La historia del Ki Aikido, esta íntimamente ligada a la del Aikido por el simple hecho de que su fundador, el maestro KOICHI TOHEI, fue alumno directo del fundador del Aikido, MORIHEI UESHIBA, y persigue los mismos objetivos. El Ki Aikido, a pesar de tener una denominación distinta de la original dada por Ueshiba, no es más que la continuación y la evolución del estudio de MORIHEI UESHIBA.
Disertar sobre la historia del Ki Aikido es prácticamente lo mismo que hacerlo sobre la historia de KOICHI TOHEI, por ello a continuación se relatarán los eventos importantes de la vida de Koichi Tohei que le llevaron a la creación de este arte.

    Koichi Tohei nació el 20 de enero de 1920, en la prefectura de Tochigi en Japón. Siendo un niño bastante débil, los padres estaban tan preocupados para su salud que le llevaban frecuentemente al medico. Su padre era 4º dan de Judo y le instó a que practicase el Judo con el fin de fortalecerse. A la edad de 14 años había conseguido el cinturón negro, 1er dan de Judo.

    A los 16 años, se apuntó al programa preparatorio de la universidad Keio Gijuku. Después de lesionarse practicando Judo, enfermó de pleuritis y se vio obligado a dejar los estudios durante un año. Estando enfermo,  durante esta época tubo muchas oportunidades de reflexionar sobre su estado de debilidad. En un esfuerzo de reforzar tanto la mente como el cuerpo y acelerar su recuperación, se lanzó entusiásticamente en la práctica de la meditación Zen y en el método de respiración misogi.
    Estudió Zen bajo la dirección del monje jefe de Daitokuji en Kyoto, Josei Ohta, y misogi bajo la dirección de uno de los alumnos más avanzados de Tesshu Yamaoka, Tetsuju Ougura y su succesor, Tesso Hino. A los 19 años, empezó a entrenarse en el arte marcial del Aikido con Morihei Ueshiba, del que obtuvo al final el más alto grado de cinturón negro, el décimo dan.

    Después de haberse licenciado en la universidad Keio Gijuku, a la edad de 23 años, fue reclutado por el ejercito y enviado a China central como teniente en segunda. Fue en el campo de batalla adonde comprendió por primera vez la diferencia critica entre las artes marciales como deportes y las asombrosas incertidumbres de la guerra moderna. Mientras en los deportes uno raramente arriesga su vida o partes de su cuerpo, en la guerra el más mínimo error puede resultar fatal. Fue gracias a esa experiencia que aprendió como calmar la mente en situaciones de grande tensión.

    Al regresar de la guerra, volvió a las practicas del Zen y misogi, en un esfuerzo de aplicar su experiencia y sus intuiciones al arte del Aikido. Entre 1953 y 1979 viajo 22 veces a Estados Unidos, empezando en Hawaii y gradualmente expandiéndose en 20 estados para enseñar los principios y las técnicas del Aikido. El 16 de Septiembre de 1971, formó la KI SOCIETY INTERNATIONAL (Sociedad Internacional del Ki), para enseñar los principios del Ki y la Unificación de Mente y Cuerpo. En 1974, formó el  Shin Shin Toitsu Aikido Kai, para la enseñanza del Aikido con Ki. Notó que al mejorar la situación económica de la gente y al disponer de más tiempo libre, irónicamente se volvían más susceptibles de contraer enfermedades. En un esfuerzo de ayudar a la gente a reforzar la mente y el cuerpo estimulando su fuerza vital original (KI), en 1980 creó la escuela para le enseñanza de la terapia KIATSU. Para difundir aún más los principios del Ki en el mundo y ayudar a la gente en superar dificultades y llevar una vida más positiva, en 1981 creó el Ki no Genri Jissenkai, una organización dedicada a la aplicación de los principios del Ki en la vida cotidiana. En 1983, estableció la Escuela para Profesores de Aikido al Ki Society Headquarters, para entrenar a los profesores que ayudarían a enseñar los principios del Ki en todo el mundo.
    En Octubre de 1990, Koichi Tohei estableció un nuevo campus, el Ki Society World Headquarters, cerca de la ciudad de Utsunomia en la prefectura de Tochigi, al norte de Tokyo. La Ki Society usa este centro para difundir la enseñanza del maestro Tohei en el mundo.

    Gracias a la incasable actividad del maestro Kenjiro Yoshigasaki (en la actualidad 8º Dan), elegido por Koichi Tohei como responsable de la difusión del Ki Aikido, de los principios del Ki y del Kiatsu en Europa, en casi todos los países europeos existen ahora dojos donde se practican  estas disciplinas. El maestro Yoshigasaki, viviendo actualmente en Bélgica, visita periódicamente los dojos europeos con tal de mantener la práctica y la enseñanza al máximo nivel. El maestro Yoshigasaki, visita actualmente España dos veces al año.
Desde hace unos pocos años, también visita algunos países sudamericanos (Argentina y Brasil) y Sudafrica.