การศึกษาคุณภาพน้ำโดยใช้จำนวนและชนิดของโปรโตซัวและแพลงก์ตอนพืชเป็นดัชนีบ่งชี้คุณภาพน้ำร่วมกับปัจจัยทางกายภาพและทางเคมีบางประการในคลองแม่ข่า ( บริเวณโรงเรียนโปลิเทคนิคลานนา ) , สระน้ำวัดอุโมงค์ , คูเมือง ( บริเวณแจ่งศรีภูมิ ) และบ่อปุ๊ ( ตำบลดอนแก้ว อำเภอแม่ริม ) พบโปรโตซัว 21 species พบแพลงก์ตอนพืช 62 species ใน 6 divisions แพลงก์ตอนพืชที่พบมากที่สุดคือ Cyanophyta Division กล่าวคือ 1. จากการทดลองคุณภาพน้ำในคลองแม่ข่ทางด้านกายภาพและเคมีเป็นน้ำเสีย และจากการศึกษาทางชีวภาพ โปรโตซัวที่พบ คือ Paramecium multimicronucleaton , Arcella dentata , Arcella vulgaris แพลงก์ตอนพืชที่พบคือ Nitzschia sp. เป็น dominant species และเป็นตัวบ่งชี้ว่าเป็นน้ำเสีย 2. จากการทดลองคุณภาพน้ำในสระน้ำวัดอุโมงค์ ทางด้านกายภาพ และเคมีเป็นน้ำเสีย และจากการศึกษาทางชีวภาพ โปรโตซัวที่พบ คือ Aspidisca lynceus และ Coleps elongatus แพลงก์ตอนพืชที่พบคือ Cylindrospermopsis raciborskii เป็น dominant species และเป็นตัวบ่งชี้ว่าเป็นน้ำเสีย 3. จากการทดลองคุณภาพน้ำในคูเมือง ( บริเวณแจ่งศรีภูมิ) ทางด้านกายภาพและเคมีเป็นน้ำเสีย และจากการศึกษาทางชีวภาพ โปรโตซัวที่พบ คือ Crytoglena pigra แพลงก์ตอนพืชที่พบคือ Merismopedia tennuissima เป็น dominant species และเป็นตัวบ่งชี้ว่าเป็นน้ำเสีย 4. จากการทดลองคุณภาพน้ำในบ่อปุ๊ ( ตำบลดอนแก้ว อำเภอแม่ริม ) ทางด้านกายภาพและเคมีเป็นน้ำดี และจากการศึกษาทางชีวภาพ โปรโตซัวที่พบ คือ Urocentum turbo แพลงก์ตอนพืชที่พบคือ Euastrum sinusum ในจำนวนน้อยมาก ซึ่งสามารถบอกได้ว่าเป็นน้ำดี