A alternância de longas estiagens e de grandes enchentes, é o mecanismo regulador que exerce um perfeito controle sobre a atividade da maior parte do abundantes seres vivos que habitam o Pantanal, que possui a maior concentração de fauna das Américas tanto quanto as formas, como ao número de indivíduos.

As aves especialmente as aquáticas, são as mais adaptadas às condições ambientais da região do Pantanal. Devido a sua grande facilidade de deslocamento podem aproveitar ao máximo os ciclos de "enchentes"' e "vazantes". As variações climáticas e hidrológicas do Pantanal determinam o comportamento alimentar e reprodutivo, não apenas das aves, como de toda a fauna. Os fatores que condicionam o período de reprodução são principalmente a disponibilidade de recursos alimentares e de sítios de nidificação.

No período de "vazante", quando as águas voltam aos leitos dos rios, ocorre a saída do peixe jovem, dos campos para os rios. Como nem todo peixe consegue sair, formam-se concentrações dos mesmos nos remanescentes corpos d'água pouco profundos. Neste período se dá a chegada das aves aquáticas. A grande quantidade de peixe em águas rasas, fáceis de capturar, garante a fonte protêica necessária ao desenvolvimento do ciclo reprodutivo. A vegetação alta da margem das lagoas oferece local apropriado para nidificação. Estabelecem-se então os chamados "viveiros" ou "ninhais" compostos por cabeça-secas Mycteria americana, garças brancas Casmerodius albus e Egretta thula, colhereiros Ajaia ajaja, maguaris Ardea cocoi, socozinhos Butorides striatus. Estes viveiros, entretanto, não são constituídos exclusivamente por aves, mas também por outros organismos, presas e predadores como o caracará Pblyborus plancus, o urubu-comum Coragyps atratus,o bugio Alouatta caraya, o macaco-prego Cebus apella e a cobra sucuri Eunectes noctaeus., dentre outros. Quando o rio Paraguai transborda e inicia a "enchente" da grande planície pantaneira e a fauna não migratória procura as terras altas como refúgio, os peixes entram nos campos inundados, nos chamados corixos e baías à procura de alimento e lugares apropriados para desovar. As aves migratórias abandonam a região.

O Pantanal é um paraíso para os ornitologistas e para os observadores de pássaros. Ver e fotografar belas aves aquáticas e paludícolas não é difícil nesta região. Desde a maior cegonha do mundo, símbolo do Pantanal, o tuiuiú ou jaburu Jabiru mycteria cuja figura sonolenta, descansando sobre somente uma perna, faz parte integrante da paisagem pantaneira, até as pequenas jaçanãs Jacana jacana que não param de mover-se sobre plantas aquáticas capturando insetos, e aos milhares de garças Casmerodius, Egretta, Pilherodius, colhereiros Ajaia ajaja, martins-pescadores Ceryle, Chloroceryle, cabeças-secas Mycteria americana, patos Cairina e marrecas Dendrocygna. Ao lado destas aves aquáticas, numerosos gaviões Polyborus, Busarellus, Rosthramus, papagaios Amazona, arara-azul Anodorhynchus, araras e maracanãs Ara, tucanos Ramphastos e um sem número de passeriformes, como o joão-pinto Icterus, o verão Pyrocephalus, japu Psarocolius, o cardeal e o galo de campina Paroaria que enchem de sons e cores as terras pantaneiras.

Nas áreas de cerrado e campinas encontramos a ema Rhea americana, maior ave do continente americano, parente próximo da avestruz, que, impossibilitada de voar, desloca-se andando ou correndo. Também observamos a seriema Cariama cristata que apesar de poder voar, prefere correr sempre que pode. Aliás a própria morfologia dessas duas grandes aves bem demonstra o pendor pela corrida, possuindo corpo esguio e pernas compridas.

Ocupando as densas matas de galeria que se estendem na beira dos rios, encontramos o maior mamífero do Brasil, a anta Tapirus terrestris. Vivem também nas proximidades dos rios, dois roedores; a paca Agouti paca, com hábitos noturnos, e a cutia Dasyprocta aguti, com hábitos diurnos e por isso mesmo mais freqüentemente observada. O quati ou coati Nasua nasua anda em bandos; habita diferentes comunidades e possui dieta extremamente variada.

