La juez Irma Mansilla, a cargo del Tribunal 24 de Primera Instancia Penal, decidió abrir una investigación por "noticia criminis" con la finalidad de determinar si la directiva de Fogade, encabezada por Esther de Margulis, habría incurrido en irregularidades en la entrega de auxilios financieros a los bancos intervenidos por el Estado. Adicionalmente, sobre el Fondo de Garantía de los Depósitos Bancarios también pesaba la acusación de no haber publicado en la prensa los balances semestrales auditados (El Universal, 04/02/1999).

El cuadro se complicó aún más cuando un ex directivo de Fogade, Roberto Castillo Dupuy, afirmó tener "evidencias donde consta que la empresa israelí International Security & Defense Systems ha realizado, como labor principal para Fogade, actividades de espionaje telefónico y grabaciones de reuniones a personalidades del alto gobierno, tanto del anterior como del actual" (El Universal, 05/05/1999).

Este abogado y economista sostenía que Margulis "había cometido falta de probidad, negligencia manifiesta en el manejo del patrimonio de Fogade, e incumplimiento de las obligaciones inherentes al cargo". Basaba sus denuncias en los siguientes casos:

Otro abogado, Cesáreo Espinal Vásquez, también había consignado acusaciones similares, al igual que el presidente del Banco Venezolano de Crédito, Oscar García Mendoza.

Esther de Margulis se había echado al parlamento encima, por su persistente actitud de desacato a las interpelaciones a las que había sido citada, más no comparecido. Una comisión bicameral presidida por Luis Alfonso Dávila había detectado algunas anormalidades en la conducción del fondo a las que calificaron como "hechos generadores de responsabilidad administrativa, como no haber exigido suficientes garantías a algunos banqueros que debían prestarlas, o haberlas aceptado insuficientemente, así como la omisión de control previsto por la Ley Orgánica de Contraloría".

No obstante Margulis había aceptado contestar un cuestionario el 8 de julio de 1999, que le fue enviado por la comisión. El punto clave era que los banqueros habían recibido fondos de auxilio, en muchos casos aprovechados fraudulentamente, "por 2 billones 151 mil millones de bolívares a un tipo de cambio de 170, lo que se traduce en 12 mil millones de dólares, y Fogade sólo había recuperado para el momento 2.261 millones de dólares, es decir, un 32% de los activos recibidos por los recursos desembolsados por Fogade y 9% de los auxilios otorgados", escribía el periodista Víctor Salmerón el 11 de septiembre en el diario El Universal.

Margulis fue sustituida en el cargo por Carlos Calderón, quien salió posteriormente debido a la intervención de Cavendes y a las diferencias que sostuvo con la interventora designada. Finalmente el cargo lo ocupó el economista Rómulo Henríquez.