La propia Dirección de Inteligencia Militar (DIM) se vio envuelta en una investigación por sustracción de fondos, cuando su director, el General de División del ejército José Antonio Rodríguez Castillo, también ex jefe del Estado Mayor, fue sometido a una audiencia preliminar el 8 de septiembre de 1999.

El ya citado presidente de la Corte Marcial, Coronel Ascanio Báez, asumió las veces de juez de control. "Rodríguez Castillo es acusado de supuesta malversación de fondos y sustracción de efectos de las Fuerzas Armadas Nacionales. El monto pudiera superar los 500 millones de bolívares. Fuentes militares indicaron que al parecer el oficial del Ejército compró varias propiedades en el interior del país (El Universal, 09/09/1999). Se comentaba que el origen del dinero extraviado podía ser una donación hecha por Petróleos de Venezuela a la Dirección de Inteligencia Militar en 1997.

El 10 de septiembre se le dictó auto de detención por los delitos de presunta sustracción de fondos, pagos ilícitos, abuso de autoridad y delitos contra el honor militar" (El Universal, 11/09/1999). Con éste eran tres los Generales de la cúpula militar del ex presidente Caldera que se veían bajo investigación ordinaria o militar, según el caso.

El señalado estaba detenido en el Regimiento de la Policía Militar de Fuerte Tiuna y compartía acusaciones con el ex administrador de la DIM, Coronel del Ejército, Manuel González Lamas, y el Maestro Técnico Eduardo Arias Corona. Al mismo fiscal militar que le tocó levantar cargos al general Rodríguez Mayol, el Coronel Jaiber Alberto Núñez, tendría que hacerlo en esta oportunidad.

El caso se ventiló a ratos a puertas cerradas, dado que estaban involucrados personajes y situaciones que tenían que ver con la seguridad y defensa del Estado. El juez de control les había negado la libertad "ya que las penas imputadas suman alrededor de los 10 y 12 años. El delito causado en el medio militar es de bastante gravedad y la jerarquía que ostentan dos de los imputados pueden hacerlos sujetos a interferir en la evacuación de las pruebas, explicaba Ascanio Báez (El Universal, 26/10/1999). Éste se tuvo que inhibir en el juicio oral, al pronunciarse contra un conflicto de competencia con la justicia ordinaria planteado por los abogados Héctor Coronado, Alonso Medina Roa, Douglas Méndez y Julián Vásquez.

De acuerdo con la información aportada en el juicio por el Capitán de Fragata Luis Eduardo Angelucci, producto de una serie de entrevistas realizadas por la Dirección de Averiguaciones Administrativas de la Contraloría General de las FAN al personal, el General Rodríguez Castillo no habría justificado el uso de 2 mil millones de bolívares al frente de la Dirección de Inteligencia Militar.

El militar imputado señaló que "bajo ningún concepto emitiré información secreta o clasificada, así me condenen inocentemente, si antes no tengo el permiso del presidente Hugo Chávez" (El Universal, 23/11/1999).

Rodríguez Castillo consideraba que es un tipo de información "de alta envergadura", que compromete a militares, informantes y cadenas de inteligencia y confidentes. "Insistió en afirmar que tiene las copias de todos los soportes de su gestión y no entiende cómo se extraviaron en la sede del organismo de inteligencia".

— No tengo la culpa de haber dirigido a la DIM en un momento tan difícil en el país -julio 97 a junio 98, expresó en tono enérgico- (El Universal, 23/11/1999).

El dinero, aparentemente, habría sido utilizado para pagar servicios de confidentes y para la adquisición de algunos bienes que sirvieron para bases de inteligencia en Barquisimeto, Barinas, La Fría, Guasdualito, entre otras, y para la remodelación de la sede del cuerpo en Boleíta. Los inmuebles estaban bajo los nombres de subalternos. Otra versión que corría era que los gastos se hicieron para financiar la investigación de un supuesto golpe de estado contra el presidente Rafael Caldera, a mediados de su mandato.

— Si el general hubiese hecho lo que le dije, no estuviera ahora en el banquillo –fue el testimonio del Coronel Claudio Turchetti, ex consultor jurídico de la DIM, quien señaló que le había recomendado no aceptar la donación de Corpoven ni la compra de los ocho inmuebles (El Universal, 24/11/1999).

Este otro militar era del criterio de que no era conveniente aceptar la donación de la filial de Pdvsa, en virtud de que "violaba principios éticos y morales, debido a que esa cantidad fue ofrecida por Pdvsa luego de la investigación que solicitara a la DIM el entonces ministro de Energía y Minas, Edwin Arrieta, para comprobar el supuesto espionaje dentro de la industria petrolera (conocido como informe Poseidón)".

El propio General Rodríguez Castillo participó en el juicio oral denunciando que "fui destituido del cargo por haberle prestado seguridad durante la campaña electoral al actual presidente de la República, Hugo Chávez" (El Universal, 27/11/1999).

La abogado Carmen Elena Crespo notificó de un faltante de 328 millones de bolívares por concepto de pérdida de una orden de pago y por la no cancelación del bono vacacional a los empleados de la DIM el 7 de diciembre. La Fiscalía Militar estimaba que el faltante era atribuible a la gestión del General Rodríguez Castillo, mientras que la defensa argumentó que podía venir de otras gestiones como las de los Generales Herminio Fuenmayor y Wilfredo Guerrero Zerpa.

Herminio Fuenmayor apareció en el debate, al ser mencionado por la defensa y dijo: "Rodríguez Castillo es un excelente oficial, con una trayectoria intachable, pero existe en él una gran ingenuidad y desconocimiento; por tratar de hacer las cosas bien se incurrió en algunas cuestiones que probablemente violaron normas de derecho y procedimiento... Pecó en su buena fe" (El Universal, 10/12/1999).

Rodríguez Castillo fue condenado a dos años y medio de prisión por la emisión de órdenes de pago ilegales. Pero sobre la marcha una de sus abogadas, María Magdalena Díaz Pereira, solicitó a la Corte Marcial la libertad bajo fianza, toda vez que la pena impuesta al General no era superior a los 8 años, por lo que podía argumentar los beneficios procesales del COPP, mientras que los otros dos imputados, el Coronel Manuel Ismael González Lamas, y el Maestre Eduardo Arias Corona, fueron absueltos y restituidos sus derechos militares y profesionales dentro de las Fuerzas Armadas.

A propósito de los casos de los generales Rojas Pérez, Rodríguez Mayol y Rodríguez Castillo, los que se habían cruzado en el tiempo, el presidente de la Asamblea Nacional Constituyente, Luis Miquilena, declaró que "las investigaciones sobre corrupción, deben abarcar no sólo a los sindicatos sino también a la Fuerza Armada Nacional, donde hay muchos generales que se han enriquecido indebidamente" (El Universal, 14/01/2000).