#!/usr/bin/perl
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#Script para utilizar el programa SEQRET o ENTRET de la suite EMBOSS para recuperar secuencias desde una
#base de datos
#Diego Mauricio Riaño Pachón, Instituto de Biotecnología Universidad Nacional de Colombia, 2002
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&output_header;
if ($ENV{'REQUEST_METHOD'} eq "POST"){
read(STDIN, $entrada, $ENV{'CONTENT_LENGTH'});
$entrada=~s/%0D%0A/%/g;
foreach (split(/\&/,$entrada)){
($clave,$valor)=split(/=/,$_);
$parametro{$clave}=$valor;
}
if ($parametro{formato}=~"S"){
$prog="entret";
$mod="";
}
elsif ($parametro{formato}=~"F"){
$prog="seqret";
$mod="-f";
}
else {}
}
elsif ($ENV{'REQUEST_METHOD'} eq "GET"){
$entrada = $ENV{'QUERY_STRING'};
$entrada=~s/-a%20//;
($base,$ID)=split(/:/,$entrada);
$parametro{basededatos}=$base;
$parametro{ID}=$ID;
$prog="seqret";
}
open (secuencia, "/usr/local/BioMol/emboss/bin/$prog $parametro{basededatos}:$parametro{ID} -stdout -auto 2>&1 |");
print "\n";
while (){
print;
}
print "
\n";
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#SUBROUTINES
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#Subrutina para imprimir el encabezado
sub output_header {
print <
Grupo de Bioinformática - Instituto de Biotecnología -UNAL
INSTITUTO DE BIOTECNOLOGÍA
GRUPO DE BIOINFORMÁTICA
Recuperación de Secuencias
Resultados de la búsqueda
EOM
}
