การย่อยอาหารของหนอนตัวกลม อยู่ในไฟลัมเนมาโทดา (Nematoda) มีทางเดิน เป็นแบบช่องเปิด 2 ทาง หรือท่อกลวง (Two Hole Tube) ทางเดินอาหารเริ่มต้นด้วยปากถัดไปเป็นคอหอย ซึ่งเป็นกล้ามหนาและสั้นต่อจากนั้นเป็นลำไส้เล็กยาวไปจนถึงทวารหนักซึ่งอยู่ที่ส่วนท้ายของตัว ในพยาธิไส้เดือนตัวกลมเพศผู้มีทวารหนักเปิดรวมกับท่อของระบบสืบพันธุ์เป็นทวารร่วมหรือโคลเอกา ( Cloaca) ส่วนเพศเมียทวารหนักและท่อของอวัยวะสืบพันธุ์จะแยกกันอาหารที่หนอนตัวกลมกินเข้าไปจะถูกย่อยและดูดซึมโดยลำไส้ซึ่งมีความยาวเกือบตลอดลำตัว ทางเดินอาหารของหนอนตัวกลมเรียงตามลำดับได้

   ดังนี้