O antigo Arraial Novo do Rio das Mortes deu origem à cidade de São João Del-Rei. Os primeiros sinais de ocupação do arraial remontam a 1704, quando o paulista Lourenço Costa descobre ouro no ribeirão de São Francisco Xavier, ao norte da encosta da Serra do Lenheiro. Nessa época, Lourenço Costa trabalhava como escrivão no Porto Real da Passagem, local onde Antônio Garcia da Cunha, genro e sucessor de Tomé Portes Del-Rei, explorava a travessia do rio das Mortes.

Com a descoberta, as terras são distribuídas a várias pessoas que começam a explorar as margens do ribeirão. Pouco tempo depois, o português Manoel José de Barcelos encontra mais ouro na encosta sul da Serra do Lenheiro, num local chamado Tejuco. Aí se fixa o primeiro núcleo de povoamento que daria origem ao Arraial Novo de Nossa Senhora do Pilar, mais tarde Arraial Novo do Rio das Mortes.

Como outros arraiais mineradores, o povoado surge a partir de uma capela erguida em devoção à Nossa Senhora do Pilar, ao redor da qual vão se fixando bandeirantes e aventureiros, que chegam à região atraídos pelo ouro. A cada dia, mais uma casa de taipa é levantada e, aos poucos, novas capelas e moradias vão formando outros aglomerados urbanos. As rivalidades e a disputa pela posse de datas auríferas geram conflitos permanentes, que culminam na Guerra dos Emboabas. Eram chamados emboabas os que não haviam nascido na Capitania de São Vicente, hoje São Paulo, e que, para os paulistas, não deviam receber terras em Minas Gerais. O conflito teve como causas principais a exploração do ouro e o direito de posse dos novos territórios conquistados. Assim, entre 1707 e 1709 paulistas revoltam-se contra os forasteiros, em sua maioria portugueses, que, liderados pelo comerciante Manuel Nunes Viana, saem vitoriosos do movimento.

Já bastante próspera, em 1713 a localidade é elevada a vila e recebe o nome de São João Del-Rei em homenagem a Dom João V, rei de Portugal. No ano seguinte, é nomeada sede da Comarca do Rio das Mortes. Desde os tempos de sua formação, desenvolve-se aí uma vasta produção mercantil e de gêneros alimentícios, resultantes tanto da atividade agrícola, quanto da pecuária. Essa faceta vai possibilitar o contínuo crescimento da localidade, que não sofre grandes perdas com o declínio da atividade aurífera, verificado em toda a Capitania das Minas Gerais a partir de 1750.

Nessa época a crise do sistema colonial agrava-se. A exploração do ouro entra em franca decadência, e a Coroa Portuguesa continua a exigir pesados impostos da população. Essa situação conflitante faz crescer o nível de consciência de setores intermediários da sociedade, levando padres, militares, estudantes, intelectuais e funcionários das principais vilas mineiras, como São João Del-Rei, Tiradentes e Vila Rica, a conspirar contra a metrópole.

Em poucos anos, o movimento conhecido como Inconfidência Mineira toma corpo e ganha adeptos em cada arraial e vila da Capitania das Minas Gerais. Grandes planos são traçados tendo em vista a produção de bens de consumo aliada à liberdade comercial, o que descartaria a política monopolizadora da metrópole. A Vila de São João Del-Rei é escolhida para abrigar a nova capital. Porém, em 1789 o movimento é frustrado pela denúncia do coronel Joaquim Silvério dos Reis, devedor de somas altíssimas à Fazenda Real.

Graças à vocação comercial de São João Del-Rei, a sua feição colonial não é a mesma das demais vilas mineradoras da época. Já em princípios do século XIX, ela se mostra amadurecida comercialmente: lojas instaladas em elegantes casarões oferecem todo tipo de mercadoria, desde as produzidas na comarca até as importadas. O movimento de passantes, caixeiros-viajantes, mulheres e crianças circulando pelas ruas confere-lhe um aspecto alegre e colorido. Também é precoce o surgimento da imprensa, assinalado pela fundação, em 1827, do 'Astro de Minas', o segundo jornal de Minas Gerais na época.

Em 1838 a progressista Vila de São João Del-Rei torna-se cidade. Nessa época, possuía cerca de 1.600 casas, distribuídas em 24 ruas e 10 praças. Ainda no século XIX, contava com casa bancária, hospital, biblioteca, teatro, cemitério público construído fora do núcleo urbano, além de serviços de correio e iluminação pública a querosene.
Desenvolve-se, ainda mais, com a inauguração em 1881 da primeira seção da Estrada de Ferro Oeste-Minas, que liga as cidades da região a outros importantes ramais da Estrada de Ferro Central do Brasil. Em 1893 a instalação da Companhia Industrial São Joanense de Fiação e Tecelagem traz novo impulso à economia local, a tal ponto que a cidade é novamente indicada para sediar a capital de Minas Gerais. Em junho do mesmo ano, o Congresso Mineiro Constituinte aprova, em primeira discussão, a mudança da capital para a região da Várzea do Marçal, subúrbio de São João Del-Rei. Mas, numa segunda discussão, o projeto inclui Barbacena e também Belo Horizonte, um planalto localizado no Vale do Rio das Velhas, onde existia o antigo Arraial do Curral Del-Rei.

Com a escolha da região do Curral Del-Rei em dezembro de 1893, a importância econômica de São João Del-Rei diminui gradativamente. Mas a cidade não perde seu charme colonial, sendo motivo de atenção dos modernistas brasileiros, que a visitam em 1924. Ela é registrada na obra de algumas das figuras mais representativas do movimento, como a pintora Tarsila do Amaral e o escritor Oswald de Andrade. Em 1943 seu acervo arquitetônico e artístico, composto por importantes edificações civis e religiosas, é tombado pelo Instituto do Patrimônio Histórico e Artístico Nacional - Iphan.

A formação peculiar da cidade, que evoluiu de arraial minerador para importante pólo comercial da região do Campo das Vertentes, é responsável por sua característica mais interessante: uma mescla de estilos arquitetônicos que tem origem na arte barroca, passa pelo ecletismo e alcança o moderno. Em São João Del-Rei, é possível apreciar a evolução urbana de uma vila colonial mineira, cujo núcleo histórico permanece bastante preservado em harmonia com as construções ecléticas do século XIX e as mudanças ocorridas no século XX.