หลักจากที่ระบบปฏิบัติการได้โหลด STARTUP.NCF เสร็จและมีคำสั่งให้โหลดดีไวซ์ไดรเวอร์สำหรับฮาร์ดดิสก์ของ NetWare แล้ว จะทำการ mount หรือติดตั้งดิสก์ใน Volume SYS ซึ่งเมื่อเสร็จเรียบร้อยระบบปฏิบัติการก็จะรู้จักโครงสร้างฮาร์ดดิสก์ของเซอร์เวอร์ จากนั้น NetWare ก็จะไปโหลดไฟล์ AUTOEXEC.NCF ภายใต้ไดเร็คทอรี SYSTEM ของ Volume SYS ซึ่งคำสั่งต่าง ๆ ของ AUTOEXE.NCF ก็เป็นคำสั่งที่นอกเหนือจากที่กำหนดไว้ในไฟล์ STARTUP.NCF ตัวอย่างเช่น การโหลดดีไวซ์ไดรเวอร์ของคาร์ด LAN, การโหลด NLM ต่าง ๆ และรวมทั้งคำสั่งที่เป็นคำสั่งของคอนโซลด้วย ซึ่งจะเห็นได้ว่าไฟล์ AUTOEXEC.NCF คล้ายกับไฟล์ AUTOEXEC.BAT ภายใต้ DOS ที่จะถูกโหลดมาทำงานหลังจากทำบูตเครื่องเรียบร้อยเช่นกัน

ตัวอย่างไฟล์ AUTOEXEC.NCF
--------------------------------------------------------