El 30 de julio de 1858 Miguel Miram�n fue ascendido a general en jefe del Primer Cuerpo del Ej�rcito de Operaciones, en sustituci�n de Osollo. Viaj� a la ciudad de M�xico para pedir ayuda y poder organizar una nueva campa�a en el interior.
Durante los pocos d�as que estuvo Miguel en la capital, hizo otra visita a Concha, quien hab�a pasado todo el tiempo que �l estuvo en campa�a, escondida en un convento, huyendo del compromiso matrimonial que hab�a hecho con el ingl�s Edward Perry, del cual se hab�a arrepentido por los enfermizos celos del ingl�s.
En la noche del 30 de julio estaba Concha en el balc�n de su casa cuando vio detenerse ante su puerta un carruaje tirado por dos caballos y con criados de librea. Del carruaje baj� Miguel que llegaba a ofrecerle su banda de general record�ndole su promesa hecha hac�a tres a�os de que cuando fuera general se casar�a con �l. Esa misma noche Miram�n pidi� la mano de Concha a su hermana Lupe quien trat� de evadir la respuesta haciendo preguntas sobre las batallas libradas por Miguel.
-"Ya las habr�n enterado los periodistas de eso, respondi� �l, ahora la �nica batalla que tengo entre manos es conquistar a Concha y tomar esta plaza fuerte."
Al despedirse le dijo a Concha que volver�a al d�a siguiente por su respuesta. Cumpli� su promesa y se present� en casa de las Lombardo al d�a siguiente. Concha le cont� las dificultades de su compromiso con Perry y su estancia en el convento. Ella segu�a indecisa y �l prometi� regresar la siguiente noche por su respuesta; esta vez no volvi�. En la ma�ana del 1 de agosto Concha recibi� la siguiente carta:
" Concha:
C�mo me da pena en estos momentos que son las dos de la ma�ana, escribir la noticia de que mi presencia es indispensable en Guanajuato; me marcho con el sentimiento de no poder decirte adi�s , pero con la esperanza de que a mi regreso ser�s m�a para siempre.
Miguel Miram�n"
En efecto en la madrugada del 1 de agosto de 1858 Miguel Miram�n sali� de M�xico hacia el norte para combatir a las tropas de Vidaurri. En Guanajuato reuni� el mayor n�mero de tropa posible. Contaba con cuatro mil hombres y esperaba que se le unieran los de Leonardo M�rquez y Tom�s Mej�a. El ej�rcito de Miram�n enfrent� a las tropas de Vidaurri en Ahualulco, cerca de San Luis Potos�. Vidaurri, a pesar de hallarse bien fortificado, fue rodeado con un movimiento envolvente dirigido por M�rquez, reforzado por Miram�on con un ataque frontal con la artiller�a y la caballer�a de Mej�a. El combate dur� tres horas y fue una derrota completa sobre las fuerzas liberales, lo cual le proporcion� a Miram�n un prestigio inmenso, sin embargo no pudo nuevamente perseguir a las vencidas tropas de Vidaurri por falta de hombres y dinero.
Durante este periodo escribi� varias cartas a Concha a quien ya consideraba su novia.
"La falta de tus cartas me hab�a hecho pensar mil necedades, entre otras cosas que prefer�as al hombre que ya otra vez se interpuso hace tres a�os (Perry) "
"No tengas cuidado por mi campa�a, que es segura la victoria, pero s� debes pedirle a Dios que me esperen, pues si huyen como acostumbran hacerlo, quien sabe cuando concluir� lo de estos rumbos"
"Tengo el sentimiento de decirte que me parece que s�lo por donde yo marcho va la fortuna pues no ignorar�s los sucesos de Tampico, Aguascalientes y Huauchinango, y como yo no puedo estar en todas partes, temo a la larga cansarme y tomar la decisi�n de marcharme al extranjero".
Y no le faltaba raz�n a Miram�n; los conservadores sufr�an derrotas por donde quiera y s�lo triunfaban en donde �l estaba. En Morelia, el gobernador Epitacio Huerta y el general liberal Miguel Blanco saquearon la Catedral, llev�ndose joyas que adornaban las im�genes y plata labrada, con el af�n de reunir dinero y poder poner en movimiento fuerzas para atacar a Miram�n. Huerta envi� a Blanco a ocupar Guanajuato, pero habiendo antes ocupado esa ciudad los conservadores, y aprovechando que el destacamento de Miram�n estaba en San Luis, Blanco se dirigi� a la Ciudad de M�xico. El 13 de octubre se introdujo en Tacubaya, tom� el Castillo de Chapultepec y se extendi� hasta la garita de San Cosme de donde fue rechazado por las fuerzas del general Miguel Pi�a. Blanco escondi� el bot�n del saqueo de la Catedral de Morelia en una casa en Tacubaya perteneciente al ministro norteamericano Forsythe, misma que �ste rentaba al pretendiente ingl�s de Concha Lombardo, Edward Perry. Blanco huy� de la ciudad dejando comprometido a Perry quien fue puesto bajo arresto por orden del presidente Zuloaga en la prisi�n de La Acordada. dejando a Concha por fin libre de su compromiso.
Miguel Miram�n fue mandado llamar por Zuloaga y, dejando a Francisco V�lez a cargo de la plaza de San Luis y enviando a Leonardo M�rquez a Guadalajara que estaba sitiada por Santos Degollado, parti� hacia la ciudad de M�xico, a donde lleg� el martes 20 de octubre.
Lo primero que hizo Miguel al llegar a la capital fue ir a ver a Concha.
-"He querido saludarte, le dijo, antes de ver al Presidente. Pero esta noche vuelvo para que hablemos en serio".
Miram�n cumpli� su promesa y se present� a las ocho en punto en casa de las Lombardo.
-"No encuentro paz lejos de ti, le dijo a Concha, y si me amas es preciso que te vengas conmigo a San Luis Potos�.. Mi estancia en la capital ser� corta, pero nos podemos casar antes de marcharme.
-"Y cuando nos casar�amos", pregunt� Concha
-"Ma�ana si quieres, puedo arreglarlo todo en 24 horas"
-"�Dios m�o, casarnos ma�ana! Si tan siquiera fuera domingo".
-"Pues bien nos casaremos el domingo", declar� Miguel, y diciendo esto llam� a las hermanas de Concha y les inform� que la boda se efectuar�a el domingo siguiente. Acto seguido se retir� para ir a informar a sus padres.
El d�a siguiente, jueves, se present� Miram�n con dos testigos frente a los cuales Concha prometi� ser su esposa. M�s tarde �l le envi� dinero para que ella pudiese comprar su ajuar de bodas y adem�s de regalo de bodas le envi� un abanico de concha n�car, un collar de aderezo y una pulsera de brillantes.
Aquella misma noche del jueves, Miram�n volvi� a casa de Concha, acompa�ado de su amigo Nicol�s de Ycaza, para informarle a su prometida que el presidente Zuloaga y su esposa Do�a Mar�a Palafox de Zuloaga, ser�an los padrinos de boda, la cual se realizar�a por lo consiguiente en Palacio Nacional. Concha se neg� a esto �ltimo e insisti� en que por ser hu�rfana, o se casaba en la iglesia o en su propia casa, y as� se hizo. El domingo 24 de octubre, fiesta del Arc�ngel Rafael, Miguel Miram�n y Concepci�n Lombardo se casaron en casa de la novia, en la calle de la Canoa. Ofici� la ceremonia el obispo Joaqu�n Madrid y la apadrinaron el Presidente Zuloaga y su esposa. Al terminar la ceremonia se dirigieron todos a Palacio Nacional, en donde tuvo lugar la misa de velaci�n y se sirvi� un desayuno. Despu�s Miguel y Concha se dirigieron a la Villa de Guadalupe a dar gracias por su feliz enlace. Aquella misma tarde, el presidente Zuloaga les ofreci� una comida en Palacio Nacional.
Tres d�as despu�s de su matrimonio, el 27 de octubre, Miguel se enter� que las fuerzas liberales de Santos Degollado hab�an tomado Guadalajara, que era defendida por el general conservador Blancarte. La capital tapat�a hab�a ca�do despu�s de 31 d�as de sitio, siendo asesinados los principales jefes de la defensa. El general Blancarte fue asesinado a quemarropa frente a la casa donde se alojaba.
Miram�n no contaba con tropas organizadas para ayudar a los vencidos ej�rcitos de Guadalajara. Acompa�ado de Concha, se traslad� a San Luis Potos�, en donde reuni� tropas para emprender una campa�a contra Degollado y recuperar Guadalajara. Para el 8 de diciembre, las tropas de Miram�n se hallaban ya concentradas en Tepatitl�n. El 11 se bati� con Degollado. Forz� la entrada por el puente del r�o Poncitl�n. En le pueblo de San Miguel, a cinco kil�metros de Poncitl�n, las tropas de Miram�n dieron alcance a cuatro mil hombres del ej�rcito liberal, Miram�n se apoder� de varias piezas de artiller�a (28 ca�ones) armas (800 fusiles) parque y cerca de 500 prisioneros. Las fuerzas liberales que defend�an el puente y el frente del ej�rcito, se retiraron con Degollado por el camino a Colima
El 15 de diciembre, el "Joven Macabeo" entr� triunfante a la capital tapat�a, entre ruidos de cohetes, salva y m�sica, que festejaban su llegada. Lanz� dos proclamas, una a la poblaci�n y otra a sus soldados, enalteci�ndolos por su valor. Despu�s de restablecer la autoridad civil, puso de nuevo en marcha al ej�rcito para alcanzar a las fugitivas tropas de Degollado. Les dio alcance en las barrancas de Atenquique. Miram�n rode� las posiciones, cruzando barrancas y r�os, y capturando la ciudad de Colima, cort� cualquier posibilidad de retirada por parte de los liberales. El d�a 25 de diciembre regres� para sorprender al enemigo por la retaguardia y el 26 se enfrent� a las tropas de Degollado en una sangrienta y re�ida batalla de una hora y media y que ser�a la completa derrota de Degollado. El general Ram�rez de Arellano, dir�a de Miram�n, a�os despu�s: "Parec�a dichoso en medio de la batalla"
Mientras Miram�n combat�a a Degollado en Guadalajara, el presidente Zuloaga organizaba una campa�a contra Veracruz en donde Ju�rez hab�a establecido su gobierno. Se form� otro cuerpo de ej�rcito, llamado de Oriente, poni�ndose al frente el general Miguel Mar�a Echegaray. En noviembre, Echegaray hab�a atacado con �xito el castillo de Perote, en donde estaban fortificados los liberales.
Para el 21 de diciembre Echegaray y sus topas estaban en Ayotla, a s�lo unos cuantos kil�metros de la capital, en donde se pronunciaron en contra del gobierno de Zuloaga. Echegaray lanz� un plan nombrado con su propio apellido, en el cual calificaba a Zuloaga de inepto. Dos d�as despu�s, la guarnici�n de la Ciudad de M�xico, se pronunci� en favor del Plan de Echegaray, y proclamaron al general Manuel Robles Pezuela como su jefe. Vi�ndose acorralado, Zuloaga dimiti� y se refugi� en la legaci�n inglesa. Robles Pezuela acept� la dimisi�n y qued� provisionalmente al frente del gobierno del pa�s.
Miram�n, al enterarse de lo que ocurr�a en la capital, se indign� y decidi� sostener el gobierno de Zuloaga. Se apresur� a organizar una tropa para marchar a la capital. Sin embargo, desconfiando de lo que pudiera encontrar all�, mand� en avanzada a sus hermanos Mariano y Carlos, con el 2do, y 4to, batall�n. Para dejar estable el gobierno en Guadalajara, nombr� gobernador al general Leonardo M�rquez.
El 1 de enero de 1859, se reuni� en la capital una junta de notables para resolver las situaci�n del gobierno y nombrar un nuevo presidente de la Rep�blica. Robles Pezuela obtuvo solamente 46 votos, contra 50 de Miguel Miram�n.
En Guadalajara, aun ignorante de que hab�a sido electo presidente, Miram�n sali� ileso de un accidente que estuvo a punto de costarle la vida. El 10 de enero se incendi� el parque almacenado en el Palacio de Gobierno, haciendo volar el edificio. Dos d�as despu�s del accidente, el 12 de enero, Miram�n se puso en marcha rumbo a la capital, al frente de un poderosos ej�rcito. Al llegar a Tepatitl�n fue informado de que hab�a sido nombrado presidente .
Una vez en la capital, dej� en claro que: "He venido a esta capital no a ocupar la primera magistratura de la Rep�blica a que la revoluci�n me llamaba, he venido a indicar al ej�rcito el verdadero camino del honor, a hacer volver sobre sus pasos a las tropas que, sin advertirlo, orillaban a un abismo el orden nacional, a restituir el poder a manos de la persona electa, conforme a un plan pol�tico verdaderamente nacional".
