El 23 de noviembre de 1855 don Juan �lvarez apoy� la Ley de Administraci�n de justicia o Ley Ju�rez, creada por el Lic. Benito Ju�rez que ocupaba el cargo de Ministro de Justicia. Esta Ley suprim�a los fueros eclesi�sticos y militares en los asuntos civiles. El grupo de los liberales moderados que buscaba una convivencia pac�fica y arm�nica con la Iglesia, se opuso a esta ley. El gobernador de Guanajuato, Manuel Doblado se pronunci� en contra de la Ley Ju�rez y del gobierno de �lvarez y con el apoyo de los moderados fue proclamado presidente don Ignacio Comonfort que hasta entonces hab�a ocupado el cargo de Ministro de Guerra. Don Juan �lvarez, agobiado por las presiones que ejerc�an sobre �l los moderados, reconoci� como jefe de la naci�n a Comonfort que tom� posesi�n del cargo el 11 de diciembre.
Al d�a siguiente, 12 de diciembre, estall� una revuelta en Zacapoaxtla, poblado enclavado en la sierra de Puebla, encabezada por el cura del lugar, en protesta porque en la convocatoria a elecciones para formar el Congreso Constituyente, los sacerdotes hab�an sido inhabilitados para ejercer el voto y para ser votados. El Plan de Zacapoaxtla firmado por Francisco Ortega y Garc�a y Lorenzo Bulnes desconoc�a el gobierno de Comonfort y todos sus actos y se apegaba a las Bases Org�nicas de 1836.
El 14 de diciembre el regimiento al cual pertenec�a Miguel Miram�n, bajo las �rdenes del coronel Rafael Benavides, fue enviado a Zacapoaxtla a combatir a los rebeldes. Personalmente, Miram�n y muchos otros de sus compa�eros de armas, estaban de acuerdo con la sustancia del Plan de Zacapoaxtla y estaban inconformes de pelear contra los hombres que lo proclamaban. El 19 de diciembre se adhirieron al Plan algunos militares como Francisco G�itian, Juan Olloqui y Luis G. Osollo, este �ltimo compa�ero y amigo de Miram�n en los tiempos del Colegio Militar. El Plan sufri� entonces algunas modificaciones como apegarse a las Bases Org�nicas de 1843 en lugar de a las de 1836.
Cuando la brigada de Miram�n lleg� al pueblo de Tlatlaquitepec, un lugar c�lido y h�medo, con barrancas cubiertas por una exuberante vegetaci�n, Miguel sublev� a sus hombres e hicieron prisionero al coronel Benavides, para unirse a los rebeldes de Zacapoaxtla. Era el 25 de diciembre de 1855.
El 23 de enero los rebeldes encabezados por Antonio Haro y Tamariz, a quien acompa�aban Luis G. Osollo, Severo del Castillo y Miguel Miram�n se apoderaron de la ciudad de Puebla. Una vez al tanto de lo que suced�a en la capital poblana, el presidente Comonfort moviliz� todas sus tropas en contra de los rebeldes. Inexplicablemente Haro y Tamariz y sus hombres permanecieron inactivos en Puebla en vez de avanzar hacia la capital y cuando quisieron hacerlo ten�an ya encima a las tropas de Comonfort. Miram�n y sus tropas trataron de desalojar al enemigo desde el cerro de Ocotl�n. Despu�s de dos horas de batalla encarnizada, Haro y Tamariz orden� replegarse hacia la ciudad y pronto quedaron sitiados, resistiendo dieciocho d�as despu�s de los cuales tuvieron que capitular.
