ด้วยพระราชดำริของพระบาทสมเด็จพระจุลจอมเกล้าเจ้าอยู่หัว
รัชกาล ที่ 5 ว่า "การคุกการตะรางเป็นความสำคัญของประเทศ สมควรจะได้สร้างสถานที่และ จัดระเบียบเป็นปึกแผ่น " จึงทรงพระกรุณาโปรดเกล้าให้พระยาอินทราธิบดีสีหราช รองเมืองเจ้ากรมกองตะเวนไปดูแบบอย่างคุกที่สิงคโปร์ แล้วนำมาสร้างที่ตำบล ตรอกคำ ถนนมหาไชย ในพื้นที่ 29 ไร่ 3 งาน 72 ตารางวา เมื่อปี พ.ศ. 2433 โดยให้ช่างชาวอังกฤษร่วมกับพระยาอภัยพลภักดี (นาค ณ ป้อมเพชร) ร่วมกันก่อสร้างเรือนจำแห่งนี้ มีชื่อว่า "เรือนจำกองมหันตโทษ" ต่อมาในปี พ.ศ. 2470 ทางการได้ก่อสร้างเรือนจำมหันตโทษขึ้นใหม่ที่ตำบลบางขวาง จังหวัดนนทบุรี จึงได้ย้ายนักโทษไปไว้ที่เรือนจำมหันตโทษบางขวาง  ส่วนเรือนจำกองมหันตโทษเดิม เปลี่ยนชื่อใหม่เป็น "เรือนจำลหุโทษ"

         เมื่อเดือนมิถุนายน พ.ศ.2534 รัฐมนตรีว่าการกระทรวงมหาดไทย พล.อ.อิสระพงษ์  หนุนภักดี ได้มีนโยบายย้ายเรือนจำพิเศษกรุงเทพมหานคร ออกจากที่เดิมถนนมหาไชย เพื่อใช้พื้นที่เดิมสร้างสวนสาธารณะ ถวายเป็นราชกุศล เนื่องในวโรกาสพระชนมายุครบรอบ 60 พรรษา ของสมเด็จพระนางเจ้าพระบรมราชินีนาถ 12 สิงหาคม 2535 กรมราชทัณฑ์ได้สนองนโยบายโดยการย้ายเรือนจำพิเศษกรุงเทพมหานคร มาตั้งแทนที่ทัณฑสถานวัยหนุ่มกลางบางเขน ลาดยาว โดยเริ่มทยอยย้ายผู้ต้องขังจากเรือนจำพิเศษกรุงเทพเดิม ตั้งแต่วันที่ 19 ตุลาคม 2534 เป็นต้นมา และเสร็จสิ้นเมื่อวันที่ 19 กุมภาพันธ์ 2535  ในปี พ.ศ.2545 เรือนจำพิเศษกรุงเทพมหานคร มีอายุยาวนานถึง 112 ปี

2. ทิศทางเข้าออกของเรือนจำ
        ทางเข้า-ออก ของเรือนจำพิเศษกรุงเทพมหานคร   ใช้เส้นทางด้านทิศตะวันออก  บริเวณด้านหน้าเรือนจำกลางคลองเปรม