Página personal Diego Mauricio Riaño Pachón

Bioinformática

La bioinformática es una disciplina que ha ganado mucho prestigio en los últimos 10 o 15 años, pero la cual nació mucho antes, tal vez con los primeros problemas de manejo computacional de datos para realizar clasificaciones en la década de 1950.
¿Pero que es la bioinformática?. En realidad existen muchas definiciones y muchas discusiones alrededor de ellas. No presentaré una defnición formal, sino una que me gusta y con la cual me identifico.

Bioinformática es una disciplina que surge de la interacción de muchas otras: matemáticas, ciencias de la computación, estadística, fisica y por supuesto biología. Y surge principalmente por la necesidad de manejar eficientemente grandes cantidades de datos en los cuales extraer información podía representar un problema y por la necesidad de diseñar experimentos mas eficientes en cuanto al manejo y extracción de información se refiere.

Hoy en día la bioinformática facilita la búsqueda de patrones en secuencias de aminoácidos o proteínas; la modelación de estructuras tridimensionales de macromoleculas, lo que permite el diseño de nuevos fármacos; la formulacion de nuevos modelos para el estudio de la evolución y la biodiversidad; entre muchas otras cosas.

Desde finales de 1999 y hasta mayo de 2002 trabajé con el Grupo de Bioinfomática del Instituto de Biotecnología de la Universidad Nacional de Colombia (IBUN), diseñando el sitio web del grupo, poniendo en marcha servidores de bioinformatica, participando en el diseño y creación de cursos de bioinformática con el apoyo del Instituto Suizo de Bioinformática y por último (primer semestre de 2002) participando como instructor en el curso electivo Introducción a la Bioinformática que hace parte del programa curricular del posgrado Interfacultades en Microbiología.

En el curso Introducción a la Bioinformática tuve la oportunidad de guiar a los estudiantes en el manejo del sistema operativo UNIX y di algunas charlas sobre la construcción de dendrogramas. Estas charlas estan disponibles desde aquí:

Construcción de dendrogramas (Documento de WORD)
Construcción de dendrogramas (Presentación en PowerPoint)

Como parte de mi trabajo en el grupo de bioinformática del IBUN tuve que escribir varios scripts en PERL, que creo que le pueden ser de utilidad a algunos de ustedes. Estos scripts estan cobijados por la GNU General Public License, usted es libre de copiarlos, usarlos, estudiarlos, redistribuirlos y mejorarlos, siempre y cuando cumpla las condiciones expresadas en la licencia CC-GNU GPL.

Recientemente (2003-2004) he estado trabajando en la búsqueda computacional de ARN no traducibles, como los ARN de transferencia y los ARN ribosomales, pero enfocado en otras familias como los ARN nucleolares pequeños y los micro RNAs. Derivado de ese interés hay algunos productos:

Pequeña revisión sobre el tema (en inglés)
Base de datos en linea llamada At_oRNA_DB.
Orphan transcripts in Arabidopsis thaliana: identification of several hundred previously unrecognised genes. 2005. In Press The Plant Journal. (pre-print)

También he trabajado en la búsqueda computacional de factores de transcripción en arroz (RiceTFDB). Este proyecto, a partir de 2005, tomó gran importancia como parte de mi proyecto de doctorado y ha sido extendido a otras especies de plantas. Creé una base de datos adicional que incluye todos los factores de transcripción en cinco especies de plantas: Plant Transcription Factor Database at Uni-Potsdam.de.

A la par de estos proyectos he escrito nuevos scripts en perl para desarrollar diversas tareas: