A) Grafičko korisničko sučelje
U Linuxu su dostupna brojna desktop okruženja od kojih su GNOME i KDE najčešće korištena. U Windowsima imamo Desktop Window Manager na Windows Visti i Stacking Window Manager izrađen na GDI-u u starijim verzijama. Desktop okruženje može biti izmijenjeno raznim proizvodima trećih strana kao što je WindowBlinds; ili potpuno zamijenjeno. Primjeri takvih programa su Blackbox za Windowse ili LiteStep.

B) Sučelje komandne linije
Linux je čvrsto integriran sa sustavom za kontrolu. Komandna linija se može iskoristiti za oporavak sustava ako grafički podsustav zakaže. U Windowsima, Command prompt postoji da omogući direktnu komunikaciju između korisnika i operativnog sustava. Razvijeno je okruženje komandne linije temeljeno na .NET pod nazivom Windows PowerShell.

A) Jednostavnost instalacije
U Linuxu se to uvelike razlike od distribucije do distribucije. Većina distribucija je namijenjena novim ili srednje obrazovanim korisnicima pruža jednostavne grafičke načine instalacije. Na Windows serveru 2003 i prethodnim verzijama instalacija je bila podijeljena u dvije faze: prva faza – tekstualni način rada i druga faza – grafički način rada. Na Windows Visti i novijim verzijama instalacija je jednostupanjska i prisutan je samo grafički način rada.

B)Upravljački programi
Linux kerneli u većini distribucija uključuju većinu drivera dostupnih kao modula. Oni se učitavaju prilikom pokretanja sustava bez interakcije korisnika. Većina drivera su uključeni u izvorno stablo kernela, međutim postoji nekoliko proizvođača koji distribuiraju vlasničke drivere. Windows instalacijski medij uglavnom sadrži dovoljno drivera kako bi operativni sustav učinio funkcionalnim. U tom smislu, „općeniti“ driveri se mogu koristiti kako bi omogućili osnovnu funkcionalnost.

C)Instalacija putem Live okruženja
Gotovo sve Linux distribucije sada imaju live CD koji se može koristiti za testiranje, instalaciju ili oporavak. Windowsi se mogu instalirati putem Windows predinstalacijskog okruženja ili BartPE, ali je samo prvi potvrđen od strane Microsofta.

D) Particioniranje
U Linuxu, većina datotečnih sustava mijenja veličinu particije bez gubitka podataka. LVM omogućuje dinamičko particioniranje. Sve Linux distribucije unutar paketa sadrže softver za particioniranje kao što su fdisk i gparted. U Windowsima, širenje NTFS particije je moguće bez problema. Dynamic Disks omogućuje dinamičko particioniranje.

E) Datotečni sustavi
U Linuxu su podržani slijedeći datotečni sustavi: ext2, ext3, ext4, ReiserFS, FAT, ISO 9660, UDF, NFS, NTFS, JFS, XFS, Minux i GmailFS. Arhive i FTP stranice također mogu biti montirani kao datotečni sustavi. Windowsi podržavaju NTFS, FAT, ISO 9660, UDF, te ostale.

A) Planiranje procesa
Linux kernel 2.6 se nekada koristio algoritam za planiranje koji je pogodovao interaktivnim procesima. U tom slučaju se „interaktivno“ definira kao proces koji ima kratke bljeskove korištenja CPU-a umjesto dugih. Drugim riječima rečeno proces bez root privilegija može preuzeti prednost i monopolizirati CPU kad je CPU vrijeme koje računa preciznost nisko. NT verzije Windowsa koriste CPU planer temeljen na multirazinskom feedback upitu s definirane 32 prioritetne razine. Kernel može promijeniti prioritetnu razinu aplikacije ovisno o njenoj ulazu/izlazu i korištenosti CPU-a, te da li je interaktivna, podizanjem prioriteta interaktivnosti i ulazno/izlaznih procesa ili smanjivanjem CPU procesa kako bi se povećala prilagodljivost interaktivnih aplikacija.

