São bons animais de estimação desde que bem manuseados desde pequenos. São tímidos e possuem comportamento territorialista para com animais de outras espécies. Apresentam grande tendência à fuga.

Os camundongos de estimação apresentam perídos de sono e atividade durante o dia e a noite. Já os camundongos silvestres têm hábitos noturnos.

Apresentam uma hierarquia onde existe 1 único macho dominante. Essa característica não é muito estudada. Sabe-se que o estado hierárquico pode ser determinado pela quantidade e gravidade de feridas na base da cauda e na região lombar. Brigas ocorrem quando machos adultos são alojados em um mesmo viveiro ou quando a hierarquia esta sendo estabelecida ou desestabelecida por algum macho que queira ser dominante. Machos criados juntos desde filhotes também podem brigar o que reforça o conselho de manter machos sempre separados.

As brigas e o comportamento agressivo são influenciados tanto pela testosterona quanto pelas características físicas, mas para a manifestação desse comportamento é necessário tanto o comportamento nato quanto o aprendido. Uma forma mais radical de evitar brigas é a utilização da orquiectomia radical (castração de ambos os testículos), o que reduz a produção de testosterona e a agressividade. A destruição do olfato também resolve este problema, mas acaba com 1 dos principais sentidos do camundongo. Fêmeas defendendo seus filhotes também podem brigar. Todos os camundongos podem morder se assustados ou manipulados de forma grosseira.

Um sinal de que 1 camundongo irá atacar outro é dado pela cauda. Antes de atacar ou quando 1 macho dominado tenta desafiar o macho dominante, a cauda move-se de forma agressiva e com velocidade moderada de um lado a outro, batendo no solo.

Como os hamsters caminham sempre paralelos às paredes.

Fêmeas mantidas juntas entram em fase de anestro contínuo (sem ciclo estral), até que 1 macho ou o odor deste seja exposto à fêmea. Quando o estímulo é realizado as fêmeas entram no cio durante aproximadamente 72 horas. Essa sincronia o cio de várias fêmeas é conhecido como efeito Witten. A pseudogestação pode ocorrer o que poderá prolongar o intervalo entre os periodos de cio. A gravidez pode ser interrompida caso 1 macho seja apresentado à fêmea até 24 horas após a cópula. Esse fenômeno é conhecido como efeito Bruce.

A mutilação e o canibalismo não são freqüêntes nos camundongos, mas as fêmeas não devem ser perturbadas por pelo menos 2 dias após o parto. Acredita-se que esse comportamento esteja relacionado com a linhagem

Os camundongos possuem audição e olfato muito desenvolvidos. Devido à audição, sons ultra-sônicos podem causar convulsões em algumas linhagens e levar à destruição dos filhotes.

Quando estressados limpam-se constantemente.