A bordo de uma nave da Federação, Gui-Gon Jinn e Obi-Wan Kenobi são recebidos por um robô protocolar, TC-3, que comunica a seus superiores que os mediadores são Jedis. É nesta cena em que Obi-Wan diz a frase "Tenho um mau pressentimento sobre isso". A intuição do jovem Jedi se confirma quando a sala em que esperam se enche de gás e eles são atacados por robôs guerreiros. Eles conseguem escapar e retornam ao planeta Naboo, graças à intervenção salvadora do robô R2D2, que conserta um sério problema elétrico na nave. Durante o resgate da rainha, a nave é atacada e é forçada a aterrisar no planeta desértico de Tatooine, o qual é regido pelos Hutts (da mesma raça de Jabba). Enquanto Kenobi e Ric Olié (um piloto Naboo) consertam a nave, Gui-Gon Jinn, Jar Jar e Amidála (disfarçada em roupas comuns como Padme) rumam para a cidade de Mos-Espa. Na cidade, eles chegam à loja de peças e quinquilharias de Watto (uma criatura bizarra e gananciosa, criada em computador). É quando Qui-Gon descobre Anakin, escravo de Watto, e sente a forte presença da Força no menino, muito habilidoso com máquinas e na pilotagem de "pod-racers". É das mãos de Anakin que sairá a primeira versão de C3PO, o dourado robô falastrão da primeira trilogia. Apesar de Gui-Gon tentar influenciar Watto com o uso da Força, ele não permite que Anakin parta e se recusa a vender peças para a nave. Watto não aceita a moeda da República. O Jedi segue Anakin até sua casa, devido a uma tempestade de areia, e lá conhece sua mãe, Shmi. Cientes da importância do treinamento de Anakin, eles concordam que a melhor maneira de escapar é usar o dinheiro de Amidala para inscrever Anakin em uma corrida de naves. Se ele ganhar, o dinheiro poderá ser usado para reparar a nave da rainha. Qui-Gon aposta com Watto que Anakin irá vencer a corrida.

A Fuga de Tatooine

Mais novo e mais magro, o asqueroso Jabba the Hutt - vilão reconstruído por computador na Edição Especial de Guerra nas Estrelas - é quem comanda as corridas. Apesar da sabotagem do piloto campeão, Sebulba, Anakin vence e a nave é consertada. Após Anakin se envolver em uma briga, Qui-Gon percebe a tendência do garoto para o Lado Negro e o alerta. 
Mas o vilão Darth Maul conspira nas sombras. Enviado por Darth Sidious, ele ataca a nave para eliminar a rainha e os Jedis, mas é derrotado por Qui-Gon Jinn. O grupo consegue escapar e se dirige para Coruscant, ao encontro do Senador Palpatine e do chefe supremo do Senado Galáctico, o Chanceler Valorum.
O Conselho Jedi
A rainha Amidála tenta convencer o Senado a autorizar uma ofensiva militar da República para libertar Nabbo. Obi-Wan e Gui-Gon levam Anakin à presença do Conselho Jedi, para pedir permissão e inicar seu treinamento. Mas o Lado Negro da Força é latente demais no garoto, e o Conselho proíbe Gui-Gon de treinar Anakin nos mistérios da Força. Depois do encontro, Obi-Wan, o mestre Yoda e Gui-Gon travam um diálogo sobre o futuro do menino. Gui-Gon insiste em que Anakin é uma espécie de escolhido, mas Yoda resiste e tenta convencer o Jedi de sua malignidade inata, argumentando que ele já tem um aprendiz: Obi-Wan. Contra a vontade do Conselho, Gui-Gon decide treinar Anakin, alegando que Obi-Wan já terminara seu treinamento. 

A Batalha de Naboo

Contrariando os conselhos dos Jedis, a rainha Amidála decide retornar a Naboo e defender sei povo contra a sanha de Darth Sidious e seu aprendiz. Auxiliados por Jar Jar Binks, a rainha, os Jedis e Anakin se escondem entre os Gungans. Como a "plebéia" Padme, Amidala revela sua verdadeira identidade e sela uma aliança com o líder Gungan, Boss Nass, para a defesa do planeta. As tropas da República se reúnem no palácio da rainha e começa a batalha com os robôs guerreiros da Federação. É quando acontece o primeiro grande embate de sabres de luz entre Darth Maul e os Jedis. Durante a batalha, Anakin está escondido em um caça Naboo. Ao atirar nos robôs, acaba acionando os motores do caça e decola em direção à nave de guerra da Federação. Enquanto se defende dos ataques, Anakin acidentalmente acerta o reator principal, causando uma enorme explosão e destruindo a nave-mãe inimiga. Enquanto isso, os Jedis lutam com Darth Maul. Atingido mortalmente, Qui-Gon cai. Enfurecido, Obi-Wan lança-se sobre o vilão, partindo seu duplo sabre de luz ao meio e empurrando-o para a morte em um precipício. Obi-Wan promete a Gui-Gon que irá ensinar os mistérios da Força a Anakin e transformá-lo em um Jedi. Os tanques da Federação avançam sobre o exército Gungan, em uma batalha encarniçada. Com as artimanhas de Jar Jar e a destruição da nave-mãe da Federação, fazendo com que todos os rôbos dizem de funcionar, os Gungans vencem. 