Sobre as árvores das matas de galeria vivem pequenas comunidades de macaco-prego Cebus apella que tem esse nome porque o macho possui pênis longo e delgado parecendo um prego. Outro símio encontradiço no Pantanal é o bugio ou guariba Alouatta caraya que freqüenta o topo das árvores mais altas. É corpulento, pesando mais de 8 quilos e o macho mais velho, o "capelão"' lidera um bando de uma dezena de indivíduos. Todas as manhãs, os bugios demarcam seus domínios emitindo sons como se estivessem soprando em garrafas vazias. O bugio é caracterizado anatomicamente pelo grande desenvolvimento do osso hióide, que funciona como uma caixa de ressonância, propiciando que seu ronco de baixos profundos ecoe a grandes distâncias.

Entre os felinos encontramos a jaguatirica Felis pardalis, a suçuarana ou onça-parda Felis concolor e o magnífico jaguar ou onça-pintada Panthera onca, outrora abundante, atualmente ameaçada de extinção, vítima de muitos anos de perseguição por caçadores. Alguns fazendeiros ainda abatem os derradeiros espécimes de jaguar-canguçu, argumentando que o imponente felino ataca o gado.

Os varrões, campos encharcados cuja característica é a palmeira buriti Mauritia flexuosa, são, por excelência, o habitat do cervo-do-pantanal Blastocerus dichotomus, o maior e mais belo cervídio da América do Sul. Apesar de protegido, por estar há muito tempo relacionado entre as espécies ameaçadas de extinção, a população do cervo tem se reduzido a cada ano, pois têm sido vítimas de enfermidades transmitidas pelo gado bovino, como a brucelose e a febre aftosa.

Outra espécie muito abundante e típica na região é a capivara Hydrochoerus hydrochaeris, o maior roedor do mundo. Vivem em grupos de 10 a 20 membros e alimentam-se de gramíneas e plantas aquáticas. Com seus pés palmados, nadam bem e, para escapar aos predadores, permanecem submersas até 10 minutos. São perseguidas pelos fazendeiros por destruirem as roças e consideradas portadoras e transmissores do "mal das cadeiras" causado pelo Tripanossoma equinum, doença que ataca os cavalos.

Os jacarés Caiman yacare são abundantes. Praticamente não existe lago, baía ou banhado, sem jacaré; as cavas ao longo das rodovias estão repletas deles e nas margens dos rios, os vemos correndo e mergulhando rápido, quando nos aproximamos com o barco. É freqüente atravessarem as estradas onde algumas vezes são atropelados. À noite pelo reflexo da luz de uma lanterna ou farol, os olhos dos jacarés salpicam as lagoas com centenas de pontos luminosos de cor vermelha.

Apesar da maioria dos fazendeiros respeitar o jacaré, pelo fato dele ser o predador natural da piranhas, milhares ou milhões destes sáurios são abatidos anualmente por caçadores clandestinos conhecidos por "coureiros". As peles são contrabandeadas através do Paraguai e Bolívia. Embora esta atividade tenha diminuído nos últimos anos, a vastidão da área, a fiscalização precária e a sólida organização dos caçadores e comerciantes ilegais, torna difícil coibir a ação das quadrilhas.

É riquíssima a fauna icitiológica dos rios do Pantanal, que estão incluídos entre os mais piscosos do mundo e onde já foram identificadas 263 espécies de peixes.

Entre os caracídeos, peixes de escamas, que possuem orientação visual e têm hábitos diurnos destaca-se o dourado Salminus maxillosus que pode chegar a 30 quilos e é considerado pelos pescadores esportivos como o "rei do rio" devido à valentia que exibe ao ser fisgado, procurando, com grandes saltos fora d'água desvencilhar-se do anzol. Abundantes, são o pacu Piaractus mesopotamicus e o pacupeva Mylossoma orbignyanum, peixes com forma arredondada, que gostam de comer os frutos silvestres das figueiras, ingazeiros ou gameleiras existentes às margens dos rios. Sua carne é muito apreciada pelos pantaneiros. Encontramos ainda, com escamas, a piraputanga Brycon hilarii, a curimbatá Prochilodus lineatus, o piau, a piava e o piavuçu Leporinius spp., e o lambari gêneros Astinanax e Tetragonopterus entre muitos outros. Há alguns anos foi introduzido no Pantanal norte, um peixe originário da bacia amazônica e que não havia no Pantanal, o tucunaré, belo e valente como o dourado, e por isso, muito apreciado pelos aficcionados da pesca esportiva.

