La Novara lleg� a M�xico el 21 de mayo de 1864 y a la ma�ana siguiente Maximiliano y Carlota atravesaron en un carruaje las desiertas calles de la ciudad. Nadie hab�a acudido a recibirlos. Carlota, con un nudo en la garganta, ten�a l�grimas en los ojos. Esperaban una grandiosa bienvenida y s�lo encontraban las calles desiertas de una ciudad atacada por la peste y un calor insoportable. Continuaron su viaje por tren hasta Paso del Macho, en donde terminaba la l�nea del ferrocarril. Ah� hubo que continuar el viaje por diligencia de posta. El paraje era tan salvaje que Carlota lleg� a pensar que en cualquier momento Ju�rez, al frente de una banda de guerrilleros, los pudiese atacar. Atravesaron varios pueblos y ciudades como C�rdoba y Orizaba; en el trayecto tuvieron serios percances como la rotura de la rueda de la diligencia en que viajaban los emperadores. Continuaron el viaje rumbo a Puebla. En la tarde del 7 de junio llegaron a Cholula en donde se hab�a congregado una multitud de ind�genas para presenciar una ceremonia en que se coron� de flores a los emperadores. Como era su cumplea�os n�mero veinticuatro, Carlota don� siete mil pesos para reedificar el albergue para indigentes.
El 12 de junio Maximiliano y Carlota hicieron su entrada solemne en la ciudad de M�xico en un lujoso carruaje y se les dio un ostentoso recibimiento. El Palacio Nacional fue la primera residencia de la pareja imperial.
Una vez instalado en su imperio, Maximiliano comenz� a seguir sus inclinaciones liberales. Pensaba que ser�a un error devolver a la Iglesia los bienes confiscados pues implicar�a trastornos econ�micos y adem�s pondr�a a�n m�s en su contra al partido liberal, que era una gran parte de la poblaci�n a la que hab�a que ganarse. Con su sencillez y encanto personal, buscaba ganarse a la gente. Carlota por su parte, aunque tambi�n trataba de ganarse a la gente dedic�ndose a obras de caridad, visitando escuelas y hospitales, carec�a del encanto de su marido; era seria y adusta y no platicaba frivolidades, sino argumentos y temas que denotaban su inteligencia y preparaci�n. Le gustaba saber y conocer sobre todo lo que ve�a y continuamente hac�a preguntas a sus damas de compa��a mexicanas, que muchas veces no sab�an responder, como por ejemplo, ��Cu�ntos a�os tiene la Catedral?� o ��Bajo que virrey se construy� la Escuela de Miner�a�?.
El 10 de agosto de 1864 Maximiliano emprende su primer viaje de inspecci�n por le interior del pa�s. De inmediato se inici� una intensa correspondencia entre la pareja imperial. En ausencia del emperador, la emperatriz presid�a el consejo de ministros, lo que se puede leer en la siguiente carta, as� como tambi�n la soledad en que viv�a Carlota, sobre todo en ausencia de su esposo:
�11 de agosto de 1864
Tesoro adorado, entra�ablemente amado:
...... Recib� tu telegrama con tristeza y alegr�a. Con tristeza porque cada d�a te alejas m�s y para m� es espantoso pensarlo; con alegr�a porque todo, y a�n el clima son favorables. Ayer fui muy triste al palacio y me sent� sola y abandonada. Desahogu� todos mis sentimientos con la emperatriz Eugenia, como en un coraz�n af�n al m�o....
...... Hoy llegaron los ministros media hora tarde. No se quien haya faltado. Alonso Pe�n de Regil (subsecretario del ministerio de Negocios Extranjeros), Teresa y Espinosa asistieron. Joaqu�n Vel�squez de Le�n (secretario de Estado) dijo unas palabras muy sentidas. Habl� con todos y los desped� con toda dignidad....�
Iracunda, la emperatriz coment� que tendr�a que arrojar al nuncio por la ventana ya que era la persona m�s necia que hab�a conocido. Inform� a su marido de su fracasada conversaci�n con Monse�or Meglia y el 27 de diciembre el emperador proclam� la nacionalizaci�n de los bienes de la Iglesia y la libertad de cultos. El nuncio regres� a Roma sin despedirse y el imperio mexicano perdi� el apoyo de la Iglesia.
Maximiliano acostumbraba pasar varios d�as en su casa de descanso en Cuernavaca. Durante sus ausencias Carlota actuaba en M�xico como regente, tomando toda clase de disposiciones, desde medidas sanitarias, educativas, de ganader�a, agricultura y miner�a, hasta trazos de carretera. Se dec�a que cuando Maximiliano estaba en Cuernavaca, era cuando verdaderamente hab�a un gobernante en M�xico.
Hab�a discrepancias entre los jefes del ej�rcito franc�s en M�xico. El general Bazaine, comandante supremo, que adulaba a Napole�n dici�ndole que la situaci�n militar en M�xico era excelente, cosa que estaba muy lejos de la verdad, suger�a retirar de M�xico algunas tropas, mientras que F�lix Douay, general del cuerpo expedicionario franc�s, se opon�a a estas medidas, diciendo que era imposible controlar un p�is mucho m�s grande que Francia con tan pocos hombres. Carlota apoyaba a Douay; sin embargo Bazaine logr� que Napole�n mandara llamar a Douay a finales de 1864. La emperatriz vio con inquietud la retirada de Doauy ya que empezaba a darse cuenta de la cr�tica situaci�n del pa�s. No pod�a salir a cabalgar en su yegua Isabella, sin que previamente un pelot�n de infanter�a francesa tuviera que despejar el camino, pues las calles y carreteras estaban llenas de guerrillas juaristas.
A principios de 1865 llegaron a M�xico las tropas de voluntarios austriacos y belgas que enviaban Francisco Jos� y el rey Leopoldo. Los seis mil austriacos ven�an bajo las �rdenes de Franz Thum y los mil doscientos belgas bajo el mando del teniente coronel Alfred van der Simissen. Con estos cuerpos de voluntarios, Bazaine obten�a un efectivo total de sesenta y tres mil ochocientos hombres.
Carlota escribi� as� a la emperatriz Eugenia el 26 de enero de 1865: �...Para civilizar este pa�s es necesario dominarlo por completo; para poder moverse libremente es necesario transformar en todo momento la autoridad en fuertes batallones... los austriacos y los belgas s�lo son buenos para los tiempos de tranquilidad, pero cuando la tormenta estalla quedan s�lo los pantalones rojos (los sauvos, soldados franceses)... Creo que ser�a muy dif�cil pasar por estas crisis vitales si el pa�s no se ocupa con mayor n�mero de fuerzas de las que ahora hay... Si Vuestras Majestades toman pronto una resoluci�n y deciden apoyarnos, el asunto terminar� mucho antes. Y llegar� el momento en que M�xico s�lo tendr� con Francia relaciones de intereses rec�procos y gratitud. De lo contrario, la empresa estar� quiz� grave e in�tilmente comprometida...�
En uan carta posterior fechada el 3 de febrero, Carlota suplicaba a Eugenia no retirar m�s tropas sino por el contrario, enviar refuerzos. Combat�a los informes de Bazaine, seg�n los cuales no hab�a guerrillas y alababa las acciones de Douay, sugiriendo sin manifestarlo, que este general sustituyera a Bazaine al mando de los ej�rcitos en M�xico.