Imati pristup izvornom kodu je vjerojatno najznačajnija razlika između Linuxa i Windowsa. Činjenica da Linux pripada GNU Public License osigurava da korisnici (svih vrsta) mogu pristupiti i mijenjati kod na kernelu koji služi kao temelj za Linux operativni sustav. Za razliku od Linuxa takva stvar je kod Windowsa nemoguća. Osim ako smo član odabrane grupe (i za mnoge, elite) nikad nećemo moći vidjeti izvorni kod Windowsa, te kako su oni napravljeni.

Zajedno s pristupom dolazi i razlika u licenciranju. S Linux GPL-licenciranim operativnim sustavom, slobodni smo izmjenjivati taj sustav i koristiti ga, te ga čak ponovno objaviti i prodati (sve dok kod napravimo dostupnim). Također s GPL-om, možemo preuzeti jednu kopiju Linux distribucije (ili aplikacija), te instalirati na onoliko računala koliko želimo. S Microsoft licencom ne možemo napraviti ništa od gore navedenog. Ograničeni smo brojem licenci koje kupimo, tako da ako kupimo 10 licenci možemo instalirati legalne verzije Windowsa na samo 10 računala.

To je jedna od stvari gdje većina tvrtki okrene svoja leđa Linuxu, ali to stvarno nije potrebno. S Linuxom imamo podršku ogromne zajednice putem foruma, online pretraživanja i obilju posvećenih web stranica. Naravno ako osjetimo potrebu možemo kupiti ugovore o podršci od nekih većih Linux kompanija (Red Hat i Novell primjerice). Međutim kada koristimo podršku kolega svojstvenu Linuxu, postajemo žrtvom vremena. Možemo imati problema s nečim, poslati e-mail na popis primatelja ili objaviti problem na forumu i u roku od 10 minuta biti pretrpani s prijedlozima. Na drugoj strani medalje je podrška za Windows. Možemo napraviti istu stvar kao i na Linuxu i očekivati rješenje od svojih kolega. Postoji jako puno stranica pomoći / foruma / popisa za Windows kao i za Linux. Ili možemo kupiti podršku za Windows.

Jedno pitanje koje polako postaje nepostojeće je hardverska podrška. Prije mnogo godina ako ste htjeli instalirati Linux na računalu trebali ste biti sigurni da ste ručno izabrali svako komad hardvera ili vaša instalacija ne bi radila 100-postotno. S Windowsima znamo da će gotovo svaki dio hardvera raditi s operativnim sustavom. Naravno, postoje i situacije kada ćemo izgubiti dosta vremena kako bi pronašli odgovarajuće upravljačke programe za taj komad hardvera od kojeg više nemamo instalacijski CD. No, s druge strane možemo ići kupiti najjeftiniju mrežnu karticu i ona će savršeno raditi na računalu (sve dok imamo ili možemo pronaći odgovarajuće drivere).

Bez obzira koliko Linux operativni sustav bude napredovao i koliko nevjerojatno desktop okruženje bilo, komandna linija će uvijek ostati neprocjenjiv alat za administracijske svrhe. Možemo koristiti Linux računalo godinama i nikad dotaknuti komandnu liniju. Ista stvar je i s Windowsima. Možete koristiti komandnu liniju s Windowsima, ali ni u približnoj mjeri kao kod Linuxa. Microsoft također nastoji korisniku zamračiti komandne upite. Ako korisnik nikad ne ide na Run i upiše cmd, nikad neće ni znati da uopće postoji alat za pisanje komandne linije.

U Linuxu imamo (s gotovo svakom distribucijom) središnje mjesto gdje možemo pretraživati, dodavati ili otklanjati softver. Ovdje govorimo o sustavima upravljanja paketima, kao što je Synaptic. Sa Synapticom možemo otvoriti jedan alat, pretraživati aplikacije (ili grupe aplikacija), te instalirati te aplikacije bez da moramo napraviti bilo kakvo web pretraživanje (ili kupnju). Windows nema ništa slično ovome. S Windowsima moramo znati gdje gdje pronaći softver koji želimo instalirati, preuzeti softver (pokrenuti CD na računalu) te pokrenuti setup.exe ili install.exe s jednostavnim dvostrukim klikom. Mnogo godina se smatralo da je instaliranje programa na Windowsu jednostavnije nego na Linuxu. To se sada promijenilo, te je instalacija na Linuxu jednostavna, bezbolna i centralizirana.

Da bi lakše opisali razliku između Linuxa i Windowsa u ovom segmentu uzeti ćemo za primjer sobu gdje su pod i strop ili pokretni ili ne. S Linuxom imate sobu gdje se pod i strop mogu podignuti ili spustiti po volji visoko ili nisko kako nam god odgovara. S Windowsima su taj strop i taj pod nepomični. Ne možete ići dalje nego Microsoft smatra da je potrebno ići. Uzmimo npr. desktop. Osim ako ste spremni platiti i instalirati neku aplikaciju trećih strana koja može izmijeniti izgled desktopa s Windowsima ste zapeli na onome što Microsoft smatra savršenim desktopom za vas. S druge strane ako koristite Linux možete poprilično puno izmijeniti vaš desktop da izgleda onako kako želite ili kako vam je potrebno.

Ono o čemu je ovdje riječ je sposobnosti svojstvenu Linuxu da zaustavi različite razine pokretanja. S tim možete raditi ili iz komandne linije (3. razina pokretanja) ili GUI-a (5. razina pokretanja). Kada imamo neki problem možemo pokrenuti 3. razinu, prijaviti se kao root, te pronaći i riješiti problem. S Windowsima ste sretni ako dobijete komandnu liniju preko safe moda – i tada možete ili ne morate imati alat da bi riješili taj problem. U Linuxu, čak i na 3. razini pokretanja, još uvijek možete dobiti i instalirati alat koji će nam pomoći riješiti problem.