Antônio de Carvalho e Almeida ao substituir Bernardo Vieira de Melo na administração da capitania do Rio Grande do Norte em 1701 procurou manter a paz com os índios e acalmou a agitação reinante, que fora provocada pela subordinação da capitania a Pernambuco, e incrementou a criação e incentivou o movimento colonizador para o sertão até o final de seu governo no ano de 1705 quando foi substituído por Sebastião Nunes Colares que governou de Dezembro de 1705 até 30 de Novembro de 1708, com uma administração muito apagada, e que no ato de sua posse, aconteceu um fato inusitado: e que o senado da câmara, não foi comunicado a respeito de sua nomeação para o cargo de capitão-mor, por este motivo a mesma hesitou em dar lhe posse do posto e, só o fez em atenção a Carvalho de Almeida que desejava se retirar. André Nogueira da Costa que havia prestado bons serviços em Angola, Bahia e Pernambuco e havia se distinguido como capitão do rio São Francisco tomou posse por um período de três anos em 30 de Novembro de 1708, governou com uma administração sem nenhum realce para a capitania até ser substituído por Salvador Álvares da Silva em 30 de Novembro de 1711, e que ao assumir o governo encontrou uma séria revolta dos índios que avançaram com toda ira contra o arraial de Açu, e que para contelos foi necessário o auxilio dos índios Paiacus, os quais serviram de guias às bandeiras para descobrirem os inimigos nas serras onde se acolhiam. Domingos Amado ao ser empossado em 20 de Março de 1714 atendendo as reclamações por parte do senado da câmara, solicitou ao capital general de Pernambuco que fizesse retornar o terço dos paulista que haviam partido de Açu, para combater os índios que haviam retornado aos ataques ao arraial, e no mês de  Julho de 1715 executou as ordens contida na carta régia que suspendia o bando que o Governador de Pernambuco Felix José Machado, mandara lançar para que todos os Tapuias de sete anos de idade para cima, lhe fossem remetidos para serem vendidos no Rio de Janeiro. No dia 23 de  Janeiro de 1718 Luís Ferreira Freire, que era um soldado sem cultura, violento e voluntarioso que servira por muitos anos nas províncias do Minho, Beira, Trás-os-Montes e Alentejo, tomou posse como capitão-mor da capitania do Rio Grande do Norte.

Para se apoderarem da pólvora ali existente para levar a destruição e o pânico em toda a capitania, o que não conseguiram graças a pronta defesa da valorosa infantaria, que desta vez puniu rigorosamente os indígenas insubmissos, ao matarem muitos deles, e fazendo com que, os que escaparam à morte ou à escravidão se internassem nos altos sertões da Paraíba e do Ceará, de onde raramente vinham inquietar os moradores do Rio Grande do Norte com suas investidas que não mais ofereciam os perigos de outrora; com isto foi feito a extinção do terço dos paulistas. Ferreira Freire que era um homem de maus costumes, andou praticando alguns atos  inadequado para o seu cargo, quando raptou uma moça e a fez de sua amásia, e tomou à força a escrava do Vereador Manuel de Melo Albuquerque e por conta destes fatos, o vereador recorreu à justiça, onde obteve um mandado para a entrega de sua escrava, do qual Freire tanto intimidou os oficiais de justiça que nenhum se quis prestar à execução do mandado, então o vereador recorreu ao Governador de Pernambuco Rolim de Moura, e por conta disto o capitão-mor mandou que Manuel de Melo fosse preso, no entanto o senado da câmara entendendo que a prisão arbitraria do vereador ofendia os seus privilégios, e por conta enviaram um comunicado ao governador de Pernambuco, que de imediato enviou uma ordem para que o capitão-mor soltasse o vereador. E após alguns dias em uma determinada noite o Capitão-mor Luís Ferreira Freire acompanhado de alguns soldados sob o comando do Capitão Francisco Ribeiro Garcia arrombaram a casa de Manuel de Melo e soltaram um de seus escravos e levaram a escrava que servia à casa,

E no dia 8 de Março de 1722, José Pereira da Fonseca foi empossado no exato momento em que a capitania ainda se encontrava sob a tensão do assassinato de seu antecessor, e para isto, ele determinou a abertura de duas devassas, sendo uma pelo juiz ordinário e outra pelo ouvidor geral, e que após muito trabalho não chegaram a nenhum resultado positivo sobre os nomes dos verdadeiros criminosos, o que gerou uma certa desconfiança entre o governador e a câmara do senado, mesmo depois que os vereadores foram substituído, e no decorrer de seu governo a frente da capitania, Pereira da Fonseca teve que conviver com um clima de insegurança, pois a todo instante havia um assassinato sem qualquer motivo, e nesta situação reinante a partir de 1723 a capitania começou a ser flagelada por uma devastadora seca, e como seu sucessor foi nomeado Domingos de Morais Navarro em 18 de janeiro de 1728.

