Entre la familia real se contaba la historia de un muchacho que salvó la tierra de Hyrule en un futuro, y regresó al pasado a seguir con su vida, pero se cuenta que ese niño partió a un viaje secreto en busca de un amigo (lo que deducen que es Navi), y en su viaje se encuentra con un extraño skull kid que lleva puesta una máscara muy rara, la máscara de Majora.

Este extraño ser, condujo a Link a un mundo paralelo a Hyrule, llamado Termina, donde lo convirtió en un Deku por pura diversión, pero en sus carcajadas, el skull kid se retira, pero una de sus hadas, "Tatl" se queda a burlarse un poco más de Link, en consecuencia se queda atrapada junco con el, lo cual pide ayuda a nuestro héroe para llegar con su hermana Tael, Link y Tatl siguen a este ser cuando de pronto entran a Clock town, el lugar central de Termina.

La tierra de Termina se encuentra amenazada de un grave problema, dentro de 72 horas, la luna caerá sobre este lugar, así que Link con ayuda de su nueva compañera y la melodía del tiempo, deberá retroceder los tres días a su antojo para tomar las cuatro máscaras de los puntos de Termina, y ahora, Link tendrá la habilidad de transformarse en Deku, Zora y Goron para apoyarse en su misión. Pero jamás se supo nada de nuestro héroe, quizá quedó atrapado por siempre en Termina, o jamás pudo llegar a Hyrule.