El 6 de enero de 1799, Goya presentó El prendimiento de Cristo en la Real Academia de Bellas Artes de San Fernando, la cual "celebró en él su buen partido, buen gusto de colorido, dibujo y maestría, que tan acreditado tiene el Sr. Goya". Dos días después, el retablo fue colocado en un altar lateral de la sacristía de la Catedral de Toledo, para donde fue pintado y donde todavía se puede admirar.

Goya completaba así un encargo que, parece. había recibido diez años antes y que, por razones que se desconocen, tardó en completar. Esto se reflejaría en una de las cartas que dirigió a su amigo Zapater

EL prendimiento de Cristo es considerada, junto con La última comunión de San José de Calasanz, una de sus obras religiosas más sentidas.

Ilustra el pintor aragonés, el comienzo de la pasión de Cristo siguiendo los evangelios (Mc 14, 42-46; Mt 26, 46-50; Lc 22, 45-48; Jn 18, 1-11). Parece ajustarse más, sin embargo, al evangelio de Juan, que es el único de los cuatro que nos habla de la iluminación en esta escena nocturna: "Judas, pues, tomando la cohorte y los alguaciles de los pontífices y fariseos vino allí con linternas, y hachas, y armas".

A pesar de tratarse de una escena nocturna, y esto es lo que representa Goya ciñéndose a los textos, también se le ha dado un carácter simbólico al hecho de que Cristo reciba toda la iluminación y el resto quede en oscuridad: "La luz luce en las tinieblas, pero las tinieblas  o lo acogieron." (Jn 1, ver. 5, 10, 11). Desde este punto de vista, también puede relacionarse con Lucas: "...pero ésta es vuestra hora y el poder de las tinieblas." (Lc 22, 53).

El cuadro guarda innegables similitudes compositivas con El Expolio de El Greco, junto al que iba a estar situado: Cristo ocupa el lugar central, destacado por el color y rodeado de figuras.

La iluminación, procedente de una linterna situada a la izquierda de la composición se ha relacionado con un cuadro posterior, también nocturno, e iluminado del mismo modo: El Tres de Mayo de 1808.

En el Museo del Prado se conserva un cuadrito, boceto para la presente obra.