La chiesa di S.Filippo Apostolo ai Bagni era unita alla parrocchia di Campiglia sin dal 1603 ed aveva un proprio cappellano che vi si recava a celebrare le funzioni tutte le feste, e che almeno dal 1795 riceveva dieci scudi l’anno dall’Ospedale di Casteldelpiano, affrancatario del patrimonio ecclesiastico in virtù delle riforme del granduca Pietro Leopoldo (1785), e trenta staia di grano dalla popolazione del luogo.
La prima visita del vescovo Giuseppe Bernardino Pecci (1775) ci presenta la vecchia chiesa afflitta da gravi problemi derivanti dalla vicinanza delle acque termali: essa è "…in stato… indecentissimo…per l’umidità proveniente dalle acque del Bagno che cadono quasi sul tetto dal lato dell’Epistola…e soprattutto per via del tartaro depositato dalle acque minerali all’esterno attorno al muro…", tanto che il presule senza esitare la interdice, comandando peraltro al parroco di Campiglia, don Giuseppe Madioni, di adoperarsi a raccogliere offerte per costruire un’altra chiesa, "piccola, ma sufficiente" in un luogo già individuato (il problema, quindi, doveva essere già noto) presso la casa dei nobili Bandinelli, demolendo la vecchia chiesa e riutilizzando parte del materiale per la nuova. Su una porzione dello spazio della chiesa demolita si sarebbe dovuto poi costruire un piccolo cimitero. Don Madioni accetta senza discutere, ed anzi propone di vendere alcuni piccoli appezzamenti di terreno di proprietà della parrocchia di S. Biagio per contribuire ai lavori di costruzione e al mantenimento del nuovo edificio.
E’ questo l’unico caso in cui la visita si estenda ufficialmente anche all’ "Hospitale" , che risulta soggetto alla giurisdizione episcopale anche per ciò che riguarda gli affari temporali; le visite successive si limiteranno alla chiesa, o al massimo, ma in forma privata, alla "Fabbrica della Plastica".
I Bagnaioli si danno da fare: con l’assistenza dell’architetto Leonardo de Vegni e con i materiali della chiesa demolita ne erigono un’altra, l’attuale, in tempi ragionevolmente brevi: infatti nella visita del 1780 il vescovo Pecci la trova con soddisfazione completata, ben costruita, con l’unico altare ben adornato.
Le aggettivazioni usate nei verbali delle visite pastorali degli anni successivi, tuttavia, non si sprecheranno più in termini encomiastici, ma si manterranno prudentemente su toni "neutri": lo stato della chiesa è "ragionevole" nel 1786; "decente" nel 1790; "decoroso" nel 1795. La chiesa è "decentemente ornata e pulita" anche nel 1807, quando peraltro le condizioni della parrocchiale di S.Biagio sono tali da attirare tutta l’attenzione del vescovo visitatore, che dedica alle chiese "minori" poche righe frettolose.
Una descrizione molto accurata risale al 1819, e ne è autore il precisissimo segretario del vescovo Giacinto Pippi, don Mario Melini. Monsignor Pippi, dopo aver visitato l’eremo di S.Filippo, raggiunge il Casale dei Bagni, accolto dal cappellano curato don Giovanni Visconti di Abbadia e da Giuseppe Pagliari, "scultore e proprietario della Plastica". Entrato nella chiesa di S. Filippo Apostolo, egli visita l’unico altare di opera laterizia a stucco, sopra il quale, nel muro che divide dalla sagrestia, vi è una nicchia " con entro una statua parimenti di stucco rappresentante al naturale l’immagine dell’Apostolo San Filippo, a piè di cui vi è apposta la seguente iscrizione : "Divus Philippus Apostolus veteris diruti Templi ,Thermarum et Casalis Titularis", in buono stato. Ai lati dell’Altare due piccole porte introducono alla stanza che serve come Coro e Sagrestia, larga braccia 2 e 1/2. Sopra la porta in Cornu Evangelii vi è un busto di stucco di S. Filippo Benizi con l’iscrizione "D. Philippus Benitius eremi proxime incola". Sulla porta in Cornu Epistolae busto simile di S. Filippo Neri con l’iscrizione "D. Philippus Nerius Benitii Concivis optimus".
