E com a falecimento de Pereira Guimarães, o senado da câmara de Natal, assumiu o governo que em 3 de Abril de 1679 o transmitiu a Geraldo de Suny que foi nomeado como capitão-mor interino pelo Governador Geral Roque da Costa Barreto, e que durante o governo, Francisco de Almeida Vena, donatário de uma sesmaria nas costas de Touros, e que administrava uma aldeia indígena, procurou impedir que os colonos utilizassem o sal extraídos das salinas e que pescassem livremente nos rios da região, e por conta disto o senado da câmara em 20 de Novembro de 1680 deliberou representar ao governador geral contra a proibição e pediu a revogação da concessão a ele concedida. Geraldo de Suny exerceu as suas funções até 3 de Setembro de 1681 quando entrou de licença de seu cargo, devido a uma moléstia adquirida, e por isto seguiu-se a interinidade de pouca duração do senado da câmara pelos seus oficiais Antônio Gonçalves Ferreira e Francisco Ferreira Coelho até a chegada de Antônio da Silva Barbosa nomeado pelo Governador Geral Roque da Costa Barreto para exercer o seu cargo por um período de pouco mais de sete meses, que durante o qual proveu Roque Nogueira de Souza ao posto de capitão de infantaria na ribeira do Ceará-mirim e Estêvão Velho de Moura na ribeira do Açu, que com seus intensos trabalhos conseguiram efetuar as pazes com os gentios naquelas paragens sertanejas, e que em 22 de Novembro após requererem ao capitão-mor da capital, obtiveram uma data de sesmarias, consoante aos limites da patente de Estêvão Velho, a qual foi confirmada em Fevereiro de 1682 pelo Governador Geral do Brasil Roque da Costa Barreto. A partir de 25 de Maio de 1682 chegou Manuel Muniz para substitui-lo após ser nomeado por patente do rei, e que ao tomar posse, de imediato prestou preciosas informações ao monarca sobre as condições em que se encontrava a capitania ao constatar a falta de guarnição suficiente para o Forte dos Reis Magos onde também faltava material de guerra, e os quartéis estavam arruinados e que os colonos moravam uns distantes dos outros, disseminados pelos sertões.

Somando a isto, as dificuldades se agravaram quando o seu sucessor Pascoal Gonçalves de Carvalho assumiu a administração em 30 de Agosto de 1685 após ser nomeado por patente real, e que a par do desenvolvimento da indústria pastoril que era a causa ocasional do definitivo povoamento dos sertões, se deparou com o fato de que durante a ocupação holandesa Antônio Paraupaba que era parente próximo de Camarão e que vivia na aldeia de Orange situada a poucas léguas da cidade de Natal, entre as ribeiras de Potengi e Jundiaí, e que após a expulsão dos invasores holandeses, em cujas mãos tinha sido instrumento passivo, retirou-se para os sertões do Ibiapaba com mais de quatro mil dos seus, de onde periodicamente descia em companhia de hordas selvagens que habitavam aquela região para atacar os estabelecimentos portugueses e perturbar a obra de reconstrução colonial, em represaria aos massacres executados pelos portugueses contra os indígenas, trazendo com isto grandes desordens a capitania que tão bem conhecia. Nesta época aconteceu que os potiguares que tinham servido ao exército libertador, esgotaram as suas autoridades para jugular a rebelião perante aos chefes de maior evidencia entre os Janduis, Caracarás, Aréas, Pegas, Paiacus, Canindés e dos Caicós, e com isto aconteceu a sublevação geral dos índios quando os potiguares que se concentravam nas várzeas próximas ao litoral e as demais tribos que dominavam as terras banhadas pelos rios Apodi, Upanema, Serido, Espinhas e o alto e baixo Piranhas atacaram e se apoderaram e colocaram tudo em desordem com suas crueldades empregadas nas ribeiras do Ceará-mirim, Apodi e do sertão do Açu. Estando o forte dos Reis Magos sem guarnição disponível e não dispondo de recursos necessários para acudir aos pontos atacados, o senado da câmara de Natal se viu obrigado a solicitar ao Capitão-general de Pernambuco João da Cunha Souto Maior que enviasse com brevidade os socorros necessários a capitania, diante a rebelião dos índios que já haviam matado muitos moradores, destruído plantações e incendiado muitas casas, e com o passar dos dias, o mesmo pedido foi expedido a capitania da Paraíba, e no exato momento em que o Governador Geral Matias da Cunha tomou conhecimento dos fatos no dia 6 de Setembro, imediatamente determinou que o Coronel Antônio de Albuquerque  Câmara reunisse todo o pessoal disponível das ordenanças e seguisse sem demora para se juntar as forças de Pernambuco e da Paraíba para combater as tribos sublevadas nas regiões de Arraial de Baixo até as praias de Manuel do Prado Leão, onde o Capitão de Infantaria Manuel Rodrigues Santiago se encontrava para garantir a situação de seus moradores. Diante o estado em que se encontrava a capitania, e devido a demora da chegada dos socorros solicitado, o senado da câmara de Natal resolveu enviar à Bahia um de seus oficiais.