Por decreto de Comonfort los oficiales vencidos quedaron a disposici�n del Gobierno como simples soldados rasos. Osollo y Del Castillo lograron escapar hacia Veracruz de donde se embarcaron al extranjero. Miram�n permaneci� escondido en Puebla hasta octubre de aquel a�o. Durante este tiempo se dedic� a conspirar junto con otros jefes conservadores que se hallaban como �l, ocultos en la ciudad. Puebla se hallaba ocupada por la gente de Comonfort quienes se hab�an dedicado a cometer atropellos con los diezmos y las propiedades de la Iglesia; el Obispo de Puebla, Pelagio Antonio de Labastida y D�valos hab�a sido incluso expulsado de la ciudad, en la cual hab�a gran descontento.
Los conspiradores se propusieron dar un golpe la noche del 19 de octubre, para lo cual contaban con la ayuda del capit�n 2do. de linea, Le�nides Campo, que estaba encargado de la guardia del Palacio de Puebla. A la una de la ma�ana del d�a 20, penetraron en el recinto Miguel Miram�n y Fracisco V�lez, acompa�ados de Le�nides Campo quien orden� al comandante de la guardia que pusiera presos a sus acompa�antes. El comandante contest� que no hab�a lugar, solamente uno en la celda del teniente coronel Luis Reyes, a quien, seg�n �rdenes recibidas, deb�a mantener solo. Campo le orden� que encerrara ah� a Miram�n. El comandante subi� acompa�ado de Miguel, quien al llegar a la celda de Reyes amag� al comandante con una pistola.
Miram�n, V�lez y otros sublevados, comandados por Joaqu�n Orihuela, se apoderaron del Palacio y de la ciudad de Puebla, pero dejaron escapar a las tropas y a las autoridades del gobierno de Comonfort por lo que los rebeldes se vieron nuevamente sitiados por el enemigo, sin poder iniciar ninguna acci�n contra la Ciudad de M�xico.
El 25 de octubre las fuerzas federales del general Tom�s Moreno, al frente de cuatro mil hombres con treinta piezas de artiller�a, rodearon la ciudad de Puebla. Los rebeldes resistieron hasta el 5 de diciembre. Al caer la ciudad, escaparon sin firmar la capitulaci�n el jefe del levantamiento, Joaqu�n Orihuela y Miguel Miram�n. Orihuela fue capturado unos d�as mas tarde y fusilado en San Andr�s Chalchicomula. Miram�n en cambio, acompa�ado por menos de cien hombres, huy� en direcci�n de Toluca. Entre los que lo acompa�aban estaban Francisco V�lez y Manuel Ram�rez de Arellano.
En vista de lo escaso de las provisiones y armamento, Miguel decidi� tomar la ciudad de Toluca. Junto con V�lez y Arellano y parte de sus hombres, asalt� el cuartel de la ciudad y se apoder� de armas y alimento. Miram�n y los suyos huyeron hacia el estado de Guerrero, siendo perseguidos por don Plutarco Gonz�lez, comandante de la plaza de Toluca, con quien se batieron en Sultepec, el 21 de enero de 1857. Miguel result� herido de gravedad en una pierna. Desangr�ndose fue conducido a la hacienda de Atenco. Como la herida parec�a empeorar, al grado de hacer posible una amputaci�n, hubo necesidad de conducirlo, en medio de muchas dificultades, a la Ciudad de M�xico. Fue alojado en casa de don Jos� Cervantes, en donde comenz� a recuperarse gracias a los extremos cuidados de sus anfitriones. Sin embargo, alguien lo traicion� y estando Miguel ya casi recuperado, se present� la en casa de Cervantes, don Juan Jos� Baz, gobernador de la Ciudad, acompa�ado de la polic�a y arrest� a Miram�n, que fue encerrado en un calabozo de la prisi�n de La Acordada.
