Así como Eduardo Roche Lander había sido ratificado en principio por el Congreso de la República en el cargo de Contralor, el fiscal general de la República, Iván Darío Badell, fue sustituido en la misma jornada parlamentaria del 3 de junio de 1999, por Rafael Pérez Perdomo.

En la lista de postulaciones recibida por el Congreso, figuraban, entre otros, los siguientes candidatos a sustituir a Iván Darío Badell, quien manifestó que no le interesaba ser ratificado: Bayardo Ramírez, Marcel Marcano, Cesáreo Espinal Vásquez, Arnoldo Molina, Antonio José Figuera Molina, María del Carmen La Riva Ron, Hidalgo Valero, José Alejandro Arzola, Ramón I. Velásquez, Jesús Espinal Vásquez, Humberto Decarli, Luis Peñalver, Carlos Peña, Getulio Romero Jiménez, Judith Liendo de Vera Soto, Arnoldo Molina Canino, Enrique Meier, Jacob Calanche, Alberto Arteaga Sánchez, Ramón Escovar Salom, Carlos Delgado Chapellín, Javier Elechiguerra, Danilo Mojica y Elio Gómez Grillo, entre otros. El "gallo tapado" era Rafael Pérez Perdomo.

Cuando el rector de la UCV y postulante de Elio Gómez Grillo, Trino Alcides Díaz, se enteró de que al conocido criminólogo lo estaban dejando de lado, convocó una rueda de prensa para señalar que "el Congreso debe respetar el baremo aplicado para la selección del nuevo Fiscal General de la República" (El Universal, 01/06/1999). Gómez Grillo era el número uno en la evaluación. Este denunció que "cualquier candidato que sea designado como Fiscal sin haber obtenido los puntos para ello, comenzará su gestión con plomo en el ala. Estoy preocupado pues desde que se supo que quedé en el primer lugar en la clasificación, comenzaron a correr rumores sobre mi estado de salud".

La duda quedó despejada. Con los votos de AD, Copei, Proyecto Venezuela y una parte del MAS, se seleccionó el 3 de junio a Rafael Pérez Perdomo como nuevo jefe del Ministerio Público. Hubo un forcejeo fuerte todo el día, ya que el Movimiento V República, el presidente del Senado, Luis Alfonso Dávila, y otros factores del llamado Polo Patriótico no encontraban consenso, pero la oposición junto con un sector del MAS contaban con la mayoría necesaria para proceder con la postulación de Roche Lander y de Pérez Perdomo. De hecho el MVR y Patria para Todos se retiraron del hemiciclo un tanto molestos.

La mitad de la premonición de Gómez Grillo sobre el plomo en el ala del nuevo Fiscal se cumplió antes de lo imaginado. Un diputado del Movimiento al Socialismo, Vicente Bello, denunció que el sector de su partido que se había resteado con la designación de Pérez Perdomo, había pactado la selección de aquél en un desayuno. "Sólo 4 ó 5 parlamentarios de la fracción acompañaron a Acción Democrática, Copei y Proyecto Venezuela en esa selección, y el resto salvamos el voto", explicó Bello (El Universal, 05/06/1999).

— ¿Quiénes apoyaron esa postulación? –le interrogaron los periodistas de la fuente parlamentaria.

— Luis Salas, Martín Valero, Ramón Martínez y Armando Salazar –respondió-. Los demás 28 parlamentarios, entre diputados y senadores, mantuvieron con el Polo Patriótico su posición.

Como el balde de agua fría le estaba cayendo al jefe de la fracción parlamentaria del MAS, Nelson Rampersad, éste declaró que "el MAS fue el único de los integrantes del Polo Patriótico que defendió en la comisión parlamentaria el nombre de Javier Elechiguerra como Fiscal (para el momento Procurador General de la República). Una vez excluido Elechiguerra de la lista de veinte nombres, se realizó una reunión presidida por Luis Alfonso Dávila, y con la presencia de Nicolás Maduro e Isaías Rodríguez del MVR, Lelys Páez del PPT y por el MAS asistieron Iván Gutiérrez y el propio Nelson Rampersad. En esa reunión se acordó buscar consenso en torno a una lista de cinco nombres: Alirio Abreu Burelli, Elio Gómez Grillo, Dilia Parra, Franklin Arriechi y Rafael Pérez Perdomo. El nombre de Pérez Perdomo cobra relevancia como posible candidato del Polo a raíz de sugerencias hechas por el mismo Luis Miquilena" (El Universal, 07/06/1999).

