Actualmente no se entienden del todo las causas de la espina bífida. En un pequeño número de mujeres, la causa parecen ser ciertos medicamentos, casi siempre anticonvulsivos. En algunos casos hay antecedentes familiares, pero esto es poco frecuente. En la mayoría de los casos la causa de la espina bífida no se llega a determinar nunca.

Sin embargo, ahora se sabe que si la madre toma ácido fólico, una forma de vitamina B, antes de quedar embarazada, se reducen las probabilidades de que el bebé presente espina bífida y los problemas del cerebro y la médula espinal que ésta conlleva.