A pesar de hallarse estrictamente vigilado en un principio, Miguel logr� que le concedieran permiso de salir al patio, en donde se hizo amigo de varios delincuentes que se hallaban ah� purgando su condena. En una ocasi�n prometi� ponerlos en libertad cuando �l saliera de ah�. Comenz� a urdir un plan para escapar. Algunas versiones dicen que un antiguo subordinado, ahora guardia en la prisi�n, le prest� su uniforma, otras que Do�a Carmen, su madre, le fue haciendo llegar pieza por pieza de un uniforme igual al de los guardias de la prisi�n; el caso es que Miram�n huy� as� vestido al unirse a la patrulla que circulaba para hacer el cambio de guardia al amanecer. Una vez en libertad se refugi� Miram�n en la hacienda Pablo del Miedo, propiedad de su amigo Raymundo Mora. Ah� termin� de recobrarse y pronto se puso en contacto con otros jefes rebeldes que operaban en el sur.
Mientras tanto, el 5 de febrero de 1857, Comonfort y su gobierno juraban la primera Constituci�n completamente liberal, a la que se agregaron la Ley Ju�rez y la Ley Lerdo o Ley sobre Desamortizaci�n de Bienes administrados por el clero. Esta �ltima fue promulgada con el objeto de liberar las vastas propiedades de la Iglesia para estimular la econom�a. Estas propiedades salieron a la venta para ser adquiridas por sus arrendatarios u otras personas.
El 1� de diciembre Ignacio Comonfort jur� respetar la nueva Constituci�n y tom� posesi�n como Presidente Constitucional de la Rep�blica Mexicana. Sin embargo no estaba del todo contento con las leyes anticlericales que impon�a la Constituci�n. En su car�cter de moderado anhelaba una conciliaci�n entre los conservadores y liberales y llegar a un acuerdo con la Iglesia. Adem�s su madre, Do�a Guadalupe de los R�os, a quien estaba muy apegado, ejerc�a una gran presi�n sobre �l para que suspendiese todas las medidas anticlericales.
Despu�s de haber jurado la Constituci�n, Comonfort se reuni� en privado con el ex-ministro de Hacienda, Manuel Payno, con el gobernador de la Ciudad de M�xico, Juan Jos� Baz y con el general F�lix Zuloaga en Tacubaya. Todos consideraban que era imposible gobernar con la Constituci�n, la cual hab�a provocado grandes perturbaciones entre la poblaci�n; desde que entr� en vigor no hab�a d�a en que no hubiera alguna revuelta o alg�n pronunciamiento en su contra, en alg�n punto de la Rep�blica. Comonfort ya hab�a reconocido ante el Congreso que el nuevo c�digo �no era conforme a la voluntad del pa�s y conten�a g�rmenes de desorden y desuni�n�. Los cuatro hombres reunidos en Tacubaya decidieron dar un golpe de estado y derogar la Constituci�n.
El 17 de diciembre de 1857 Zuloaga proclam� el plan de Tacubaya, seg�n el cual dejaba de regir la Constituci�n por no satisfacer las aspiraciones del pa�s, y sus tropas se adue�aron de los principales edificios p�blicos de la ciudad. Benito Ju�rez, Presidente de la Suprema Corte de Justicia y fiel a la Constituci�n y al partido liberal, fue aprehendido en su oficina de Palacio Nacional y Comonfort fue proclamado presidente provisional , seg�n lo indicaba el Plan de Tacubaya. Los conservadores ped�an la derogaci�n de todas las leyes liberales y exig�an a Comonfort que formara su gobierno con elementos conservadores. Ante la actitud dubitativa y moderada del presidente, el 11 de enero de 1858 los conservadores pidieron su dimisi�n, reconociendo como presidente a Zuloaga.
Comonfort huy� a Veracruz para embarcarse con destino a Nueva York, pero antes puso en libertad a Ju�rez, quien seg�n la Constituci�n, por ser Presidente de la Suprema Corte de Justicia, era el sustituto legal de Comonfort en la Presidencia. Ju�rez huy� a Guanajuato en donde Anastasio Parrodi y Manuel Doblado lo hab�an reconocido como Presidente Constitucional. El 19 de enero de 1858 Ju�rez declar� establecido en Guanajuato el Gobierno de la Rep�blica. Hab�a ahora dos presidentes, uno conservador en M�xico, y otro liberal en Guanajuato.