B) Memory Management Disk (Paging)
Većina instalacija Linuxa koristi „swap particiju“, particiju posvećeno isključivo operacije dojavljivanja. To smanjuje usporavanje zbog defragmentacije diska za opću uporabu. Windows NT obitelj (uključujući 2000, XP, Vista i Win7) najčešće koriste dinamički dodijeljene pagefileove za upravljanje memorijom. Pagefile je dodijeljen na disku, za objekte u memoriji koji se manje koriste, ostavljajući tako više RAM-a dostupnog za aktivno korištene objekte.

C) Zadani datotečni sustav
Linux najčešće koristi Ext4 datotečni sustav, koji je nepodržan u Windowsima.Ext4 izbjegava fragmentiranje diska što je više moguće, daleko više nego NTFS. Linux se može, ako korisnik to želi, instalirati i pokrenuti na NTFS datotečnom sustavu iako ni jedna glavna distribucija ne radi to po zadanim parametrima. Način na koji zadani Windows datotečni sustav NTFS radi uzrokuje da datoteke budu fragmentirane, znatno smanjujući performanse sustava kroz određeno vrijeme. Također zahtjeva redovitu defragmentaciju kako bi se mogli boriti protiv toga.

U Linuxu postoji nekoliko indirektnih razina budući da su sve aplikacije odvojene od grafičkog podsustava (X Server) koji je i sam odvojen od Linux kernela. Kao rezultat toga i zbog toga što su većina drivera integralni dio Linux kernela, sustav se gotovo nikad ne ruši. Windows operativni sustav temeljen na NT kernelu je tehnički mnogo stabilniji nego neke starije verzije (including Windows 3.1 and 95/98) budući da starije verzije ne štite pravilno kernelovu strukture podataka.

A Hardverska emulacija i virtualizacija
VMware, VirtualBox, Xen, Parallels, Win4Lin. KVM i QEMU se mogu koristiti za pokretanje ostalih operativnih sustava unutar Linuxa. VMware, VirtualBox, Virtual PC, Virtual Server, Hyper-V (dostupan jedino na 64-bitnoj verziji Vista SP2, Windows 7 i Windows Server 2008), Parallels i QEMU se mogu koristiti za pokretanje drugih operativnih sustava unutar Windowsa.

B)Binarna emulacija, alternativni API
U Linuxu nekoliko projekata koji uključuju Bordeaux, Cedega, CrossOver i Wine pokušavaju implementirati Windows API na gornjem dijelu Linuxa. Na Windowsima postoji nekoliko projekata za postavljanje Unix okruženja u sustavu Windows. Samo su Microsoft Windows Services za Unix podržani od strane Microsofta. Nepodržane alternative su LINA i Cygwin.

A) Zlonamjerni programi
Otkriveno je više od 800 dijelova Linux zlonamjernih programa. Neki su se zlonamjerni programi propagirali putem interneta. Međutim, u praksi, izvješća zlonamjernih programa na sustavima temeljenim na Linuxu su vrlo rijetka. Ipak za Linux postoje anti-malware alati kao što su ClamAV i Panda Security's DesktopSecure. Jednom kad je zlonamjerni program prisutan na Windows sustavima, ponekad ga može biti nevjerojatno teško pronaći i otkloniti.

B) Otvoreno vs. Zatvoreno
U Linuxu tvrde da je njihova platforma sigurnija jer je njezin kod pregledan od strane puno ljudi koji su otklonili pogreške sustava. Bilo tko tko ima znanja u programiranju može besplatno popraviti pogreške, te ih dostaviti tako da budu uključeni u budućim verzijama i ažuriranjima. U Windowsu pak tvrde da je njihova platforma sigurnija zbog sveobuhvatnog pristupa sigurnosti koristeći Security Development Lifecycle. Međutim, budući da je Windows zatvorena platforma, samo Microsoft programeri (ili licencirani programeri treće strane) mogu popraviti pogreške.

C) Korisnički račun
U Linuxu korisnici obično pokreću ograničene račune budući da imaju kreiran administratorski račun (pod nazivom „root“) i najmanje jedan korisnički račun tijekom instalacije. U Windows Visti sve prijavljene sesije (čak i one od administratorskih korisnika) se pokreću sa standardnim korisničkim dozvolama, sprječavajući na taj način zlonamjernim programima (i neiskusnim korisnicima) dobivanje potpune kontrole sustava.