En la 2ª guerra mundial
Permaneció en el nuevo ejército alemán hasta 1935 cuando ingresó a la recien creada Wehrmacht, alcanzando en 1936 el rango de Mayor General, siendo puesto al mando, en 1937, de la 1ra División Acorazada Ligera que tomó parte de la anexión de Checoslovaquia. Participó en la invasión de Polonia.
Fue transferido al este y participó en la Operación Barbarossa como comandante del 4 Ejército Panzer en el Grupo de Ejércitos Norte bajo las órdenes del general von Leeb. Luego fue transferido al Grupo de Ejércitos Centro, combatiendo bajo las órdenes del general von Kluge en el ataque a Moscú.
El atentado contra Hitler
Cuando se encontraba en la vida civil, fue contactado por Friedrich Olbricht y Claus Schenk Graf von Stauffenberg, para participar en un movimiento de oposición contra Hitler, con el objeto de derrocarle.
El 20 de julio de 1944, Hoepner fue acusado de participar en el atentado contra el Führer y fue arrestado acusado de traición. Luego de un juicio sumario fue condenado a morir en la horca. Erich Hoepner, uno de los más brillantes comandantes de tanques de la Segunda Guerra Mundial, fue ajusticiado en la prisión de Berlín-Ploetzensee, el 8 de agosto de 1944.