Los factores de tipo biogenético son los que nos permiten predecir con mayor certeza el riesgo de que un sujeto experimente RM. Entre ellos los síndromes mejor conocidos asociados a anormalidades cromosómicas son el Síndrome de Down y el Síndrome X- frágil. Suguiendo a Cunningham (1990), las características físicas que con mayor frecuencia podemos detectar en recién nacidos con síndrome de Down son: inclinación hacia arriba y hacia afuera de los ojos; pliege cutáneo en la parte inferior del ojo, pequeñas manchas blancas en el borde del iris; el puente de la nariz suele ser más bajo y los pómulos más altos: la cabeza es generalmente más pequeña de lo normal y la parte posterior suele ser aplanada; orejas más pequeñas e implantadas más abajo; labios delgados y boca pequeña, por lo que la lengua tiene menos espacio y suele salir hacia afuera; el cuello es ligeramente corto; las piernas y los brazos suelen ser cortos en comparación con la longitud del tronco; manos más anchas y planas, los dedos son más cortos, especialmente el meñique que tiene nada más un pliege; lo pies suelen ser más anchos y los dedos más cortos; los reflejos suelen ser más débiles y difíciles de producir, el llanto tiene menor duración y tono.
Entre las enfermedades prenatales más frecuentemente asociadas al retraso mental, tenemos los casos de hidrocefalia y microcefalia. La primera se refiere a la presencia de líquido cerebroespinal en el cráneo, lo que incrementa el tamaño del mismo, creando presión en el cerebro. La segunda se refiere a que el cráneo es significativamente más pequeño de lo normal.
Otras circunstancias que pueden dar lugar al nacimiento e este tipo de personas son las ligadas a las infecciones e intoxicaciones a las que el niño queda expuesto a través de la madre durante el embarazo. El síndrome fetal por alcohol y la adicción de la madre por otras drogas son otras causas del RM.