— Éste es un hecho vergonzoso para el MAS y requiere una condena con mucha firmeza –dijo enfático el secretario general del MAS, Leopoldo Puchi, ante un pleno de dirigentes en Parque Central-. No se puede ver lo del jueves pasado como un error más. La vieja mentalidad fue la que logró triunfar y la que condujo a una acción equivocada. Allí emergió el alma dañada del MAS. El MAS no debe aparecer en las páginas de la historia como un partido extraño (así lo había calificado el presidente Chávez), sino como un partido constituyentista...(El Universal, 10/06/1999).

La otra mitad de la premonición la hizo realidad el presidente Chávez. "Señor Fiscal, usted está en la lista de la Asamblea Nacional Constituyente. La Asamblea que se va a elegir el 25 de julio, incluso a mí mismo podría sacarme del poder, si así lo decide". El presidente había montado en cólera con lo dicho por el nuevo fiscal Pérez Perdomo en su primera declaración pública, cuando éste puso en duda el carácter originario y los límites del foro constituyente. Desde Puerto Cabello le expresó que "las cúpulas de los partidos Acción Democrática, Copei y Proyecto Venezuela se pusieron de acuerdo y designaron como Fiscal General, a quien saludo con todo mi respeto, nada más y nada menos que al abogado de Carlos Andrés Pérez. A esta república podrida la vamos a enterrar" (El Universal, 06/06/1999).

Chávez calificó a Pérez Perdomo como "muñeco de ventrílocuo". Un diálogo sostenido por el Fiscal con el periodista de El Universal Angel Bermúdez, resulta por lo demás elocuente:

— ¿A qué atribuye usted esos ataques del presidente Chávez?

— El debe haber sido mal informado. Yo no lo conozco personalmente y no tengo nada en su contra. Tampoco deseo polemizar. Voy a ejercer el cargo de Fiscal con la mayor objetividad e imparcialidad posible.

— ¿Siente que ha sido estigmatizado por haber defendido al ex presidente Carlos Andrés Pérez en el caso de los 250 millones de la partida secreta?

— No hay razón para ello. En 40 años de ejercicio profesional he tenido muchos defendidos, varios de los cuales vienen del mundo político.

— El presidente dijo que usted está en la mira de la Constituyente. ¿Siente que su nombramiento es provisional?

— Cuando se apruebe la Constitución elaborada por la Asamblea Nacional Constituyente y se regule el Ministerio Público habrá que acatar esa norma, pero mientras tanto se debe esperar a la elaboración y aprobación de la nueva Carta Magna.

Adecos y copeyanos salían al paso a los insultos de Chávez contra el Fiscal. "Lo que desató la ira del Presidente fue la opinión expresada por éste que coincidió con el criterio de la Corte Suprema de Justicia que la Asamblea Nacional Constituyente no tendrá carácter originario", explicaba Henry Ramos Allup, también designado por esos días como secretario general adjunto de Acción Democrática (El Universal, 08/06/1999). Mientras que el secretario general de Copei, Donald Ramírez, expresaba que la descalificación de Pérez Perdomo formaba parte de "una campaña de satanización contra los poderes públicos y de descrédito del Congreso".

Ya instalada la Constituyente, este partido planteó de entrada la destitución del Fiscal Rafael Pérez Perdomo, como una consecuencia natural de la declaratoria de la emergencia judicial. El punto fue planteado por el constituyente Pablo Medina, a la vez secretario general del PPT (El Universal, 10/08/1999).

La verdad es que este Fiscal asumió una posición de bastante bajo perfil, hasta que fue removido del cargo por la Asamblea Constituyente tal como le ocurrió al contralor Roche Lander el 23 de diciembre de 1999. Sólo que se convirtió en magistrado de la Sala de Casación Penal del nuevo Tribunal Supremo de Justicia por el mismo acto constituyente.