Las tropas de Zuloaga estaban comandadas por dos j�venes militares, Luis Gonzaga Osollo, que hab�a regresado del destierro, hab�a peleado en San Luis contra las tropas de Vidaurri, hab�a sido herido y hab�a perdido un brazo, y Miguel Miram�n, quienes fueron recibidos con "vivas" en Tacubaya. El 20 de enero salieron los dos j�venes de la Ciudadela al frente de sus tropas y tomaron la c�rcel de La Acordada, los templos de San Juan de Dios. la Santa Veracruz, San Francisco, La Profesa y el Palacio de Miner�a; a las seis de la tarde tomaron Palacio Nacional.
Al d�a siguiente Osollo public� la siguiente proclama:
"Compa�eros y amigos:
Un solo combate ha bastado para que la heroica capital de la Rep�blica se librara de los estragos de la guerra y fuera ocupada por las benem�ritas tropas del Ej�rcito Restaurador; recordad el noble t�tulo que hab�is ilustrado en el primer hecho de armas para que vuestros compatriotas al veros digan con orgullo: estos son los restauradores de la Rep�blica; el orden y la disciplina sean siempre vuestra divisa y el Dios de los ej�rcitos proteja vuestra causa.
�Viva la rep�blica! �Viva la Paz! �Viva el ej�rcito! Luis G. Osollo".
Zuloaga tom� protesta como presidente y Miram�n fue ascendido a general de Brigada al frente del 1�, 2� y 3� batall�n de linea. El nuevo gobierno restaur� inmediatamente los privilegios de la Iglesia y de los militares que hab�an sido eliminados por la Ley Ju�rez. M�s los liberales no se quedaron tranquilos; el gobernador de Jalisco, Anastasio Parrodi, proclam� la soberan�a de su estado y convoc� a una coalici�n de estados en contra del Plan de Tacubaya y en defensa de la Constituci�n. Michoac�n, Guanajuato, Quer�taro, Aguascalientes, Zacatecas y Colima se le unieron, mientras que Puebla, San Luis Potos�, Chihuahua, Durango, Tabasco, Tlaxcala, Oaxaca, Sonora, Chiapas y Yucat�n, se adhirieron al Plan de Tacubaya.
El ej�rcito de Zuloaga formado por cinco mil cuatrocientos hombres, bajo las �rdenes de Osollo, Miram�n y Tom�s Mej�a, salieron a combatir al ej�rcito de la Coalici�n. Al enterarse de la proximidad del ej�rcito conservador o Restaurador, el gobernador de Quer�taro, Jos� Mar�a Arteaga, huy� de la ciudad en busca de Parrodi, que estaba en Celaya, por los que los conservadores pudieron entrar triunfales en la ciudad sin encontrar ninguna resistencia.
Osollo, Miram�n y su ej�rcito continuaron su avance hacia Celaya, de donde Parrodi se retir� a Salamanca. El 8 de marzo Osollo ocup� Celaya y continu� su marcha tras Parrodi. En la madrugada del 9 de marzo los conservadores empezaron a tomar posiciones en los alrededores de Salamanca; el general C�nova se situ� al lado derecho del frente, Miram�n al centro y el general Manero a la izquierda. Las tropas de caballer�a del general Mej�a permanecieron de reserva. El ca�oneo de la ciudad comenz� a las dos de la tarde y se prolong� hasta las seis. Al d�a siguiente Parrodi intent� romper el frente y estuvo a punto de arrasar con las tropas de C�nova pero Miram�n logr� cntenerlos. Ante la insistencia de Parrodi, Osollo envi� las reservas de Mej�a. Parodi entonces se sinti� acorralado; sus tropas se desbandaron perseguidas por el ej�rcito enemigo y se vio obligado a huir hacia Irapuato y Silao y posteriormente hasta Lagos y Guadalajara, de donde Ju�rez ya hab�a huido hacia Colima.
