การย่อยอาหารของหอยกาบ มีทางเดินอาหารเป็นส่วนๆดังนี้

1. ปาก อยู่ใต้กล้ามเนื้อยึดฝาทางด้านหัว ประกอบด้วยช่องปากเล็กๆ 2 ข้างของปากมีแผ่นเนื้อรูปสามเหลี่ยมเรียกว่า เลเบียลพัลพ์ (Labial plap) ข้างล่ะ 1 คู่ ช่วยโบกพัดอาหารให้ตกลงไปในปาก

2. หลอดอาหาร เป็นท่อสั้น ต่อจากปากเข้าสู่กระเพาะอาหาร

3.  กระเพาะอาหาร เป็นถุงเล็กๆ ผนังหนาโดยกระเพาะอาหารจะฝังอยู่ในตับ ( Digestive gland) ซึ่งตับจะสร้างน้ำย่อยปล่อยลงสู่กระเพาะอาหาร

4.  ลำไส้ มีลักษณะเป็นท่อยาวขดไปขดมาฝังอยู่ภายในอวัยวะสืบพันธุ์ (Gonad) ส่วนปลายของลำไส้วกกลับขึ้นมาข้างบนในระดับเดียวกับกระเพาะอาหาร

5. ไส้ตรง เป็นท่อที่ต่อจากลำไส้โดยมีลักษณะเป็นท่อตรงยาวไปตามความยาวของลำตัวด้านหลังและผ่านเข้าไปในเพอริคาร์เดียมและแทงทะลุหัวใจส่วนเวนทริเคิลออกไป

6.  ทวารหนัก เป็นส่วนปลายของไส้ตรงอยู่เหนือกล้ามเนื้อยึดกาบทางตอนท้ายของลำตัวโดยทวารหนักเปิดออกตรงช่องน้ำออก (Excurrent siphon) ของหอยกาบ

อาหารของหอยกากได้แก่ พวกแพลงก์พืชและแพลงก์ตอนสัตว์เล็กๆซึ่งไหลปะปนมากับน้ำที่ไหลเข้าทางช่องน้ำเข้า (Incurrent siphon) เลเบียลพัลพ์ทำหน้าที่โบกพัดและกวาดให้อาหารตกลงไปในปาก ต่อจากนั้นจึงเข้าสู่หลอดอาหาร กระเพาะอาหารและลำไส้ตามลำดับ น้ำย่อยจากตับทำหน้าที่ในการย่อยอาหาร ส่วนกากอาหารที่ย่อยไม่ได้ก็จะถูกขับออกทางทวารหนัก และกำจัดออกจากตัวหอยพร้อมกับน้ำที่ไหลออกทางช่องน้ำออกต่อไป ทางเดินอาหารของหอยกาบเรนียงตามลำดับได้  ดังนี้