O Mestre e o Aprendiz

Vencida a guerra, a paz volta a reinar na galáxia. No funeral de Gui-Gon Jinn, com todo o Conselho Jedi presente, Obi-Wan promete a Anakin transformá-lo em um verdadeiro Jedi. Neste momento, o sábio Yoda olha para Mace Windu, temerosos pela existência de outro lorde Negro do Sith. Yoda diz: 
Yoda: "- Sempre dois existem. Nem mais, nem menos. Mestre e Aprendiz." 
Mace Windu: "- Mas qual deles foi destruído, o Mestre ou o Aprendiz?" 

Personagens Principais

Anakin Skywalker (Jake Lloyd) - A nova saga narra a história de Anakin, o pai de Luke Skywalker, herói da primeira trilogia. Com apenas nove anos, o jovem Anakin revela grande habilidade com máquinas e na pilotagem de naves, além de uma inequívoca intimidade com a Força, reconhecida pelo Jedi Qui-Gon Jinn. Bondoso e otimista, Anakin não suspeita de seu destino. Muitos anos mais tarde, aliciado pelo imperador Palpatine, ele cede ao lado negro da Força e se torna Darth Vader, comandante do nefasto Império.

Shmi Skywalker (Pernilla August) - Mãe do jovem Anakin, Shmi é uma escrava em Tatooine. Ela permanece no planeta e instrui o filho a cumprir seu destino e seguir com os cavaleiros Jedi.

Obi-Wan Kenobi (Ewan McGregor) - Aos 25 anos, o futuro mentor de Luke Skywalker acaba de completar seu treinamento. Seu mentor é o Jedi Qui-Gon Jinn. Verdadeira lenda da Aliança Rebelde, na primeira trilogia Obi-Wan vive em exílio voluntário no deserto, devastado pelos rumos maléficos de seu aprendiz, Darth Vader. Em Episódio I, ele irá completar a instrução de Anakin como um verdadeiro Jedi.

Jedi Qui-Gon Jinn (Liam Neeson) - Mentor de Obi-Wan e nobre cavaleiro Jedi, Qui-Gon Jinn percebe o imenso poder de Anakin e tenta convencer o Conselho Jedi a permitir seu treinamento. Ele irá insistir no potencial do garoto, mesmo contra a vontade do Conselho.

Yoda (Frank Oz) - O mestre Jedi retorna em Episódio I, com sua fala ao contrário e sua sabedoria, como membro do Conselho Jedi. É Yoda quem alerta Qui-Gon sobre o futuro sombrio de Anakin: "Turvo é o futuro deste garoto. Sua idade mascara seu destino".

Rainha Amidála/Padme Naberrie (Natalie Portman) - Aos 14 anos, a jovem rainha de Naboo tenta desesperadamente salvar seu planeta dos terríveis ataques da Federação. Disfarçada em roupas comuns, ela é chamada Padme Naberrie. A ajuda dos dois Jedis será responsável pelo encontro entre Amidala e Anakin, união que irá gerar Luke Skywalker e a princesa Leia.

Darth Maul (Ray Park) - Vilão mortífero sob as ordens de Darth Sidious, Darth Maul é a personificação do Ladro Negro da Força. Munido de um duplo sabre de luz, sua missão é rastrear Tatooine e destruir os Jedis Qui-Gon Jinn e Obi-Wan Kenobi, protetores da Rainha Amidála. Os saltos e acrobacias são do próprio Ray Park, um especialista em artes marciais.

Darth Sidious (provavelmente Ian McDiarmid) - O Lorde Negro de Sith, a Ameaça Fantasma que dá nome a Episódio I. Com uma face assustadora, encoberta por um longo manto, pouco se sabe sobre Darth Sidious. Ele é a força misteriosa e conspiradora que rege a Federação. Provavelmente, suas aparições principais acontecem através de um holograma, como o Imperador em O Império Contra-Ataca. Especula-se que ele seja, na verdade, o senador Palpatine disfarçado. Somente o público saberá de sua existência, ignorada pelos personagens durante a história.

Senator Palpatine (Ian McDiarmid) - Senador da República Galáctica, Palpatine tem grande influência política. O futuro Imperador logo se revela um espírito maligno e manipulador, incorporando o lado negro da Força para realizar seus planos tirânicos e dominar a Galáxia.

Jar Jar Binks (Ahmed Best) - Criatura da raça Gungan, que vive nas profundezas subaquáticas dos pântanos de Naboo. Banido do convívio de seu povo, Jar Jar é salvo por Qui-Gon e decide acompanhar Anakin e os Jedis na defesa de Naboo. Ele tenta convencer os Gungans a lutar para defender seu planeta contra a Federação. Diz a lenda que seu nome foi inventado pelo filho de George Lucas, Jett, na verdade um balbucio ininteligível que o diretor entendeu como "Jarjar".

R2-D2 (Kenny Baker) - Em Episódio I, descobrimos que o simpático robô é originário de Naboo, e que já serviu a realeza. Em uma cena, no quarto do futuro Darth Vader , aparece um robô muito parecido com R2-D2, sugerindo ser o dróide uma criação do habilidoso Anakin... Como na primeira trilogia, R2-D2 terá participações decisivas nas batalhas.

C3PO - O hilário e falador andróide também reaparece, como uma criação de Anakin. Aparentemente "nu" nos primeiros estágios de sua construção, ele deve falar as primeiras bobagens da saga.

 
Jabba - Depois de passar por uma verdadeira plástica tecnológica na Edição Especial de Guerra nas Estrelas, o vilão se transformou em um monstro obeso e asqueroso, que retorna em versão mais "magra" e continua a aprontar das suas em Episódio I.