Prva stvar koju primijete ljudi koji dolaze s Windowsa na Linux da datotečnim sustavima nisu dodijeljena slova na način kao što je to slučaj u Windowsima. Umjesto toga postoji samo jedan root datotečni sustav čija je putanja „ / “. ako koristimo analogiju Windowsa kako bi si to približili, možemo razmišljati da je to C:\ disk; on označava vrh datotečnog sustava. Analizator diska ( Disk Analyzer) pokazuje iskorištenost datotečnog sustava (Filesystem Usage) dok Layout Linux montira nove pogone u mape unutar root datotečnog sustava. Možemo primijetiti da ako priključimo USB prijenosni disk, on će biti montiran na putanju kao što je „/media/ime_particije“. To je zato jer u Linuxu imamo jedan datotečni sustav koji počinje s root („/“ ili „slash“) i sve se nalazi ispod njega npr. korisničke datoteke idu u /home („slash home“). Ako želimo držati korisničke datoteke na zasebnom disku ili particiji, u Linuxu nemamo E: disk već jednostavno montiramo svoj zasebni disk kao /home.

Linux ne koristi jednu bazu podataka konfiguracijskih mogućnosti, kao što to radi Windows s svojim registrima. Umjesto toga postoji mnogo pojedinačnih konfiguracijskih datoteka, obično u jednostavnom tekstualnom formatu (ali sve u XML-u), koji se može uređivati ručno korištenjem uređivača teksta ako je to potrebno. Konfiguracijske datoteke sustava možemo pronaći u /etc direktoriju; konfiguracijske datoteke specifične korisniku će se nalaziti u skrivenim direktorima u našoj home mapi. To je bolje nego u Windowsu iz razloga što to znači da ne postoji jedinstvena točka kvara za konfiguraciju sustava. Ako jedna konfiguracijska datoteka postane korumpirana, samo se onda prekida dok sve ostalo radi normalno. To nam također olakšava izradu sigurnosnih kopija konfiguracijskih datoteka – identično kopiranju svih ostalih datoteka – i problema otklanjanja poteškoća: često ako zatražimo pomoć na internetu, prva stvar koju će nas ostali pitati biti će kopija naših konfiguracijskih datoteka.

U Windows okruženju ako trebamo pronaći program za izvođenje određenog zadatka obično imamo Google za tu namjenu, te sami program instaliramo pomoću njegove vlastite instalacije. Druga varijanta je otići u trgovinu, te pronaći i kupiti program koji nam je potreban. Na kraju svega se nadamo da ćemo ga u neko dogledno vrijeme moći ispravno deinstalirati sa sustava, te da nećemo pokupiti virus iz nekog nepoznatog programa koji se nalazi na sumnjivoj web stranici. S druge strane popularna Linux distribucija se udaljila od ove vrste instaliranja programa i zamijenila ga s konceptom „programskih spremišta “. Kad želimo instalirati program jednostavno pokrenemo add/remove programski alat, potražimo program koji trebamo, te ga instaliramo. Upravitelj paketa (eng. package manager) će se pobrinuti o svim zahtjevima i uraditi posao umjesto nas – a ista stvar također vrijedi i kad trebamo deinstalirati program. To održava naše računalo čistim od nepotrebnih programa, te nam pomaže da budemo sigurni da ne instaliramo neke programe koji će nam ukrasti sve naše osobne podatke.

Uobičajena je praksa za korisnike Windows sustava da se prijavljuju kao sistem administratori cijelo vrijeme. To je jedan od glavnih razloga zašto se Windows računala lako zaraze virusima i zlonamjernim programima; Uvijek se igrate Boga i bilo koji program može učiniti što god ga je volja. U Linuxu se administrator zove „root“ i trebali bi koristiti „root“ pristup samo onda kad nam je zaista potreban. Moderne distribucije i sučelja će vas upitati za root lozinku kad je potrebna, kao npr. kada želimo instalirati programe ili mijenjati postavke sustava. Osim toga trebate se uvijek prijaviti kao redoviti korisnik. Vidjeti ćete da ne trebate biti sistem administrator cijelo vrijeme, te kao posljedica toga će nam sustav trajati puno duže.

Promjena na Linux može biti zabavna i obrazovna – ali također može biti i frustrirajuća ako pronađemo nešto što ne radi sasvim dobro ili kad ne možemo shvatiti kako napraviti nešto što moramo napraviti. Jedan od najboljih dijelova prelaska na Linux je da postoji veliki broj ljudi koji su to već prije učinili i koji su nekoć bili u istom položaju u kojem smo mi sada, te nam rado nude svoju pomoć. Ne ustručavajte se pitati za pomoć.