Cuando Isaías Rodríguez era senador por el MVR en el último Congreso de la IV República, participó en los comités parlamentarios para escoger Fiscal y Contralor. Fue cuando escogieron a Rafael Pérez Perdomo y ratificaron a Eduardo Roche Lander, como ya lo reseñamos con anterioridad. Tal vez de allí le surgió la idea de postularse al cargo de Fiscal.

"No me saquen todavía a Isaías, yo no quería que él se fuera, he oído planteamientos de él, de otros sectores y le dije ‘eres libre de hacer lo que el corazón te mande’. Puede ser un buen Fiscal. Aquí lo importante es ser útil. Isaías es un hombre útil", expresaba públicamente el presidente Chávez, días antes de la elección (Unión Radio, 08/12/2000).

Rodríguez se postuló el 7 de noviembre, con apenas unas horas de diferencia con respecto al momento en que el titular, Javier Elechiguerra, manifestaba su intención de ser ratificado. Precisamente lo hizo el último día de inscripciones.

— Desde hace un mes estaba analizando participar, pero no podía anunciarlo hasta que el Presidente lo aceptara –explicó a los periodistas. Es un hecho que me voy a separar de la Vicepresidencia, sea Fiscal o no sea Fiscal. Soy leal a Venezuela, al proceso de cambios y al Presidente. Pero, en ese orden, primero soy leal al país... Soy fundamentalmente un hombre de leyes, siento que voy a ser más útil desde esa posición que es una autoridad de las leyes. Cuando Javier Elechiguerra fue nombrado Fiscal venía de ser Procurador. En ese momento se criticó con los mismos argumentos, pero Elechiguerra creo que ha demostrado considerablemente que ejerce esa función independientemente. (El Universal, 09/12/2000).

Al ser interrogado por la periodista Taynem Hernández, se le preguntó esto:

— ¿Seguro que será Fiscal?

— Tengo unas opciones especiales. No quiero engañar a nadie, ésta es una decisión política en la que juegan un papel determinante los factores políticos que la toman. La Asamblea Nacional, como el Congreso anterior y todos los parlamentos, son instituciones políticas y toman decisiones políticas. En virtud de eso, sin lugar a dudas, yo tengo una opción especial.

— ¿Es el candidato de Chávez?

— Esta decisión la tomé yo, no el Presidente. El no estuvo convencido de que mi planteamiento fuera realmente decisivo pero al final de una reunión más o menos larga, me dijo: ‘ya lo decidiste, opta al cargo’.

Una vez electo, el presidente Chávez dijo: "antes eso se cocinaba en cenáculos, en plena campaña electoral, cuando llegaba un Presidente ya todo estaba arreglado, no había sorpresas de ningún tipo y se repartía la torta. Un partido nombraba al Fiscal y otro al Contralor. Era el Pacto de Punto Fijo. Eso se acabó" (El Universal, 29/12/2000).

En una de las primeras declaraciones oficiales, Isaías Rodríguez señaló que el organismo que encabezaba tenía 1 millón 131 mil expedientes de corrupción pendientes, distribuidos así (El Nacional, 30/12/2000):

En el total se encontraban casos desde el primer gobierno de Carlos Andrés Pérez hasta la segunda presidencia de Rafael Caldera, pasando por las administraciones de Herrera Campíns y Jaime Lusinchi. Pero también casos nuevos iniciados por el Fiscal saliente, como Cavendes, Plan Bolívar 2000, Fondo de Transporte Urbano, entre otros.

— Los casos de corrupción que haya de la V República van a ser tratados como si fueran de la IV República. La idea es tratar de darle al país la confianza de que su dinero en cuanto a la administración pública debe ser manejado con probidad, honradez y en beneficio de los intereses de la población –dijo-.

Pero mientras Isaías Rodríguez preparaba su equipo de trabajo, surgió una agria polémica entre Javier Elechiguerra, ahora de regreso a las aulas universitarias, y el ministro de Interior y Justicia, Luis Alfonso Dávila. Éste había acusado públicamente al anterior Fiscal de "negligente" por la falta de pericia en la tramitación de millones de expedientes desde el Ministerio Público. "Si el ministro considera que hubo negligencia, que ponga a todo su equipo de trabajo a intentar todas las acciones que quiera contra Javier Elechiguerra, (Globovisión, 11/01/2001).

— No se puede tapar el sol con un dedo –descargaba Elechiguerra a Dávila, en virtud del incremento de todos los niveles de criminalidad en el país-. El ministro siempre ha tenido esa tendencia, para tratar de librarse de responsabilidades queriéndole echar la culpa a otros; mientras no se le entregue el control de las policías, como órganos investigadores, al Ministerio Público, la Fiscalía no podrá cumplir su rol (Unión Radio, 10/01/2001).

La Fiscalía comenzó a descongestionar los expedientes a partir del mes de febrero de 2001, según lo anunció la directora comisionada para dirigir el proceso, Graciela Varela Mora. "Se están clasificando los expedientes de acuerdo a la gravedad y género de los delitos: de salvaguarda, homicidios, robo a mano armada, drogas, ambiente. Además, se está determinando si las causas ya están prescritas o a punto de prescribir", dijo esta funcionaria (El Nacional, 08/02/2001).

Más recientemente, en mayo de 2001, otra funcionaria de la Fiscalía, la segunda de a bordo luego de Isaías Rodríguez, Hillys Penso, precisó que "el Ministerio Público sancionará a los funcionarios que por negligencia dejaron prescribir causas. De hecho" –afirmó-, "dejar prescribir es, a su vez, un delito penado por la Ley de Salvaguarda, previsto y sancionado en el COPP". (Quinto Día, 27/04 al 04/05/2001).