E por conta da manifesta má vontade do governador de Pernambuco em relação à capitania do Rio Grande do Norte, ele prestou as mais variadas informações desfavoráveis para construção do hospício, que acabou não sendo fundado, e ao tomar posse em 19 de Março de 1731 João de Barros Braga criou a primeira cadeira de gramática latina cuja falta fora reconhecida pelo bispo diocesano quando da visita pastoral na capitania em 1728, destacadamente fora o auxilio mais eficaz que os jesuítas encontraram para suas obras e o melhor defensor que os povoadores tiveram na capitania onde muitas das vezes supriu com mantimentos aos índios aldeados, porém quando mandou justiçar com a morte um índio Tapuia que havia assassinado o seu senhor e cometido outras mortes, João de Barros Braga incorreu no real desagrado, e não obstante os seus longos e preciosos serviços o rei mandou tirar uma devassa para o capitão-mor e ao ser sentenciado na relação do estado, que passou mandado de prisão contra ele através do ouvidor da Paraíba, que ficou impossibilitado de cumprir a ordem, devido a interferência do governador de Pernambuco que se negou a cumprir sob o pretexto de que o capitão-mor João de Barros Braga estaria sob suas mercê, e para isto escreveu ao rei para que esquecesse da punição imposta ao capitão-mor do Rio Grande do Norte, e advertiu a João de Barros Braga para que não voltasse a sentenciar outros delinqüentes.

João de Teive Barreto de gênio ativo e trabalhador que as vezes o levava a praticar incursões descabidas em esferas de atribuições que não eram de sua atribuição, entrou no exercício de seu cargo em 22 de Outubro de 1734 muito preocupado com a administração da capitania, que entre elas estava a conveniência de ser feita em Natal a arrematação dos dízimos, a dispensa da autorização do governador de Pernambuco para que fossem assentadas praças de soldados nas companhias existente na capitania, a falta de armas e munição e material de guerra, pela necessidade de construir um fortim em um ponto aberto, e a rigorosa observância do contrato para a construção de uma cadeia e da casa da câmara e outras mais. E Francisco Xavier de Miranda Henriques que o substituiu, serviu como capitão-mor de Dezembro de 1739 a Maio de 1751 com exemplar honestidade a frente da capitania, Henriques não tinha posses, era paupérrimo, e por conta disto, em um certo dia foi-lhe preciso para matar a fome, pedir cem mil réis de empréstimos ao cofre dos órfãos, e se não fora a intervenção de seu secretário Caetano José Correia, o seu nome figuraria entre os daqueles que mendigavam ao governo, e em outra feita Miranda Henriques sustentou uma luta com o provedor, o quando ele contrariou ao apoiar os moradores da ribeira do Apodi que impediram a execução dos contratos celebrados com o arrematador Lourenço Correia de Lira que pedira garantia ao provedor que o atendeu e mandou notificar aos principais opositores, e como não conseguiu nada junto aos opositores, o arrematante viu-se na contingência de foragir-se. E por conta disto o provedor abriu uma devassa para o caso, onde foram pronunciada mais de vinte pessoas, e que entre os quais o Juiz Ordinário Matias Simões Coelho, que irritado por tal diligência de imediato recorreu ao capitão-mor, que atendendo ao pedido a ele formulado mandou abriu uma devassa do ocorrido, e para tal nomeou o juiz ordinário já comprometido na devassa feita pelo provedor, para semelhantes fins, e que por sua vez lhe solicitou as providências necessárias para que os contratos fossem executados. e que após ter sustentado a luta com o provedor ele foi repreendido e suspenso de suas funções durante quatro meses pelo governador de Pernambuco, devido as ordens recebida do governo de Lisboa. Após a suspensão Miranda Henriques continuou a governar por mais sete anos, e contra a longa duração de sua administração o senado da câmara em 23 de Abril de 1751 após ter conhecimento da nomeação de seu sucessor Pedro de Albuquerque e Melo, dirigiu-se ao rei reclamando que os governadores após três anos exercendo os seus cargos, acabavam criando grandes desconforto ao povo, porque se afeiçoavam a algumas pessoas e por razão destas, acabavam cometendo algumas injustiças, e quando da posse de Pedro Albuquerque e Melo em 30 de Maio de 1751, data a criação dos cargos de Juiz Ordinário e escrivão do Açu e Apodi e fez executar a mudança dos oficiais nos regimentos de milícia existente nas ribeiras do Açu, Apodi e na do Seridó, e de acordo com a descrição do Ouvidor Domingos Monteiro da Rocha em 27 de Julho de 1757 quase no final da administração de Pedro de Albuquerque e Melo a capitania do Rio Grande do Norte continha cento e dez léguas de cumprimento, pegando do Rio dos Marcos até a picada do Moxoró, e vinte e cinco léguas de largura que pegava da cidade de Natal até às cabeceiras do rio Apodi, e que em toda a capitania achavam-se as freguesias de Nossa Senhora da Apresentação onde se encontrava a cidade de Natal e que ao seu final tinha um lugar chamado de Ribeira que possuía um rio de água salgada de nome rio Grande e tinha sua barra onde se localizava a fortaleza da invocação dos santos reis magos, esta freguesia possuía algumas povoações com bastante moradores e se encontravam a de Ceará-mirim na parte norte da capitania que tinha o rio Ceará-mirim que nascia na serra de Cabugi, e rio Maxaranguape e o Punáu, outra povoação na parte norte era a de São Gonçalo que tinha o rio Potengi e para o sul tinha a povoação de Papari e a ribeira do Mipibu que tinha a capela de Nossa Senhora do Ó, e os rios Cururu e o Pirangi, a outra freguesia era a de Nossa Senhora dos Prazeres que possuía uma igreja matriz com bastante moradores na povoação de Goianinha e possuía o rio Cunhaú, a outra freguesia era a de São João na ribeira de Açu com igreja matriz e bem povoada e com quatro rios que eram os Água Mare, Tubarão, Manuel Gonçalves e o Açu, a freguesia de Nossa Senhora da Conceição estava localizada na ribeira do Apodi no lugar chamado Pau de Ferros com um igreja e muitos moradores e tinha o rio Apodi e a freguesia de Sant’ana estava localizada no lugar chamado de Caicó na ribeira do Seridó com duas povoações localizadas na matriz da freguesia e outra em Acari com uma capela e o rio Seridó.

