#!/usr/bin/perl 

##########################################################
#Script para realizar busquedas en bases de secuencias de ADN o proteinas
#Diego Mauricio Riaño Pachón, Instituto de Biotecnología Universidad Nacional de Colombia, 2002
#
#Es una version modificada de:
#
#Script to do blast searches on database sequences for WWW
#Steven Jones, Sanger Centre, 1995.
##########################################################


&output_header;
#Recibir los datos desde un formulario 
read(STDIN, $entrada, $ENV{'CONTENT_LENGTH'});

#descomponer el mensaje recibidor por el formulario y asignar los valores a las variables correspondientes
foreach (split(/\&/,$entrada)){
 ($clave,$valor)=split(/=/,$_);
 $parametro{$clave}=$valor;
}

#eliminar caracteries extraños en las variables de interes
#
if ($parametro{formatosecuencia} eq "textoplano"){
 $parametro{secuencia}=~s/%3E/>/;
 $parametro{secuencia}=~s/%0D%0A//g;
 $parametro{secuencia}=~s/>/\n/g;
 $parametro{secuencia}=~s/%/\n/g;
 $parametro{secuencia}=~s/[0123456789]//g;
 $parametro{secuencia}=~s/ //g;
 $parametro{secuencia}=~s/\+//g;
}
else {
 if ($parametro{secuencia}=~/%/){
  print "<p><H2>Con el formato seleccionado solo puede ingresar una l&iacute;nea en el cuadro de texto</H2>";
  exit;
 }
 else {
 $parametro{secuencia}=~s/\+//g;
 }
}
$parametro{basededatos}=~s/%2F/\//g;
$parametro{basededatos}=~s/%3A/:/g;
$parametro{basededatos}=~s/\+/ /g;
$parametro{email}=~s/%40/@/g;                                              

#Revisar que el tipo de programa seleccionado corresponda con la base de datos seleccionada
if ($parametro{programa} eq "") {
 print "<H2>Error: No especific&oacute; el programa Blast!!!!<\H2>";
 exit;
}
elsif (($parametro{programa} eq "blastp" || $parametro{programa} eq "blastx") && ($parametro{basededatos}!~/^swissprot/ && $parametro{basededatos}!~/^swissprot/)) {
 print "<H2>Con el programa \"$parametro{programa}\" debe realizar la b&uacute;squeda en las base de datos de prote&iacute;nas (SwissProt o SwissProt/TrEMBL/TrEMBL_NEW/Varsplic)!!!!<\H2>";
 exit;
}
elsif (($parametro{programa} eq "blastn" || $parametro{programa} eq "tblastn" || $parametro{programa} eq "tblastx") && ($parametro{basededatos}=~/^swiss/)){
 print "<H2>Con el programa \"$parametro{programa}\" debe realizar la b&uacute;squeda en las bases de ADN!!!!<\H2>";
 exit;
}
elsif (($parametro{programa} eq "tblastx" || $parametro{programa} eq "tblastn") && $parametro{email} eq "none"){
 print "<H2>Con el programa \"$parametro{programa}\" debe especificar su direcci&oacute;n de correo electr&oacute;nico<\H2>";
 exit;
}

#Revisar la existencia de la secuencia o de un Numero de Acceso y hacer lo necesario para trabajar con eso

if ($parametro{secuencia} eq ""){
 print "<H2>Error: No ingres&oacute; ninguna secuencia!!!!<\H2>";
 exit;
}
if ($parametro{formatosecuencia} eq "textoplano"){
 open (dna, ">/tmp/temp$$") || print "<H2> Error: Es imposible crear el archivo temporal, intente de nuevo mas tarde</H2>";;
 select((select(dna),$|=1)[0]);

 #Es necesario que la secuencias se encuentre en formato fasta

 if ($first!=1) {
  if ($parametro{secuencia}=~/^>/) {
   $first=1;
  }
  else {
   print dna ">SIN NOMBRE\n";
  }
  ;$first=1;
 }
 print dna "$parametro{secuencia}\n";
 close dna;
}
elsif ($parametro{formatosecuencia} eq "swiss"){
&traersecuencia($parametro{formatosecuencia},$parametro{secuencia})
}
elsif ($parametro{formatosecuencia} eq "trembl"){
&traersecuencia($parametro{formatosecuencia},$parametro{secuencia})
}
elsif ($parametro{formatosecuencia} eq "embl"){
&traersecuencia($parametro{formatosecuencia},$parametro{secuencia})
}
else {}

