As Miss�es e a Catequese procuraram  reconquistar pelas armas os territ�rios protestantes; onde a vit�ria militar lhe permitia, e em converter as massas protestantes visando a reconquista das almas onde a situa��o pol�tica o permitiam, e para isto a Igreja romana empregou os m�todos mais diversos para tal, pois multiplicou as dioceses, construiu ou reconstruiu igrejas, sobretudo criou semin�rios, universidades e col�gios, utilizando o fan�tico devotamente das ordens religiosas, e foram os jesu�tas e os capuchinhos os agentes por excel�ncia dessa reconquista, e a esse movimento ligou-se os prop�sitos confessionais das ordens religiosas que se dirigiam �s terras descobertas   impregnadas de ambi��es pol�ticas, que em nome de inten��es piedosas compunha-se a luta pela restaura��o do poder pol�tico da Igreja de Roma, abalado pela Reforma, e trazer os povos das novas terras para o seio da Igreja Cat�lica, e impedir nelas a penetra��o das seitas "her�ticas", dando-lhes combate e lan�ando as bases da Igreja romana; e mantendo a vigil�ncia sobre os colonos de forma a que n�o se desgarrassem dos preceitos cat�licos,  particularmente � Campanha de Jesus por intermedio dos jesu�tas visaram realizar aqueles objetivos pol�tico-religiosos onde tinham grandes interesses pela convers�o das almas e pela utiliza��o econ�mica daquela m�o-de-obra dispon�vel; ao passo que aos colonos n�o interessava mais que a explora��o da for�a de trabalho ind�gena, sem que se interpusesse a isso o empecilho da catequiza��o. As miss�es geralmente acompanhavam as migra��es dos ind�genas para o sert�o na medida que estes fugiam dos principais centros de coloniza��o, ao tentar escapar da escraviza��o a que os colonos os submetiam, e cabia � Companhia de Jesus na col�nia as visita��es para vigil�ncia sobre seus habitantes, de forma a mant�-los dentro dos estritos preceitos da religi�o cat�lica, e para controlar os seus modos de vida e suas cren�as, e para combater as pr�ticas pecaminosas que eram a penetra��o das seitas her�ticas, e no final do s�culo XVI os jesu�tas se ressentiam da liberalidade dos costumes demonstrada pelos colonos, que respiravam com al�vio, uma vez longe da Inquisi��o, de seus atos de f� e queimadeiros, e a presen�a estrangeira no Brasil de protestantes, como ingleses, holandeses e franceses, e mais concretamente, a tentativa de Villegaignon de fundar uma col�nia no Rio de Janeiro com franceses calvinistas , tornava real a amea�a ao monolitismo cat�lico que se pretendia assegurar na terra. e tais fatos levavam os inacianos a reclamar com insist�ncia, junto � Companhia, a vinda de um Visitador do Santo Of�cio que cuidasse da grave situa��o, por�m no Brasil n�o se chegou � funda��o de tribunais inquisitoriais permanentes. A Coroa apenas se limitou em enviar alguns comiss�rios especiais para a realiza��o de processos por causa de f�, e estes funcion�rios viajavam para os lugares onde eram exigidos e eram conhecidos como Visitadores, e uma primeira visita��o realizada na col�nia, foi realizada por Heitor Furtado de Mendon�a, que chegou aqui em meados de 1591, e que durante quatro anos percorreu as Capitanias da Bahia e Pernambuco, cumprindo sua miss�o com tal exagero e prepot�ncia que coube ao pr�prio Inquisidor-Geral e ao Conselho do Santo Of�cio reprimir-lhe os excessos impondo modera��o ao fan�tico Visitador.
