Na grafia correta da expressão "mal menor" temos mal com L.

MAL é sempre escrito com L quando é um substantivo. E sabemos que em "mal menor" ele é um substantivo porque vem modificado por um adjetivo: menor. O contrário do MAL com L é BEM: fuja do mal; pratique o bem.

Já o MAU com U é um adjetivo, e como tal serve para modificar um substantivo. O contrário do MAU (com U) é BOM. Então se diz: mau humor, porque o contrário é bom humor. Do mesmo modo, fazer um mau negócio, porque o contrário é fazer um bom negócio.

Para evitar erros, também ajuda lembrar que o plural de mau é maus, e o plural de mal é males. Em "mau negócio" sei que se escreve MAU (com U) porque o plural é "maus negócios". Em anjo mau sei que a grafia correta é mau (com U) porque o plural não é "anjos males" mas anjos maus.

Já na frase "desculpe o mal que lhe causei" sei que esse MAL é com L porque no plural ficaria "desculpe os males que lhe causei"; Então, MAL MENOR, porque o plural é MALES MENORES.