Pero Zuloaga era impopular, y �l lo sab�a. Temiendo que hubiera un nuevo levantamiento se volv�a �l a tomar el gobierno en sus manos, insisti� con Miram�n para que aceptara asumir la presidencia de la Rep�blica. Miguel acept� y dos d�as antes de sumir la presidencia, el 2 de febrero de 1859, escribi� un manifiesto a la Naci�n: "No ha muchos d�as fui llamado a la Presidencia de la Rep�blica. Resuelto a sacrificarme por mi patria de cualquier manera... no pude aceptar las consecuencias de un pronunciamiento, que ped�a a Dios fuese el �ltimo que figurara en nuestra historia. Hoy me llama al gobierno la autoridad que tiene poder para ello: Zuloaga y no Robles; hoy se considera mi administraci�n como indispensable... a fin de hacer la campa�a de Veracruz y acepto porque mi deseo es ser �til a la patria... Yo protesto que no permanecer� en este puesto, sino el tiempo absolutamente preciso para remover los obst�culos que se presenten para llevar a cabo la reconquista del primer puerto de la Rep�blica". Miram�n encamin� todas las actividades de su gobierno en alcanzar el objetivo que se�ala en su manifiesto: la reconquista de Veracruz.
El 17 de febrero se puso en marcha rumbo al puerto. Mandaba la divisi�n de reserva el general Fernando Casanova. Miram�n desconfiaba del general Robles Pezuela, debido a los recientes acontecimientos, por lo que decidi� llevarlo consigo, poni�ndolo al frente de la divisi�n de ingenieros.
Las condiciones en Veracruz no fueron lo que Miguel esperaba. Logr� sitiar el puerto, pero su ej�rcito no era numeroso y se vio mermado aun m�s por la fiebre y la disenter�a. Los refuerzos que esperaba de la capital, jam�s llegaron. M�s tarde, Miram�n escribi�: "Cuando en lugar de recibir los auxilios que imperiosamente necesitaba, o la noticia al menos de su pr�xima llegada, tuve la de que el m�s decidido empe�o del Ministerio, hab�a sido impotente para proporcionarlos".
El sitio se prolong� hasta el 29 de marzo, estando el ej�rcito sitiador en �nfimas condiciones. D�as m�s tarde escribe Miram�n: "Por desgracia la campa�a de Veracruz, lejos de tener el �xito brillante que era de esperarse, ha venido ha ser una prueba m�s de que nada valen los esfuerzos de unos pocos, si no son ayudados por la mayor�a". La ineptitud de su gabinete hab�a hecho fracasar el sitio de Veracruz.
Mientras tanto, Degollado, contando con el apoyo de Ju�rez, tomaba la capital con el prop�sito de distraer a Miram�n y lograr que levantara el sitio de Veracruz. A pesar de que le sitio fue efectivamente levantado, Ju�rez orden� a Degollado que continuara con el ataque a la capital.
El 11 de abril, las tropas liberales intentaron entrar a la capital por San Cosme, fracasando rotundamente. El general Leonardo M�rquez, que comandaba el ej�rcito que defend�a la ciudad, forz� a Degollado a un encuentro en Tacubaya. El encuentro fue muy desventajoso para Degollado, pues solo contaba con seis mil hombres y veinte ca�ones mientras M�rquez atacaba con nueve mil hombres y noventa ca�ones.
Degollado y su ej�rcito sufrieron una derrota total y M�rquez se apoder� de un sinn�mero de prisioneros, tanto militares como civiles. Miram�n hab�a dado la orden de fusilar a los militares, que hab�an pertenecido al ej�rcito conservador y hab�an desertado pas�ndose a las filas liberales. Sin embargo, M�rquez, por decisi�n propia, fusil� a cuanto prisionero tuvo a su alcance, entre ellos a un abogado de nombre J�uregui y a cuatro m�dicos que prestaban sus servicios a los heridos. Despu�s M�rquez se lav� las manos de los sangrientos acontecimientos de Tacubaya, y la opinip�n p�blica culp� a Miram�n del asesinato de tantos inocentes. A�os m�s tarde, durante su proceso, Miram�n respondi� defendi�ndose del cargo de la matanza de Tacubaya: "....las ejecuciones ni ordenadas ni autorizadas por mi sino solamente respecto a los oficiales prisioneros pertenecientes al ej�rcito que se hab�an pasado al enemigo y a quienes se aplic� una ley. La muerte de otros prisioneros me disgust� y la desaprob� y si no castigu� la responsable, que fue el general M�rquez, fue porque era el vencedor, y se sabe cuan dif�cil es administrar justicia en M�xico en casos como el que se trata..."
