Nella sala IV sono ordinate tavole che documentano egregiamente il rinnovamento figurativo del Duecento e del Trecento: si tratta in gran parte di scomparti di polittici, opera di  personalità artistiche legate  alla bottega di Giotto e Duccio da Boninsegna, alla cerchia di Simone Martini, ai fratelli Lorenzetti, con i loro seguaci e continuatori. Riccamente documentato il mutamento del linguaggio pittorico, l’abbandono della tradizione bizantina e la creazione di un volgare artistico che,come avveniva in ambito letterario,si diffonde nelle principali città centro-settentrionali.

Le tavole ordinate nella sala V documentano il passaggio dal Medioevo all’età rinascimentale. Si tratta di parti superstiti o frammentarie di polittici e di mobili dipinti, ricostruiti in ipotesi dagli studi critici. La sala offre testi significativi del variegato panorama dell’arte pittorica del Quattrocento di alcuni dei principali centri urbani e di corte dell’Italia del tempo: Milano, Ferrara, Genova, Napoli, Firenze.

Le sale VI-VII-VIII ospitano un’interessante antologia del Rinascimento  maggiore e minore, fino ai primi segni di crisi del perfetto equilibrio classico. Sono presenti opere di Giampietrino,Mazzolino,Schedoni, un piccolo dipinto forse attribuito  a Raffaello, e ancora Cariani, Sebastiano del Piombo,Tintoretto,il Romanino, Giovanni e Gentile Bellini. Interessante la sezione dedicata ai ritratti e fra quelli esposti spicca l’”Autoritratto” di Pontormo, eseguito direttamente su un embrice di terracotta e il ritratto d’uomo di Tiziano.

Le tele della sala IX testimoniano alcune tendenze pittoriche del Seicento, secolo caratterizzato dal dibattito tra naturalismo  e classicismo e  dominato dalla lezione pittorica del Caravaggio: il realismo dei soggetti, il valore simbolico della luce, la gestualità marcata dei personaggi.  Da segnalare il “San Girolamo” di anonimo caravaggesco, le tele di Pietro della Vecchia, un originale interprete dei motivi caravaggeschi, di Salvator Rosa e del Grechetto.