El 30 de abril de 1789 Goya es nombrado pintor de Cámara del nievo monarca Carlos IV, aficionado a la pintura y admirador de Goya. Este año cae enfermo mientras se dedica a tasar las obras de arte del monarca fallecido y a realizar gran número de retratos reales. En verano del año siguientes pide permiso para pasar dos meses en Valencia y, a la vuelta, para ir a las fiestas del Pilar donde pinta a su amigo Martín Zapater.

Al año siguiente, a su pesar, vuelve a su actividad como cartonista y durante 1792 concluye siete de los cartones para el despacho del rey en el Escorial y presenta a la Academia un informe sobre la enseñanza de la pintura. Viaja a Andalucía y en Sevilla cae gravemente enfermo por lo que se traslada, para recuperarse, a la casa de su amigo Sebastián Martínez en Cádiz. Su producción artística desciende aunque realiza el Autorretrato de la Academia, una serie de cuadros de gabinete y varios de tema taurino.

En 1794 envía la serie de cuadros de gabinete al viceprotector de la Academia, Don Bernardo de Iriarte: en esta época termina una serie de cuadros de tema trágico, en los que no media encargo alguno. Este mismo año comienzan a aparecer seguidores de su estilo, como el valenciano Agustín Esteve, y nace su amistad con la duquesa de Alba. Se despreocupa de su actividad como cartonista y realiza numerosos retratos entre los que destacan el de El general don Antonio Ricardos y el de María del Rosario Fernández, La Tirana.

Goya se encuentra recuperado de su enfermedad en 1795, aunque se queda sordo, por lo que se ve obligado a aprender el lenguaje de los signos. Se dedica a realizar encargos para la nobleza y crece su amistad con los Alba para los que realiza El marqués de Villafranca y duque de Alba, un retrato de la duquesa y obras informales como La duquesa de Alba y su dueña. En septiembre sustituye a Francisco Bayeu, fallecido un mes antes, como director de pintura de la Real Academia de Bellas Artes de San Fernando.

En la primavera de 1796 viaja a Sanlúcar invitado por los Alba. Durante su estancia, que se prolonga hasta finales de verano, fallece el duque. Al año siguiente vuelve a Cádiz donde pinta La duquesa de Alba y realiza el llamado Álbum de Sanlúcar. A su vuelta renuncia al puesto de director de pintura de la Academia pero la junta le nombra Director Honorario. En el año 1787 realiza el Álbum de Madrid y sigue retratando a personajes ilustrados y amigos, entre los que se encuentra Bernardo de Iriarte y Meléndez Valdés.

Goya emplea la mayor parte del año 1798 en terminar Los Caprichos. A principios del año siguiente su publica el anuncio en el Diario de Madrid. Sigue trabajando para los duques de Osuna a los que vende algunos bocetos de cartones y varios cuadros con temas de brujería. Ese mismo año consigue, gracia a su amistad con Jovellanos, el encargo de los frescos de la iglesia de San Antonio de la Florida. Este es un año muy fecundo en retratos, realizando, entre otros, el del Asensio Juliá y el del embajador francés Ferdinand Guillemardet.

En 1799 presenta a la Academia el boceto del Prendimiento de Cristo y realiza el retrato de Pedro Romero. De nuevo el artista recibe encargos de la familia real y la reina, en una carta dirigida a Manuel Godoy, le cuenta que la está retratando. Lo más sobresaliente para Goya, de este último año del siglo XVIII, es su nombramiento como Primer Pintor de Cámara. No cesa de hacer retratos y Godoy le encarga varias obras con temas alegóricos para su palacio.

Durante el primer año del siglo XIX pinta el retrato de La condesa de Chinchón y el del hermano de ésta: El cardenal don Luis María de Borbón y Vallabriga. Realiza estudios de todos los miembros de la familia real para pintar el retrato de todos juntos, como denominaba la reina a La familia de Carlos IV. Este año rechaza trabajar con la Fábrica de Tapices y comienza el Álbum D.

Al año siguiente y con motivo de la victoria en la Guerra de la Naranjas pinta Godoy como comandante en la Guerra de la Naranjas y en 1803 cede al rey las láminas de Los Caprichos, tal vez por miedo a la Inquisición. Este mismo año se le concede una pensión vitalicia para su hijo Javier Goya, para su formación como artista y pinta el retrato del Conde de Fernán Núñez y el de la Condesa de Fernán Núñez.

Gregorio Ferro es elegido director de la Academia en 1804, por 29 votos frente a los 8 obtenidos por Goya. Retrata a La Marquesa de Santa Cruz y a Isabel Lobo de Porcel. En 1806 pinta la serie de cuadros sobre la Captura del bandido Maragato. En este año, la Real Calcografía, bajo la dirección de Agustín Esteve y el patrocinio de Godoy, reedita Los Caprichos.