La historia comienza sobre la narración de como tres diosas: Din, Nayru y Farore, crearon la tierra, el conocimiento y la vida, y como símbolo de su fuerza dejaron un objeto inanimado capáz de conseder cualquier deseo, llamado "la trifuerza" que otorgaba tres títulos: fuerza, coreje y sabiduría. El juego comienza cuando un pequeño niño llamado Link, tiene muchos sueños raros en donde ve a una princesa escapando a caballo de un terrible enemigo.

En ese momento, el árbol Deku, que es la fuente principal de el bosque Kokiri, le manda a decir a el hada "Navi" que en el bosque buscara a un niño que salvaría tal situación, es ahí donde se refieren a Link, entonces Navi vuela hasta su hogar, y cuando lo despierta le comenta que debe ir con el álbol Deku, Link, al ser molestado por los demás niños de Kokiri por no tener un hada guardiana, ahora tenía una gran misión, al momento de ir con el árbol Deku, este le explica todo lo cual nuestro héroe debe de ir con la princesa de la familia real, al morir, Link va corriendo para ir a su misión, cuando su amiga "Saria" lo detiene a otorgarle la ocarina de las hadas, al salir por primera vez del bosque va a un gran mundo "Hyrule".

Cuando llega al castillo con la princesa, ella... deslumbrada al ver su atuendo verde, sabe bien que el tiene una de las tres piedras para abrir la puerta del tiempo, lo cual esa princesita llamada "Zelda", le cuenta sobre la creación de Hyrule, y que en el reino hay un gerudo al que no le tiene mucha confianza llamado "Ganondorf". Lnk al verlo recuerda su sueño y le ayuda a Zelda, ahora el va en la búsqueda de las dos piedras restantes. Y en su búsqueda Link hace muchos amigos lo cual serán de mucha ayuda. Cuando recolecta las piedras decide ir al castillo, pero ve como su sueño se hace realidad, Zelda huyendo de Ganondorf, pero ella lanza un objeto muy particular, ahí Ganondorf le pregunta sobre Zelda, pero Link se reusa a contestar, cuando ve que se va toma el objeto de Zelda, y es nada menos que: LA OCARINA DEL TIEMPO, entonces va al templo del tiempo colocando las tres piedras y tocando la canción del tiempo. Así se abre la puerta del tiempo y se decide a sacar la espada maestra del pedestal.

Pero en ese momento, Ganondorf se apodera de la trifuerza del poder, pues en ese pequeño instante para Link... para los demás habían pasado siete años, cuando despierta se encuentra con uno de los seis sabios Rauru, que le comenta sobra la actual situación, y ahora su misión es encontrar a los cinco sabios y a la princesa Zelda, cuando el regresa al templo del tiempo, se encuentra con un extraño personaje que se hace llamar Sheik, que guía a Link en su aventura por los templos de Hyrule, pero cuando éste se revela ante Link, resulta que es nada menos que Zelda, la princesa de Hyrule, y al traicionar "según" a Ganondorf, este la secuestra, y la última misión de Link es salvar a Zelda. Para ello va a la torre de Ganon, para enfrentar su último desafío...