El juego comienza cuando Link va cabalgando por ahí cuando ve la nesecidad de detenerse, ahí ve un castillo el cual entra por curiosidad, dentro se encuentra con la sagrada trifuerza, lo cual hace que lo teletransporte a otro lugar.

Link al despertar camina un poco y se encuentra con Impa, quien le pide ayuda, de pronto escuchó una canción que provenía de un lugar cercano, al llegar ahí ve a una bella chica de nombre Nayru rodeada de animales y con un amigo llamado Ralph. De pronto sale de Impa una sombra que la controlaba, esta toma forma y se presenta con el nombre de Beran "la sacerdotista de la oscuridad" lo cual rapta a Nayru.

Ahora la misión de Link es salvar a Nayru de Beran, ¿que ocurrirá en esta aventura?