Despu�s del sitio de Veracruz y de la matanza de Tacubaya, Miram�n se enfrent� a problemas de pol�tica interna y externa, consecuencias de la mala administraci�n de Zuloaga. El ex-presidente hab�a perdido el favor de Estados Unidos pues se hab�a rehusado a aceptar la propuesta del ministro Forsythe de vender a Estados Unidos los estados de Baja California, Chihuahua, Sonora y Sinaloa. El gobierno de Ju�rez, en cambio, hab�a negociado con el gobierno norteamericano un pr�stamo de cuatro millones de pesos, de los cuales dos eran para la paga de reclamaciones de norteamericanos residentes en M�xico, a cambio del derecho de paso perpetuo de Estados Unidos por territorio mexicano (Tratado MacLane-Ocampo). Por esta raz�n el gobierno norteamericano reconoc�a el gobierno de Ju�rez como leg�timo.
Miram�n escribi� a este respecto: "Nuestras revoluciones han tra�do al pa�s a tal estado de debilidad que en un caso dado, en el evento de un rompimiento con una potencia extranjera el honor nacional tendr�a mucho que sufrir, y esto precisamente cuando los trastornos interiores pueden presentar m�s f�cilmente motivos de queja a las naciones amigas. Por otra parte las tradiciones de la Rep�blica deben tener siempre en vigilancia al gobierno respecto a la pol�tica de la Uni�n Americana, cuyos �ltimos actos oficiales deben alarmarnos m�s seriamente. Yo no pierdo la esperanza de que el conocimiento de los verdaderos sentimientos que me animan, al ver en mi administraci�n un gobierno tan amante de la verdadera libertad, de la civilizaci�n y del progreso como el que m�s, atraiga a la causa del orden las simpat�as del gabinete norteamericano".
El escrito anterior es parte de un Manifiesto que public� Miram�n el 12 de julio de 1959, con su programa de gobierno, en el cual plantea por primera vez una nueva noci�n de gobierno resumida en la siguiente frase: �poca pol�tica, mucha administraci�n� Casi al mismo tiempo, Ju�rez y su gabinete se dedicaban a expedir las Leyes de Reforma, mediante las cuales se confiscaban y nacionalizaban todos los bienes de la Iglesia, lo que correg�a y reafirmaba la Ley Lerdo de 1856. Entre otras cosas estas leyes suprim�an las �rdenes religiosas, se prohib�a la fundaci�n de nuevos conventos, se nacionalizaban los cementerios; los libros, impresos, manuscritos, pinturas, antig�edades y dem�s objetos pertenecientes a las �rdenes religiosas, se aplicaban a los museos, bibliotecas y otros establecimientos p�blicos; quedaban cerrados perpetuamente los noviciados. Se institu�a la libertad de cultos y se establec�a la separaci�n de la Iglesia y el Estado, reafirmando el concepto de la soberan�a absoluta del �ltimo.
En cambio en el Manifiesto de Miram�n se desconoc�a la Ley Lerdo: �... ser�a una equivocaci�n grosera desconocer un elemento poderoso que enardece la lucha desoladora que sacrifica la Rep�blica: hablo de los intereses cuantiosos, creados como consecuencia de la funesta ley del 25 de junio de 1856. Reconozco la nulidad de esa ley; protesto por mi honor el m�s alto respeto y la m�s segura garant�a a los intereses de la Iglesia; protesto por mi honor que no ser� yo quien meng�e un solo centavo de sus riquezas; protesto sostener vigorosamente sus prerrogativas y su independencia; pero estoy resuelto a adoptar el camino m�s conforme con nuestras creencias y con los estatutos can�nicos, para aniquilar ese germen de discordia que alimentar� siempre la guerra civil en la Rep�blica, y cuento con ser secundado para mi prop�sito por el sentido recto y e ilustrado del venerable clero mexicano�.