#Ejecutar el proceso BLAST, en este caso se ejecuta un cliente blast que envia la peticion a un servidor dentro del mismo Instituto de Biotecnología, esta linea se puede modificar para utilizar BLASt en el mismo equipo (standalone)

system("/usr/local/bin/blastall.remote -P 5556 -B $parametro{email} -p $parametro{programa} -d \"$parametro{basededatos}\" -i /tmp/temp$$ -m $parametro{alinOpt} -F $parametro{Filtro} -G $parametro{AbrirGap} -E $parametro{ExtenderGap} -q $parametro{NucPen} -r $parametro{NucRec} -v $parametro{descripciones} -b $parametro{alineamientos} -f $parametro{Threshold} -g $parametro{Gapped} -M $parametro{matriz}  2>&1 > /tmp/saltemp$$"); 

if ($parametro{email}=~"none"){
 print "<H2>Sus resultados estar&aacute;n disponibles durante los proximos 5 dias en: <a href=\"http://bioinf.ibun.unal.edu.co/servicios/BLAST/tmp/blast$$.html\">http://bioinf.ibun.unal.edu.co/servicios/BLAST/tmp/blast$$.html</a></H2>";
 system("/usr/local/bin/html4blast.BlastServer -go /usr/local/httpd/htdocs/servicios/BLAST/tmp/blast$$.html /tmp/saltemp$$");
 open BLAST, "/usr/local/httpd/htdocs/servicios/BLAST/tmp/blast$$.html";
 @blastlineas=<BLAST>;
 foreach $lineablast(@blastlineas){
  print "$lineablast";
 }
}
else {
 print "<br><b>Los resultados de la b&uacute;squeda ser&aacute;n enviados a:<br>$parametro{email}<br>\n";
}
#Remover archivos temporales
unlink "/tmp/temp$$";
unlink "/tmp/saltemp$$";

#########################################################
#SUBROUTINES
#########################################################

#Subrutina para recuperar secuencias de las bases de datos empleando seqret
sub traersecuencia{
 ($basedatos,$secuencia)=@_;
 system("/usr/local/BioMol/emboss/bin/seqret $basedatos:$secuencia -auto -stdout > /tmp/temp$$");
 if ($?!=0){
  print "<H2>La secuencia $secuencia no se encuentra en la base de datos $basedatos</H2>";
  exit;
 }
}
#subrutina para imprimir un encabezado
sub output_header {
    print <<EOM;
Content-Type: text/html

<html>
<head>
   <meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=iso-8859-1">
   <meta name="title" content="Grupo de Bioinformática - Instituto de Biotecnología - UNAL">
   <meta name="DC.Title" content="Grupo de Bioinformática - Instituto de Biotecnología - UNAL">
   <meta http-equiv="title" content="Grupo de Bioinformática - Instituto de Biotecnología - UNAL">
   <meta name="GENERATOR" content="Mozilla/4.78 [es] (X11; U; Linux 2.4.8-26mdk i686) [Netscape]">
   <meta name="keywords" content="biodiversidad, biodiversity, protein, proteomics, sequence, structure, modelling, computational, biology, genetics,evolution, phylogeny, molecular, cell, prediction, motifs, characterization, page, peptide, enzyme, techniques, protocols, research, biotechnology,biochemistry, identification, characterization, gel, electrophoresis, 2D,  biomolecular, bioinformatics, biophysics, biochemical, 3D,secondary, tertiary,patterns, alignment, homology, fasta, blast, identity, Smith-Waterman, proteínas, proteomica, genómica, genes, genética, biología, bioinformática,biotecnología, geles, molecular, caracterización, biodiversidad, trna, computacional">
   <meta name="description" content="Bienvenido al servidor de Bioinformática del Instituto de Biotecnología de la Universidad Nacional de Colombia Este servidor está dedicado al análisis de datos biológicos en general y al análisis de secuencias de nucleótidos y aminoácidos, en particular.">
   <meta name="author" content="Grupo de bioinformática">
   <meta name="DC.Creator" content="Grupo de bioinformática">
   <meta http-equiv="keywords" content="biodiversidad, biodiversity, protein, proteomics, sequence, structure, modelling, computational, biology, genetics,evolution, phylogeny, molecular, cell, prediction, motifs, characterization, page, peptide, enzyme, techniques, protocols, research, biotechnology,biochemistry, identification, characterization, gel, electrophoresis, 2D,  biomolecular, bioinformatics, biophysics, biochemical, 3D,secondary, tertiary,patterns, alignment, homology, fasta, blast, identity, Smith-Waterman, proteínas, proteomica, genómica, genes, genética, biología, bioinformática,biotecnología, geles, molecular, caracterización, biodiversidad, trna, computacional">
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   <meta name="DC.Language" content="Spanish">
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   <meta http-equiv="Pragma" content="cache">
   <meta name="Revisit" content="60 days">
   <meta name="robots" content="all">
   <title>Grupo de Bioinform&aacute;tica - Instituto de Biotecnolog&iacute;a -UNAL</title>
<script LANGUAGE="JavaScript">
<!--//
browser_name = navigator.appName;
browser_version = parseFloat(navigator.appVersion);

