mim as terríveis torturas — A vida foi-me oferecida, mas pelo preço da infâmia. Por este preço, a vida não vale à pena ser vivida”.   

Formou-se um tumulto e no meio do barulho o Arcebispo de Maurigny - erguendo ao alto sua cruz peitoral - gritava: "Dois dos condenados são declarados relapsos, pois reincidiram em suas heresias e rejeitaram a justiça da Igreja! A Igreja os entrega à justiça do rei!". A entrega dos réus pela inquisição, ao braço secular, significava a condenação à morte. Nesta mesma noite, eles são levados à pira, antes de ser executado O grão mestre faz seu ultimo pedido: “Rogo-lhes, senhores que volvas minha face em direção à Virgem Maria, mãe de Cristo” e os guardas voltaram ele e seu companheiro à Notre Dame. E antes de se entregar tranqüilamente as chames fez uma ultima declaração: "Senhor, permiti-nos refletir sobre os tormentos que a iniqüidade e a crueldade nos fazem suportar. Perdoai, ó meu Deus, as calunias que trouxeram a destruição à Ordem da qual Vossa Providência me estabeleceu chefe."

"Permiti que um dia o mundo, esclarecido, conheça melhor os que se esforçam em viver para Vós."

"Nós esperamos, da Vossa Bondade, a recompensa dos tormentos e da morte que sofremos, para gozar da Vossa Divina Presença nas moradas bem-aventuradas”.

"Vós, que nos vedes prontos a perecer nas chamas, vós julgareis nossa inocência ."

"Intimo o papa Clemente V em quarenta dias e Felipe o Belo em um ano, a comparecerem diante do legítimo e terrível trono de Deus para prestarem conta do sangue que injusta e cruelmente derramaram”.

  “Malditos, malditos sejam por treze gerações”.