Osollo y Miram�n continuaron su persecuci�n y alcanzaron a Parrodi en la capital tapat�a en donde lo derrotaron nuevamente y se apoderaron de la ciudad. Una vez establecidas las autoridades conservadoras y despu�s de asistir a una misa solemne en Catedral, Miguel Miram�n sali� con dos mil hombres hacia Zacatecas. Ocup� esta ciudad el 10 de abril y dejando seiscientos hombres de guarnici�n sali� con el resto de su ej�rcito a tomar San Luis Potos�. En su camino a esta ciudad, el 17 de abril se top� Miram�n con los ej�rcitos liberales del norte comandados por los generales Vidaurri y Zuazua, en un punto llamado Puerto de Carretas. Se batieron en encarnizada lucha y a pesar de ser las tropas de Miram�n inferiores en n�mero lograron hacer huir al enemigo y entraron en San Luis aquella misma noche, no pudiendo perseguir a Zuazua por lo reducido de sus tropas. Zuazua, por su parte, se lanz� sobre Zacatecas, derrotando a la guarnici�n que Miram�n hab�a dejado en esa ciudad y fusilando a los principales jefes militares, el general Antonio Manero y el coronel Antonio Landa, entre otros.
Mientras tanto Luis Osollo hab�a llegado a la Ciudad de M�xico en un deplorable estado de salud. Iba a pedir refuerzos pues su ej�rcito era insuficiente para controlar la rebeli�n. Dej� la ciudad nuevamente el 15 de mayo para acudir en auxilio de Miram�n, a quien ten�an en jaque las tropas de Vidaurri y Zuazua en San Luis. En el oeste del pa�s, los liberales Santos Degollado y Pedro Ogaz�n hab�an recuperado Guadalajara para su causa. Ju�rez, por su parte, estaba ahora instalado en Veracruz , despu�s de haberse embarcado en Manzanillo hacia el Istmo de Panam� y de ah� a Nueva Orl�ans. Ah� hab�a sido invitado por el gobernador de Veracruz, Guti�rrez Zamora, para instalar su gobierno en ese estado.
Ante la p�rdida de Guadalajara. Osollo envi� a Miram�n a recuperar la ciudad. Miguel, con su sola presencia, logr� hacer huir a Degollado y recuper� la capital tapat�a el 21 de junio. El 2 de julio sali� con su ej�rcito a perseguir a Degollado; libraron una batalla en la barranca de Atenquique a 25 km. de Guadalajara. Con gran estrategia, Miram�n venci� a Degollado, pero nuevamente la falta de efectivos le impidi� perseguir al ej�rcito vencido que se retiraba. Por sus haza�as, Miram�n empez� a ser conocido como el "Joven Macabeo", en recuerdo de Judas Macabeo, hijo de Matat�as, vencedor de Ant�oco.
Mientras en San Luis Potos�, Osollo yac�a en cama, enfermo de tifo; muri� el 18 de julio, cuando apenas ten�a treinta a�os de edad. Luis G. Osollo fue hijo de padre espa�ol (de Bilbao) y madre mexicana; hab�a sido educado tambi�n, junto con Miram�n, en el Colegio Militar. Era severo consigo mismo as� como con sus soldados, que lo admiraban. Justo Sierra lo describe como audaz pero reflexivo, de valor tranquilo pero incansable; lo m�s importante para �l hab�a sido el honor del ej�rcito; era poco devoto del clero, al grado de que los liberales creyeron que podr�an atra�rselo. Pero Osollo prefiri� la alianza con la Iglesia como un soporte para la clase militar. Comonfort sent�a una gran debilidad por �l e hizo vanos intentos de atra�rselo a su bando. A su muerte, Zuazua se apoder� a viva fuerza de San Luis Potos�. En Guadalajara, con profunda tristeza, Miram�n, de rodillas, dijo una oraci�n por la muerte de su amigo y compa�ero de armas.