Em 4 de Dezembro de 1757 ao tomar posse , João Coutinho de Bragança demonstrou que não escolhia meios para auferir avultados proveitos do cargo, pois em uma viagem que fez ao interior da capitania, a fim de passar revista aos regimentos do sertão, ele exigiu que cada componente lhe pagasse determinada quantia de acordo com o seu posto, sob pena de lhes não serem reconhecidos os postos em que tinham sido anteriormente providos, e acabou indo além, quando criou mediante propina dos indicados, novos postos em lugares onde não podia haver. Joaquim Felix de Lima governou de 14 de Junho de 1760 até 28 de Setembro de 1774, quando faleceu no exercício do cargo, e durante o seu governo, a Ordem dos Jesuítas já havia sido abolida em Portugal e nos seus domínios desde 3 de Setembro de 1759, e por conta disto, o Marquês de Pombal para por em pratica as medidas e providências necessárias a execução do ato, designou que viesse ao Rio Grande do Norte o Desembargador Bernardo Coelho da Gama Casco, para publicar o alvará e as leis que estabeleciam a liberdade das pessoas, o comércio dos índios, bem como o seu governo civil e a elevação a categoria de vila das aldeias indígenas e que fizesse cessar o governo temporal dos jesuítas nas aldeias de Extremoz e Arês, antigas missões de Guajiru e Guaraínas, que eram as únicas que se encontravam sob a direção dos jesuítas. Em 9 de Dezembro de 1761 foi criada a vila do Regente e para ali foram transferido os índios da missão do Apodi, em 22 de Fevereiro de 1762 a vila de São José que era a antiga missão de Mipibu a que tinha sido incorporada aos Pegas, antigos habitantes da serra de Cipilhapa que foi arrematada em toda a sua extensão em 19 de Novembro de 1761 por João do Vale Bezerra, e logo depois na aldeia de Gramacio, foi fundada a vila Flor em homenagem ao Governador de Pernambuco Dom Antônio de Menezes, Conde de Vila Flor. Com a criação das novas vilas, desapareceram todas as missões, e os indígenas passaram a ser governados pelos diretores, que sucederam aos padres jesuítas e que exploraram, escravizaram e martirizaram aos índios que em grande parte voltaram à vida errante dos primeiros tempo, onde eram perseguidos e esmagados. E em 3 de Fevereiro de 1766, foi criada a freguesia das Várzeas do Apodi com sede na antiga missão, e com o falecimento do Capitão-mor Joaquim Felix de Lima a capitania foi governada na conformidade do alvará com força de lei de 12 de Dezembro de 1770 pelo Ouvidor José Batista Freire e os vereadores mais velhos durante o longo período desde a data da morte do capitão-mor até 12 de Agosto de 1791, quando assumiu interinamente o governo da capitania o novo Capitão-mor Caetano da Silva Sanches, que em 7 de Fevereiro de 1798 teve ratificado a sua posse no governo da capitania do Rio Grande do Norte. E nesse dilatado período 1774 a 1800, de mais de um quarto de século a capitania do Rio Grande do Norte experimentou duas grandes secas nos períodos de 1777 a 1778 e o de 1791 a 1793 que foram extremamente desastroso para os moradores da ribeira de Apodi, onde existiam nesta época as freguesias de Apoli, Portalegre e Pau de Ferros, onde a lavoura era constituída pelo plantio da mandioga e possuíam um extraordinário desenvolvimento da industria pastoril que alimentavam a lucrativa industria das carnes secas estabelecidas em Mossoró e Açu. Convém entretanto salientar, que da extinção dessas industrias em 1778, quando o Capitão-general de Pernambuco, passou a permitir o preparo das carnes secas do Aracati para o norte, que com isto, resultou em consideráveis prejuízos, que não foram exclusivamente da ordem econômica, pois também agravou a questão de limites entre as capitanias do Ceará e do Rio Grande do Norte.