La Cofradía se funda canónicamente en el año 1947, aglutinando a los fieles de una Parroquia muy diversificada, y bajo la advocación de una imagen por la que los bilbainos tenían mucha devoción: El Cristo de Medinaceli. La imagen procesiona desde 1948 y desde el año 1952 recorre especialmente las calles de Las Cortes y San Francisco.

Ademas del paso del Nazareno esta cofradía tambien porta el paso de "los azotes" cuya propietaria es la cofradía de la Vera Cruz. esta cofradía tiene su sede en la parroquia de San Francisco de Asis tambien conocida como la quinta parroquia.