if (browser_name == "Netscape" && browser_version >= 3.0) { roll = 'true'; }
else if (browser_name == "Microsoft Internet Explorer" && browser_version >= 3.0) { roll = 'true'; }
else { roll = 'false'; }

function msover1(img,ref) {
 if (roll == 'true') {
  document.images[img].src = ref;
 }
}
function msout1(img,ref) {
 if (roll == 'true') {
  document.images[img].src = ref;
 }
}
//-->
</script>
</head>
<body text="#000000" bgcolor="#FFFFFF">

<center>
<hr SIZE=2 shade></center>

<center><table BORDER=0>
<tr>
<td>
<center>
<a
href="http://bioinf.ibun.unal.edu.co/presenta.php" onMouseOver="msover1('Presen','http://bioinf.ibun.unal.edu.co/images/presenta1.gif');" onMouseOut="msout1('Presen','http://bioinf.ibun.unal.edu.co/images/presenta.gif');">
<img NAME="Presen" BORDER=0 SRC="http://bioinf.ibun.unal.edu.co/images/presenta.gif" ALT="Servicios" NOSAVE height=18 width=146></center></a>
</td>

<td>
<center>
<a href="http://bioinf.ibun.unal.edu.co/index.php#Aplicaciones" onMouseOver="msover1('AplicH','http://bioinf.ibun.unal.edu.co/images/servicio1.gif');" onMouseOut="msout1('AplicH','http://bioinf.ibun.unal.edu.co/images/servicio.gif');">
<img NAME="AplicH" BORDER=0 SRC="http://bioinf.ibun.unal.edu.co/images/servicio.gif" ALT="Servicios" NOSAVE height=18 width=146></center></a>
</td>

<td>
<center>
<a href="http://bioinf.ibun.unal.edu.co/index.php#Cursos" onMouseOver="msover1('CursH','http://bioinf.ibun.unal.edu.co/images/curs1.gif');" onMouseOut="msout1('CursH','http://bioinf.ibun.unal.edu.co/images/curs.gif');">
<img NAME="CursH" BORDER=0 SRC="http://bioinf.ibun.unal.edu.co/images/curs.gif" ALT="Cursos" NOSAVE height=18 width=146></center></a>
</td>

<td>   
<center>
<a href="http://bioinf.ibun.unal.edu.co/index.php#Documentos" onMouseOver="msover1('DocsH','http://bioinf.ibun.unal.edu.co/images/documentos1.gif');" onMouseOut="msout1('DocsH','http://bioinf.ibun.unal.edu.co/images/documentos.gif');">
<img NAME="DocsH" BORDER=0 SRC="http://bioinf.ibun.unal.edu.co/images/documentos.gif" ALT="Documentos" NOSAVE height=18 width=146></center></a>
</td>

<td>
<center>
<a href="http://bioinf.ibun.unal.edu.co/index.php#Contactar"  onMouseOver="msover1('ContactH','http://bioinf.ibun.unal.edu.co/images/contactos1.gif');" onMouseOut="msout1('ContactH','http://bioinf.ibun.unal.edu.co/images/contactos.gif');">
<img NAME="ContactH" BORDER=0 SRC="http://bioinf.ibun.unal.edu.co/images/contactos.gif" ALT="Contactos" NOSAVE height=18 width=146></center></a>
</td>
</tr>
</table></center>

<center>
<hr SIZE=2 shade></center>
<center>
<h1>
INSTITUTO DE BIOTECNOLOG&Iacute;A</h1></center>

<center>
<h1>
GRUPO DE BIOINFORM&Aacute;TICA</h1></center>
<center><H1><font color="#CC6600"><font size=+4>Servidor BLAST</font></font></center>
<br>Resultados de la b&uacute;squeda</H1>
<P>
<P>
EOM
}