Mientras la situaci�n en el imperio se agravaba, la vida marital de los emperadores permanec�a rodeada de misterio. Hac�a mucho tiempo que Maximiliano y Carlota no compart�an el mismo lecho. Carlota se llevaba a su cama el libro de leyes reci�n promulgadas y Maximiliano no se aparec�a en su habitaci�n. Cuando sal�an juntos y les destinaban para alojarlos c�modos dormitorios con amplios lechos, Maximiliano no los utilizaba, sino que mandaba instalar una hamaca en alg�n lugar y ah� pasaba la noche.
El por qu� del distanciamiento entre los j�venes y supuestamente enamorados emperadores era un misterio, pero hab�a rumores de que Maximiliano hab�a contra�do alguna enfermedad ven�rea durante su viaje a Europa y esto lo imposibilit� a seguir teniendo relaciones sexuales con su esposa. O quiz� Carlota supo de alguna infidelidad de su esposo que su orgullo de mujer le impidi� perdonar. Un sirviente austriaco de Maximiliano, Antonio Grill, observ� que la joven pareja lleva una vida sexual normal hasta la visita a Viena en 1860; a partir de entonces todo hab�a cambiado Se rumoraba tambi�n que Maximiliano era impotente o que quiz� Carlota sent�a aversi�n por las relaciones sexuales. Lo primero es improbable ya que Maximiliano tuvo varias aventuras en Cuernavaca, quiz� buscando el amor que Carlota le negaba. Sea cual fuere la realidad, la pareja imperial no ten�a heredero y Carlota lo anhelaba profundamente. Al no tenerlo, refugi� su frustraci�n sumi�ndose en una actividad y un trabajo constante.
Carlota no fue consultada sobre la adopci�n del ni�o; ella simplemente acept� la decisi�n de su marido, con renuencia pero con dignidad, y ocult� sus sentimientos que s�lo expres� en una carta a su abuela la reina Mar�a Amalia:
�Me siento vieja, si no a los ojos de los dem�s, si a los m�os propios y mis pensamientos y sentimientos est�n muy lejos de ser lo que exteriormente aparento.... La adopci�n del peque�o Agust�n de Iturbide ha sido s�lo una necesidad din�stica. Es un acto de justicia el tomar bajo nuestra protecci�n a la descendencia del antiguo r�gimen.... la gente dice que tengo influencia y que la uso de una o de otra manera. Pero Max es muy superior y no puedo entender como es que puedo influenciar en �l en cualquier cosa. Soy demasiado leal para intentarlo. S�lo trato de ayudar en lo que puedo. Me parece natural en nuestra posici�n que una esposa que no es madre de familia se dedique devotamente a ayudar a su marido. Lo hago porque Max lo desea y adem�s por mi amor a la ocupaci�n productiva .... Por todo lo que te digo querida abuela, t� podr�s juzgar por ti misma la verdad sobre las cr�ticas que han llevado de m� a Roma. Dicen que soy una especie de arp�a, cuando soy como t� siempre me has conocido... Quiz� s�lo tenga la ambici�n de hacer el bien, pero s�lo como esposa de Maximiliano....
La pareja imperial tambi�n adopt� como co-heredero a un primo del peque�o Agust�n, Salvador Iturbide, de quince a�os de edad. Salvador, nacido el 18 de septiembre de 1849, era hijo del octavo hijo del emperador Agust�n, Salvador Iturbide y de do�a Rosario de Marz�n, fallecidos en 1848 y 1859, respectivamente, por lo que el joven era hu�rfano cuando fue adoptado por los emperadores.
Jos� Luis Blasio, secretario particular y confidente del Emperador Maximiliano, escribi� en sus memorias:
�Como Maximiliano no ten�a hijos, y sab�a perfectamente que nunca los tendr�a, hab�a formado el proyecto de adoptar a dos nietos del emperador Agustin de Iturbide. Se convino, pues, que a la muerte de Maximiliano subir�a al trono Agust�n de Iturbide, el nieto del emperador del mismo nombre o su primo Salvador. Salvador fue enviado a Europa a continuar su educaci�n con una pensi�n adecuada a su rango de pr�ncipe. Esto se hizo porque Su Majestad supon�a que la mejor forma de gobierno que pod�a convenir al pa�s era la de la Monarqu�a hereditaria encarnada en dos pr�ncipes nacidos en M�xico�.