As quais ficariam subordinadas ao Capitão-mor do Rio Grande do Norte, que em 18 de Janeiro de 1688 para conter o abandono da capitania por parte dos colonos baixou um edital, para que fossem denunciados todos aqueles traidores da causa que se ausentasse da jurisdição da capitania, que teriam como castigo, as suas terras confiscadas para cobrir as despesas da guerra, e alguns dias depois lançou um bando declarando que seriam perdoados de seus crimes todos aqueles que acudissem ao combate contra os índios, no exato momento em que o governador geral mandou seguir para o Rio Grande do Norte o Capitão-mor Manuel de Abreu Soares junto com alguns infantes da praça de Olinda, e que o Capitão-mor da Paraíba enviasse o Capitão-mor dos índios com seus homens e alguns negros africanos, e deslocou o Governador das Armas Paulista Domingos Jorge Velho que se encontrava nas margens do Rio São Francisco com destino aos palmares, enquanto o capitão general de Pernambuco providenciou que Jorge Luís Soares se deslocasse da Paraíba com seus índios e negros africanos diretamente para Açu, onde estava estabelecida a base de operações.

Antônio de Albuquerque Câmara que desde o começo da luta combatia os índios revoltados, subiu até as cabeceiras do rio Piranhas, onde se juntaria ao Sargento-mor Manuel Silverio que se encontrava em uma casa forte em Cuó, onde foi violentamente atacado, cujo combate lhe deixou muito dos seus feridos e outros mortos, e que por este motivo não pode se deslocar em auxilio a Antônio de Albuquerque Câmara. O governador geral ao ser informado do que sucedera, de imediato publicou um bando convidando e perdoados de seus crimes, todos os fugitivos, degredados e criminosos, tanto da capitania do Rio Grande do Norte como de outras capitanias, para se incorporarem às forças do Coronel Antônio de Albuquerque no acampamento de Açu, e por conta disto em principio do ano de 1688 mais de seiscentos homens seguiram para o sertão para se juntar as forças regulares na luta contra os índios revoltosos.

