Sakura Kinomoto es una alumna de primaria de 10 años de edad. Cierto día, escuchó unos ruidos extraños que provenían de la biblioteca de su papá. Los ruidos provenían de un libro, y dentro de éste encontró unas cartas. Al leer el nombre de la primera carta, "The Windy" (El Viento), una fuerte corriente de aire hizo que todas las cartas se dispersaran por la ciudad. Luego, del mismo libro, salió un muñeco de peluche anaranjado, llamado Kerberos, que se suponía que debía cuidar las cartas, pero se quedó dormido (esos eran los ruidos de la biblioteca). Kero-chan (su apodo) posee ese aspecto pues se perdió las cartas que le proporcionaba todos sus poderes: The Firey (El Fuego) y The Earthy (La Tierra). Como Sakura había abierto el libro, ella poseía magia y debía juntar todas las Cartas Clow. La única persona que sabe del deber de Sakura es su mejor amiga, Tomoyo Daidouji, que se encarga de hacerle vestuarios (al estilo magic-girl), y filmarla todo el tiempo. Más adelante, aparecerá un chico de Hong Kong llamado Shaoran Li, que es un desendiente de Clow Reed, y se disputará con Sakura la captura de las Cartas Clow, y también el amor de Yukito Tsukishiro, el mejor amigo del hermano mayor de Sakura, Touya.

Spoilers!

Durante la primera y segunda temporadas de la serie, Sakura debe encargarse de recolectar las Cartas Clow. A lo largo de la historia, Sakura conoce a Kaho Mitsuki, quien es su profesora de matemáticas (y una sacerdotiza en un templo), a la cual se siente atraída. Kaho también posee poderes mágicos, aunque no los revela, pero ayuda de vez en cuando a Sakura y a Shaoran a recolectar las cartas. Además, había sido la novia de Touya dos años atrás. Por otro lado, Sakura y Shaoran comienzan a hacerse amigos (dejando de lado su disputa por Yukito), hasta el punto que a Shaoran también le empieza a gustar Sakura.

La última carta en atraparse fue The Earthy. En ese instante fue cuando Kero-chan recuperó su forma original, la cual era la de un león dorado con alas. Pero por el otro lado, Yukito, quien se encontraba en el escenario de la batalla, sufrió una extraña transformación, convirtiéndose en un hombre de pelo largo y alas blancas: Yue. Él es el otro guardián de las Cartas Clow, y al utilizar el poder de la Luna (la cual no se abastece de luz propia), debía crear una identidad paralela: este era Yukito. La obligación de Sakura era combatir a Yue para convertirse en la nueva dueña de las cartas. Sin embargo, Sakura no podía lastimar a Yue sabiendo que él era Yukito. En este momento intervino Kaho, que gracias a una campana mágica que había sido heredada por parte de Clow, ayudó a Sakura a invocar el nuevo poder. Así, el báculo que utilizaba Sakura para cambiar las cartas se convirtió en una estrella (Clow explica que es el poder de la estrella del corazón de Sakura), y derrota a Yue. Así termina la segunda temporada de la serie, con Sakura como la nueva ama de las Cartas Clow, de Kero-chan y de Yue.

En la última temporada, se presenta a un nuevo compañero de clases: Eriol Hirakizawa, quien proviene de Inglaterra. Eriol y Sakura se hacen amigos inmediatamente (lo cual no le parecía para nada gracioso a Shaoran). A lo largo de las series nos enteramos (el resto de los protagonistas no) que Eriol es la reencarnación de Clow Li. Él creó dos seres similares a Kero-chan y Yue: Spinel Sun, una pantera con alas de mariposa, quien también posee una forma falsa; y Rubi Moon, una mujer también con alas de mariposa. Ésta última posee una forma falsa llamada Nakuru Akitsuki, quien está enamorada de Touya. Con la intervención de Nakuru, se va desenvolviendo la relación entre Touya y Yukito, quienes son más que amigos. Al mismo tiempo, Eriol comenzó a causar disturbios en la ciudad, a lo cual Sakura cambió las Cartas Clow a Cartas Sakura, una por una (esto es debido a que su báculo y su magia eran suyas y no de Clow, como lo fue anteriormente). Sin embargo, por cada carta que cambiaba, perdía mucha energía, y a veces se desmayaba. Ella no era la única que sufría: Yue, al no depender de Clow, quien poseía mucha magia, comenzó a perder sus poderes, pues los de Sakura no eran suficientes. Por consecuencia, Yukito comenzó a sentirse cansado. Por temor a que desaparezca, Touya decidió confesarle sus sentimientos a Yukito, aunque siempre fue interrumpido por Nakuru. Otras dos personas que mostraron sus sentimientos fueron Shaoran y Tomoyo: el primero, por un lado, entendió que no le gustaba Yukito, sino que le atraía el poder de la Luna que emanaba de él, y aceptó sus sentimientos por Sakura. Y por el otro lado, Tomoyo, de una forma indirecta, le hizo entender a Sakura que ella la quería, pero mientras Sakura fuese feliz con otra persona, no importaba, pues, según dijo Tomoyo: "tu felicidad es mi felicidad".

Finalmente, Touya le entregó sus poderes a Yue/Yukito, mezclado con una confesión. Sakura se enteró de todo esto, echandose la culpa por no tener suficiente poder. También entendió que Yukito algún día desaparecería y decidió hacerle saber sus sentimientos. Yukito le explicó que ella lo quería como a un familiar. Ella lo entendió, y también comprendió que Yukito estaba enamorado de Touya. A pesar de haber entendido todo, Sakura se encontraba muy triste, y fue consolada por Shaoran, quien le dijo que algún día encontraría a esa persona tan especial (^_^). Por otra parte, Shaoran decidió no confesarle su amor, pues Sakura se deprimiría aún más por no saber que responderle, pero Tomoyo le hizo cambiar de idea.

En los últimos episodios, Sakura y sus amigos se enfrentan a Eriol, Rubi Moon y Spinel Sun. Eriol hizo un hechizo para que todos los habitantes de Tomoeda durmieran, y si Sakura no lo deshacía antes del amanecer, todos dormirían eternamente. Sakura debía cambiar la carta "The Light" (La Luz, ¡eh! ¡yo!), para deshacer el hechizo. Kero-chan y Yue se fusionaron con el báculo de Sakura, pues era imposible para ella cambiarlas sola. También la ayudó Shaoran, justo en el momento en el que ella iba a rendirse. Ambos derrotaron a Eriol, quien desapareció luego de la pelea. Sakura había convertido a todas las Cartas Clow en Cartas Sakura. Cuando Sakura iba a seguir a Eriol, Shaoran la detuvo y le confesó que ella le gustaba, a lo que Sakura enmudeció.

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Como verán, más allá de que la serie trate sobre magia, lo más importante son las relaciones entre los personajes, creando más que triángulos amorosos...