La historia se remonta después de "a link to the past" donde nuestro héroe Link, ya después de haber derrotado a Ganon, según el pueblo de Hyrule sospechaba de el regreso de el perverso Ganon, pero nuestro héroe bien alerta decidió viajar fuera de Hyrule para encontrar más sabiduría y tener sus propósitos bien firmes, pero pasaron muchos meses en el recorrido, Link estaba en alta mar buscando tierra firme, pero un día un relámpago redujo su nave en pequeños trosos.

Link quedó inconciente hasta que escuchó una voz suave que hacia que recordara su hogar, ¿Era la voz de la princesa Zelda?, ¡usted va a estar bien! se oía esa voz de nuevo!

Entonces Link abrió los ojos para ver a Zelda, pero resultó ser una mujer llamada Marín. Ella explicó todo el suceso, lo que había pasado con el, y que se encontraba en la isla de Koholint, conocida por tener un huevo gigantesco en la montaña central, se decía que dentro de ese huevo descansaba un ser mítico, el pez del viento.

Link entonces se levantó a buscar su espada, ya encontrada aparece un búho muy raro y de repende le dice:

"despierta el pez del viento y todas sus preguntas se contestarán".

Es aquí cuando nuestro héroe se encuentra en una nueva aventura, despertar al pez del viento para volver a su hogas, la tierra de Hyrule, ¿o no?.