Il vescovo visita la sacrestia e i paramenti lì conservati in un armadio di legno a muro dietro l’altare, esamina i confessionali posti ai lati dell’ingresso, ed ordina solo di porvi le sacre immagini dal lato del penitente. "La Chiesa - continua il verbale - è lunga braccia 15 e 5/6, larga braccia 8, è sormontata da soffitto, e il suo impiantito è ad opera reticulata." Vi è un piccolo campanile con una sola campana.
Sull’architrave dell’ingresso vi è l’iscrizione "IN ANNO DNI MIIICLXXXIII" ,".. quale pone in mezzo un piccolo scudo creduto lo stemma di uno dei Visconti antichi Signori di Campiglia..".
Monsignor Pippi approva ogni cosa, e trova anche il tempo per una visita - non canonica - alla "fabbrica della plastica".
E’ un momento di particolare fortuna per i Bagni e la loro chiesa. Non durerà molto: il successore di Pippi, Giovanni Sergardi Bindi, visitando S. Filippo nel 1825 trova una quantità di pecche : " …ha ordinato ripulirsi le pareti, ha interdetto tutti quanti i candelieri dell’altare, ha ordinato farsi lo zoccolo alla croce dell’altare, ha ordinato che subbito sia messo al Tabernacolo addetto per il vaso dell’Olio Santo lo sportello, perché ivi sia riposto il vaso del medesimo, che ha trovato dentro il ciborio…Ha trovato [ le suppellettili ] in stato di decadenza ed ha osservato che dietro al coro in linea precisamente dove corrisponde la statua del Santo Titolare vi è una cappaccia di camino che ha ordinato serrarsi, e ripulirsi quella parete…"
La "cappaccia di camino" compare solo in questa visita, piccolo squarcio domestico sulle modeste comodità di una minuscola sagrestia; ma l’inesorabile vescovo Sergardi non tollera simili vicinanze tra sacro e profano.
Nonostante il suo zelo intransigente, tuttavia, non otterrà molto: nella visita successiva, del 1834, non si riscontrano grandi mutamenti : il vaso dell’olio degli Infermi è sempre nel ciborio, lo stato della chiesa e delle suppellettili è sempre identico. Il cappellano curato, forse per evitare un rabbuffo, non si è presentato, e il vescovo comunica i suoi ordini al dottor Rempicci, direttore dei Bagni, perché li trasmetta all’interessato. E’ vero che "…il Governo che ha voluto l’esistenza di questa chiesa con un Cappellano Curato, non ha stabilito alcuna dote, né per la manutenzione della fabrica, né per i suoi arredi…", ma questo non esime "chi di ragione" a provvedere al più presto.
Non si dovette comunque provvedere granchè se il successore di Sergardi, il vescovo Paolo Bertolozzi, invia con urgenza un provisitatore nel luglio 1851 e giudica pessime, addirittura con "pericoli imminenti di rovina", le condizioni della chiesa visitandola personalmente nel 1852, ed ordinando di provvedere alle riparazioni entro il mese di ottobre (siamo in giugno), pena l’interdetto.
Le condizioni attuali della chiesa di S.Filippo Apostolo sono, come è naturale, ineccepibili, ma torna conto indicare alcune trasformazioni subite dall’edificio al suo interno: è mutato l’assetto di pavimento e soffitto, è stata tagliata la parte inferiore delle iscrizioni dei busti dei due Santi ai lati dell'altare. Va da sé che è sparita anche la cordiale "cappaccia di camino" che riscaldava la statua dell’Apostolo…