O Ensino Jesu�tico cujo padr�o para o ensino jesu�tico em Portugal e nas terras descobertas na Am�rica,  foi dado pelo Real Col�gio das Artes de Coimbra, cuja dire��o fora concedida � Companhia de Jesus em 1555, que eram subsidiados pela Coroa, a t�tulo de "miss�es" um dos mais altos estabelecimentos de ensino n�o superior do reino. e onde quer que fossem, os inacianos ministravam aulas, de catequese, de ler, de escrever e de gram�tica, em locais nos quais chamavam de casas,que recebiam subven��es e concess�es da Coroa e ainda esmolas do povo, por isso, em pouco tempo criaram uma s�lida base econ�mica para seu sustento, com fazendas, engenhos e currais, e para atender �s suas necessidades os Jesu�tas tinham sempre em seus quadros uma grande quantidade de excelentes profissionais, mestres de obras, arquitetos, engenheiros, pedreiros, entalhadores, oleiros, ferreiros, ourives, marceneiros, etc. E dispunham ainda de grandes escritores, m�sicos, pintores, escultores, e nove anos depois de fundada a Companhia de Jesus, chegava ao Brasil em Mar�o de 1549 com o primeiro contingente de Jesu�tas, formado pelos padres Manuel da N�brega, Leonardo Nunes, Jo�o de Azpilcueta Navarro, Ant�nio Pires e mais os irm�os Vicente Rodrigues e Diogo J�come, que acompanhando Tom� de Sousa, primeiro Governador Geral do Brasil, que aportaram na Bahia, onde se fundaria a nova cidade, chamada do Salvador...  e fundaram a Prov�ncia do Brasil da Companhia de Jesus, que passou a ser a sede e cabe�a da Ordem Inaciana na Am�rica Portuguesa e perto da C�mara Municipal  os padres da Companhia escolheram um lugar para construir seu col�gio, em um terreiro, que por causa deles, passou a ser chamado de Terreiro de Jesus, nome que at� hoje conserva e que passou a ser o ponto central da antiga cidade e fundaram uma igreja de taipa coberta de palha que dedicaram a Nossa Senhora da Ajuda, al�m de outras prec�rias instala��es iniciais, as quais foram sucessivamente sendo reconstru�das e ampliadas, esta igreja, a primeira dos Jesu�tas no Brasil, foi cedida posteriormente ao clero secular. A igreja atual foi constru�da no mesmo local, em 1914 e nela esta o p�lpito onde o Padre Ant�nio Vieira pregou o famoso Serm�o contra a Holanda.  Finalmente em 1572, o ent�o Governador Geral , Mem de S� , inaugurou a igreja, de pedra e cal, que foi conclu�da em 1585.

O objetivo dos Jesu�tas no Brasil era a catequese de adultos e atrav�s da educa��o, a catequese das crian�as e jovens, e no primeiro s�culo de coloniza��o apenas tr�s col�gios foram criados no Brasil que foram o col�gio da Bahia, que dispunha de uma not�vel biblioteca, que mesmo tendo sido desfalcada pelos holandeses, no final do s�culo XVII contava com cerca de 3000 livros o col�gio do Rio de Janeiro e o de Pernambuco, nos col�gios, al�m das depend�ncias internas de uso privativo possuiam celas, cozinha, copa, refeit�rio, oficinas tamb�m havia horta e pomar, e ainda farm�cia (botica), biblioteca e enfermaria, que atendiam tamb�m ao p�blico externo, os col�gios da Companhia transmitiam uma cultura human�stica de car�ter acentuadamente ret�rico, que, se de um lado atendia aos interesses da Igreja, atendia tamb�m, �s exig�ncias do patriarcado de cana de a��car, assim, os mais importantes intelectuais da Col�nia estudaram nestes col�gios como Bento Teixeira, Frei Vicente do Salvador, Greg�rio de Matos Guerra, Bas�lio da Gama, Alvarenga Peixoto e outros mais, e a grande import�ncia que a Companhia de Jesus dava para a cultura colonial foi a causa da funda��o dos col�gios de S�o Vicente, por Leonardo Nunes, e o de Salvador, por N�brega. Logo, acompanhando a expans�o dos trabalhos de catequese entre 1548 e 1604 quando cerca de 28 expedi��es de mission�rios foram enviadas � col�nia, uma vasta rede de col�gios espraiou-se pelo nosso litoral: S�o Paulo (1554), Rio de Janeiro (1568), Olinda (1576), Ilh�us (1604), Recife (1655), S�o Lu�s, Para�ba, Santos, Bel�m, Alc�ntara (1716), Vigia (1731), Paranagu� (1738), Desterro (1750), "Nas aldeias, vilas e cidades, as escolas intitulavam-se 'de ler, escrever, e contar'; e nos col�gios, o mestre ora se chamava 'Alphabetarius' (1615), ora 'Ludi-Magister' (mestre-escola), e umas vezes se dizia 'Escola de Rudimentos', outras 'Escola Elementar', estava aberta durante cinco horas di�rias, repartidas em duas partes iguais, metade de manh�, metade de tarde."
