El apellido Villalobos tiene un origen toponímico, es decir, pertenece a la categoría de apellidos derivados del nombre del lugar de procedencia de su portador inicial. Siendo Villalobos el nombre de un Municipio de la provincia de Zamora, el apellido identificó a una persona oriunda de dicho lugar.

En cuanto a la etimología de Villalobos, el mismo está compuesto por dos vocablos castellanos: villa, del latín "villa" que significa casa de campo y lobos, plural de lobo, del latín lupus, referente al mamífero carnicero que tiene aspecto de perro mastín.

La prosapia de este apellido castellano se extendió por toda España con la reconquista. Caballeros de este linaje probaron su nobleza en las órdenes de Santiago, Calatrava, Carlos III y San Juan de Jerusalén, además de en la Real Chancillería de Villadolid y en la Real Compañía de Guardas Marinas. Entre aquellos que probaron su gallardía en la órden de Carlos III se encuentran: Clemente de Villalobos, Josefa Villalobos, Manuel José de Villalobos y José Villalobos y Soto Guerra y Vaillant. Una de las primeras referencias que se hacen a este apellido menciona a Rui Peres de Villalobos, quien tomó parte en la Batalla de las Navas de Colosa¿? (1212). Don Gabriel Fernández de Villalobos fue creado Marqués de Barinas un 30 de noviembre de 1686. Entre los personajes célebres que llevaron este apellido se cita al pintor español Manuel Villalobos Díaz, nacido en Sevilla en diciembre 31 de 1875 y Francisco López de Villalobos, escritor y médico español del siglo XV, cuyo nombre figura en el Catálogo de Autoridades de la Lengua, publicado en la Academia española; Felipe II lo nombró su médico de cámara.