Saber Marionette J Again, es en realidad una continuación de Saber Marionette J, siendo un solo capitulo dividido en 6 Ovas, del cual es una transición que continua con Saber Marionette J to X, en esta parte el planeta Terra II vive una época de paz y armonía pero se ve amenazada por un brote de plasma que puede llevar a la destrucción de todo el mundo pero una marioneta será la salvación.

En Nuevo Texas hubo un proyecto de crear una marioneta que tenga tres circuitos vírgenes, aquella fué llamada NMS-X1 (Marina), pero hubo inconvenientes que llevaron que el proyecto se cancele y la abandonaron en el mar (de ahí el origen de su nombre de Marina), en tanto, el planeta se ve amenazado por un brote de plasma que ocurre cada 30 000 años que traería consecuencias fatales, llevando a la destrucción de Terra II.

La única solución va a ser Marina, esta marioneta tiene la facultad de canalizar la fuerza de plasma y convertirlo toda la energía en algo inofensivo. Pero si lo hace ella dejaría de existir porque tendrá que autodestrirse para canalizar toda la energía de Terra II, tomando una desición final y sacrificarse por el bienestar del planeta. Saber Marionette J Again a pesar de ser corta, está lleno de aventuras y emociones, marcando el inicio de Saber Marionette J to X, marcando el regreso de la mujer humana.