La Hermandad Penitencial de Nuestra Señora de Begoña fue erigida canónicamente el 3 de Diciembre de 1947, En esta primera etapa se distinguió por la organización en la madrugada del Viernes Santo de la Procesión del Silencio. En 1975, y en un momento de fuerte decadencia de los desfiles procesionales bilbaínos, esta Cofradía Penitencial suspende sus actividades.

En 1995 se reinstaura, con el empuje de una veintena de cofrades, actualizando sus estatutos al Código Canónico vigente. Es la encargada de organizar la Procesión de Nuestra Señora de la Caridad por las calles del barrio de Begoña y que tiene lugar el Domingo de Ramos por la tarde.