Numerosas são as narrativas de naturalistas, pescadores e pantaneiros, relatando acidentes provocados pela piranha, terríveis peixes carnívoros que apresentam ferocidade e voracidade incomuns, com o trabalho sangrento de seus dentes que parecem tenazes e navalhas ao mesmo tempo. Os rios alagados, baías e corixos do Pantanal estão infestados de piranhas, que também são caracídeos e se assemelham aos pacus. Dizem que o caldo de piranha, prato típico da cozinha pantaneira, é afrodisíaco. As espécies mais comuns são a piranha-preta ou piranha-vermelha Pygocentrus piraya que pode atingir 35 cm e na verdade é uma piranha amarela que muda de cor e a piranha-branca Serrassalmus brandti.

Entre os siluriformes, estão as verdadeiras magestades aquáticas do Pantanal. São os chamados peixes de couro, que não possuem escamas e geralmente ostentam barbilhões junto à boca. Têm hábitos noturnos e se orientam principalmente através do olfato e do gosto. Destacam-se o jaú Pauliceia luetkeni que pode pesar mais de 100 quilos e o pintado ou surubim-pintado Pseudoplatistoma coruscans, que possui carne saborosa e pode atingir, em geral, até 25 quilos. Semelhante ao pintado, porém apresentando o corpo com estrias negras em vez de pintas, o cachara ou surubim-cachara Pseudoplatistoma fasciatuin. Ainda entre os siluriformes: o barbado Pinirampus pirinampus, o jurupensen Sorubim lima, o jurupoca Hemísorubim platyrhynchos, o palmito Ageneiosus brevifilis, o lindo bagre ou mandi amarelo Pimelodus clarias e o cascudo Liposarcus anisitsi, com o corpo recoberto de placas ósseas.

De particular interesse são as pirambóias Lepidosiren paradoxa, peixes pulmonados, considerados fósseis vivos, dos quais só existem quatro espécies no mundo, uma na América do Sul. Merecem destaque ainda alguns pequenos peixes apreciados por aquariofilistas como o mato-grosso Hyphessobrycon eques e o tetra-negro Gynmnocorymbus ternetzi.

Na estação chuvosa, as espécies mais procuradas deixam os rios e vão para as áreas inundadas, onde há muito alimento. No final de abril, quando as chuvas se tornam menos freqüentes e as águas começam a baixar, voltam aos rios novamente, sinal evidente de que as chuvas teminaram. Inexplicavalmente, pois a desova só vai ocorrer meses mais tarde, diversas espécies de peixes, reunindo-se em vastos cardumes começam de novo a nadar rio acima. Os cardumes são tão extensos, densos e dramáticos que podem ser ouvidos chapinhando a grandes distâncias. O fenômeno é conhecido no Pantanal como lufada, pois quando aparece um cardume na curva do rio, a água aparece açoitada por um temporal. A superfície fica fervilhando de peixes e milhares de lambaris, curimbatás, piavas, piavuçus, dourados, peixes-cachorros e piraputangas saltam nas águas, irradiando um brilho de ouro e prata nas rápidas trajetórias pelo ar. Não confundir com a piracema, que ocorre na época da reprodução (novembro a fevereiro) quando cardumes sobem os rios, transpondo as corredeiras aos saltos, para desovarem nas águas calmas das cabeceiras.

Na estação das secas os fazendeiros locais costumam atear fogo nas pastagens ressecadas. Quando eclodem as chuvas, as cinzas depositadas sobre a terra são arrastadas para os rios. Essa mistura de cinza e terra é muito rica em soda cáustica e acaba por envenenar cardumes inteiros de peixes em questão de horas. A este fenômeno o pantaneiro dá o nome de dequada.