Congonhas tem 4 igrejas na sede do município e duas nos distritos de Lobo Leite e Alto Maranhão.

A Basílica de Senhor Bom Jesus do Matozinhos
Começou a ser construída 1757, foi concluída em 1790 com o término das obras do adro e da escadaria. É a principal igreja de Congonhas. Ali se encontra a imagem de Senhor Morto, à frente do altar-mor, motivo da maior peregrinação religiosa de Minas Gerais e no corredor da sacristia a cruz de Feliciano Mendes.
Na construção da Basílica trabalharam grandes nomes da época, como o arquiteto Francisco Lima Cerqueira, autor da Capela Mor. Na Basílica ainda se encontram seis relicários executados por Aleijadinho e pintados por Athayde.
A beleza e o grande valor de suas obras, somando às esculturas dos 12 profetas e as 66 imagens dos passos da Paixão, fazem desse conjunto a expressão do Barro Brasileiro.

A Matriz de Nossa Senhora da Conceição
Construída em 1734, tem frontispício do Aleijadinho e pinturas dos melhores artistas da época. Sua nave sem colunas de sustentação é uma das maiores do Barroco Mineiro.

Igreja de Nossa Senhora do Rosário
Construída para os escravos no princípio do século XVIII.

Matriz de São José
A mais nova Igreja, também de rara beleza a Matriz de São José é de 1817.