A organiza��o do ensino jesu�tico baseava-se no Ratio Studiorum, que, ao mesmo tempo em que era um estatuto e o nome de seu sistema de ensino, estabelecia o curr�culo, a orienta��o e a administra��o. O curr�culo dividia-se em duas se��es distintas (inferiores e superiores), chamadas classes, de onde derivou a denomina��o "cl�ssico" a tudo o que dissesse respeito � cultura de autores greco-latinos. As classes inferiores, com dura��o de 6 anos, compunham-se de Ret�rica, Humanidades, Gram�tica. J� as superiores, com dura��o de 3 anos, compreendiam os estudos gerais de Filosofia, para a �poca, abrangendo L�gica, Moral, F�sica, Metaf�sica e Matem�tica. Tanto num grau como no outro todo estudo era vazado no Latim e Grego e no Vern�culo. O ensino jesu�tico, tanto em Portugal quanto no Brasil, era p�blico e gratuito.

A Companhia tinha mesmo como dever o cumprimento do voto de pobreza, que foi reafirmado por uma determina��o oficial de 1556, proibindo aos padres acrescentar qualquer forma de poder material ao religioso. No Brasil, por�m, dado n�o haver um amparo direto da Coroa, como acontecia em Portugal, imp�s-se a necessidade de encontrar fontes de recursos para a manuten��o de suas institui��es. J� o Padre Manuel da N�brega utilizara-se deste pretexto perante o delegado da Companhia no Brasil, Lu�s da Gr�, a fim de permitir o estabelecimento de propriedades territoriais, inclusive com a utiliza��o do bra�o escravo, em contradi��o com o voto de pobreza. Isso n�o se restringiu � Companhia de Jesus; o interesse pela propriedade, escravos e bens materiais foi comum �s outras ordens religiosas que para c� vieram. tal fato n�o deixou de preocupar a Coroa, e neste sentido foi que D. Sebasti�o, a fim de melhorar a situa��o, instituiu, em 1564, uma taxa especial para a Companhia, a red�zima, descontada sobre todos os d�zimos e direitos da Coroa. Mesmo assim, isso n�o era suficiente para arcar com as despesas, sustentadas, sem d�vida, atrav�s das fontes pr�prias de subsist�ncia: as miss�es, verdadeiras empresas agro-extrativas da Companhia, os col�gios ou suas pr�prias propriedades particulares,   e menos de cinq�enta anos depois da chegada ao Brasil os jesuitas j� haviam se espalhado pelo litoral, de norte a sul, com muitas incurs�es, n�o ficavam apenas nas cidades ou vilas principais, ao contr�rio, embrenhavam-se pelos sert�es, desbravando os matos em busca dos �ndios, que eram ent�o reunidos em aldeias de tr�s tipos: as dos Col�gios, as de El-Rei e as de Reparti��o, as quais forneciam �ndios para a pr�pria Companhia, para o Rei e para particulares, respectivamente. Havia tamb�m as Miss�es, ou grandes aldeamentos, situadas em terras mais distantes, nos "sert�es, nas brenhas e nas selvas". de onde sa�ram as levas de soldados para seus ex�rcitos e ap�s duzentos e dez anos no Brasil e ao longo deste per�odo expandiram seus estabelecimentos e seus trabalhos desde o Amazonas at� aos limites extremos do sul do Brasil quando acabaram sendo banidos dos territ�rios portugueses em 1759.

Do ponto de vista arquitet�nico, as principais cidades coloniais brasileiras os religioso estabeleceram suas igrejas, conventos, mosteiros e col�gios que ocuparam o lugar de maior destaque, e suas obras entre todas, s�o as mais significativas nos n�cleos primitivos das cidades. e no contexto urbano da Cidade de Salvador, o conjunto arquitet�nico dos estabelecimentos da Companhia de Jesus - Igreja, Col�gio e Convento - imp�e-se e ultrapassa as dimens�es das demais constru��es religiosas, quer dos Franciscanos, dos Carmelitas ou dos Beneditinos, e por sua grandeza, hoje a antiga Igreja dos Jesu�tas � a Catedral Bas�lica da Cidade do Salvador, e o antigo col�gio e a maior parte das depend�ncias restantes das antigas constru��es inacianas abrigam museus e est�o sob a guarda da Universidade Federal da Bahia. e por meio dessas imponentes express�es arquitet�nicas, e tamb�m atrav�s das casas, das aldeias e das miss�es jesu�ticas, irradiava-se toda a vida cultural da col�nia, e foi a ideologia dos inacianos a respons�vel, de maneira absolutamente marcante, pela forma��o e produ��o intelectual do Brasil nos primeiros s�culos, quer na literatura, na poesia, na escultura, na arquitetura, no teatro quer na m�sica.