No momento em que Agostinho Cesar de Andrade, valente e brioso militar era retirado do comando da fortaleza das cincos pontes, no Recife para substituir Pascoal Gonçalves no governo da capitania do Rio Grande do Norte, que entre sustos e apreensões, levou as forças expedicionárias em numerosas e aguerridas perseguições sem trégua aos índios revoltados que opunham forte resistência, e por conta disto o senado da câmara em 2 de Julho de 1688 enviou a Lisboa o Capitão Gonçalo da Costa Faleiro como procurador da capitania com um memorial relatando a real situação em que se encontrava a capitania devido aos ataques efetuados pelos índios. Incontestáveis foram os esforços desprendidos pelo Capitão-mor Agostinho Cesar para vencer de todo a revolta; mas é também fato que o não conseguiu vencer, porém em virtude do agravamento da situação em 22 de Agosto de 1692, Sebastião Pimenta assumiu o governo da capitania, e seis dias após o senado da câmara dirigiu-se ao rei de Portugal um pedido de enviou de recursos para que fossem fundados quatros arraias nas localidades de Jaguaribe, Açu, Acauã e Curimatáu que seriam mantido e sustentados pelas gentes de Arco Verde e Camarão para povoamento do sertão em defesa da capitania, e durante o seu curto governo e a administração interina do senado da câmara, que se lhe seguiu, a situação permaneceu inalterável, levando com isto, que o governador geral determinasse em 6 de Julho de 1694 a volta de Agostinho Cesar de Andrade a capitania do Rio Grande do Norte no posto de capitão-mor, que em cumprimento as recomendações recebidas da metrópole colocou em pratica duas providências de indiscutível alcance, que foram as doações das terras fronteiras às regiões ocupadas pelos índios a pessoas que as pudessem povoar e cultivar as terras e que fundasse seis aldeias com guarnições militar em Açu, Piranhas e Jaguaribe, e para às medidas a serem adotadas pelo Capitão-mor Agostinho Cesar de Andrade o senado da câmara ponderou contrariamente pela sua execução, pelo fato de que as terras da capitania já estavam doadas e por isto  julgaram inoportuno o afastamento dos moradores da cidade para os arraias a serem fundado, pelo fato do enfraquecimento da defesa da cidade, porém Agostinho Cesar resolveu que as terras a serem doadas seriam as mesmas já concedidas por sesmarias anterior, desde que ainda estivessem desabitadas e devolutas, e ponderou pela necessidade de obter à paz com os índios sem utilizar as batalhas sangrentas que vinham sendo realizadas continuamente de modo cruel, e para sua realização teria que vencer as fortes resistência das opiniões dominantes entre os colonos, das pessoas de relativas cultura as quais queriam que os índios fossem aniquilados por completo.

E dentro deste clima hostil, fracassaram os melhores propósitos de Agostinho Cesar de Andrade que, em obediência a ordens superiores ou por orientação própria, desejou sinceramente restabelecer a paz na capitania, porém esta glória estava reservada ao seu sucessor, Bernardo Vieira de Melo,  administrador hábil e capaz, que para alcançá-la, julgou imprescindível a sua ida até a localidade de Açu, onde no dia 24 de Abril de 1696 fundou um aldeamento que recebeu o nome de Nossa Senhora dos Prazeres, o qual assegurou com prudência e tato a consolidação permanente da obra de concórdia a qual assegurou o convívio pacifico entre colonos e indígenas, por isto o governo de Bernardo Vieira de Melo se tornou um sucesso completo com grande espirito de justiça e paz, e quando do termino de seu governo que tanto ilustrara, o senado da câmara ao interpretar os sentimentos do povo, solicitou ao governo de Lisboa que reconduzissem de volta ao posto o Capitão-mor Bernardo Vieira de Melo. E por intermédio da carta régia do dia 18 de Novembro de 1697 o rei de portugal observando os feitos exercidos pelo Capitão-mor com muito zelo e disposição ao reduzir todo o gentio a uma universal paz em todo o sertão da capitania do Rio Grande do Norte onde a população vivia em sossego e desejosa pela sua continuação no exercicio de seu trabalho por outros três anos, atendeu ao pedido a ele formulado pelo senado da câmara. Os atos praticados por Vieira de Melo, durante o seu segundo governo não desmentiram os do primeiro, pois a partir deste momento e que se acentuaram os grandes surtos da colonização, que atingiria no século seguinte o seu máximo de intensidade em consequência da exploração agricola nas zonas proximas ao litoral, do encontro das duas correntes que, em entradas e bandeiras se tinham encaminhado para o interior da capitania e, o progressivo desenvolvimento da industria pastorial que formalizou a sua cultura e o seu nível moral.